MABADILIKO YA JINI, PANGENOME
Pan-genome ni nini?
Ushahidi uliokusanywa unaonyesha kuwa tofauti kati ya aina tofauti za spishi inaweza kuwa kubwa.Jenomu moja haitoshi kupata picha nzima ya habari za kijeni za spishi moja.Madhumuni ya utafiti wa Pan-genome ni kupata grafu ya kina zaidi ya jenomu ya spishi na kubainisha uhusiano kati ya sifa na misimbo ya kijeni kwa kufanya mkusanyiko wa genome de novo wa aina nyingi, ambayo inaruhusu uchimbaji wa kina na mpana wa tofauti hizo.
Mitindo ya Utafiti wa Pan-genome
Kielelezo 1 Mitindo ya karatasi za utafiti zilizochapishwa za Pan-genome.
Kumbuka: Kielelezo kinaonyesha matokeo ya kuchukua "pan-genome" kama neno kuu la kutafuta mada za makala zilizochapishwa katika majarida ya mfululizo wa Nature, Cell na Science.
a.Usomaji kutoka kwa sampuli nyingi huambatanishwa na marejeleo na zisizo sawa hukusanywa katika viunganishi vya riwaya.Kwa kuongeza contigi hizi za riwaya kwenye mfuatano wa awali wa marejeleo, marejeleo ya pangenome yanaweza kutengenezwa.Maeneo yanayoweza kutumika huamuliwa kulingana na upangaji wa usomaji wote kurudi kwenye pangenome.
b.Ukusanyaji mpya wa jenomu za viambatisho vingi huruhusu mikabala nzima ya upatanishi wa jenomu kutambua maeneo ya jenomu inayoweza kutengwa.
c.Grafu ya pan-genome inaweza kutengenezwa kutoka kwa mpangilio mzima wa jenomu au kwa kuunganisha grafu ya de novo, ambayo huhifadhi kwa ufanisi taarifa tofauti za maeneo yanayoweza kutumika kama njia za kipekee kupitia grafu.
Jinsi ya kutengeneza Pan-genome?
Kielelezo 2 Ulinganisho wa mbinu za pan-genome1
a.Usomaji kutoka kwa sampuli nyingi huambatanishwa na marejeleo na zisizo sawa hukusanywa katika viunganishi vya riwaya.Kwa kuongeza contigi hizi za riwaya kwenye mfuatano wa awali wa marejeleo, marejeleo ya pangenome yanaweza kutengenezwa.Maeneo yanayoweza kutumika huamuliwa kulingana na upangaji wa usomaji wote kurudi kwenye pangenome.
b.Ukusanyaji mpya wa jenomu za viambatisho vingi huruhusu mikabala nzima ya upatanishi wa jenomu kutambua maeneo ya jenomu inayoweza kutengwa.
c.Grafu ya pan-genome inaweza kutengenezwa kutoka kwa mpangilio mzima wa jenomu au kwa kuunganisha grafu ya de novo, ambayo huhifadhi kwa ufanisi taarifa tofauti za maeneo yanayoweza kutumika kama njia za kipekee kupitia grafu.
Hivi Karibuni Pan-genomes
● Kubaka pan-genome2
● Nyanya pan-genomes 3
● Rice Pan -genome4
● Alizeti Pan-genome5
● Soya Pan-genome 6
● Rice Pan-genome7
● Shayiri Pan-genome8
● Ngano Pan-genome9
● Mtama Pan-genome10
● Phytoplankton Pan-genome11
Rejea
1. Bayer PE, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Plant pan-genomes ndio marejeleo mapya.Mimea ya Nat.2020;6(8):914-920.doi:10.1038/s41477-020-0733-0
2. Wimbo JM, Guan Z, Hu J, et al.Jenomu nane za ubora wa juu hufichua usanifu wa pan-genome na upambanuzi wa aina ya ikolojia ya Brassica napus.Mimea ya Nat.2020;6(1):34-45.doi:10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Pan-genome ya nyanya inafichua jeni mpya na aleli adimu inayodhibiti ladha ya matunda.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi:10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Uchanganuzi wa Pan-genome huangazia kiwango cha tofauti za jeni katika mpunga uliolimwa na wa mwitu [marekebisho yaliyochapishwa yanaonekana katika Nat Genet.2018 Aug;50(8):1196].Nat Genet.2018;50(2):278-284.doi:10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Uchunguzi wa pan-genome wa alizeti unaonyesha kuwa mseto ulibadilisha maudhui ya jeni na upinzani wa magonjwa.Mimea ya Nat.2019;5(1):54-62.doi:10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome ya Soya Pori na Kulimwa.Kiini.2020;182(1):162-176.e13.doi:10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Uchanganuzi wa Pan-genome wa nyongeza 33 za aina mbalimbali za mchele unaonyesha tofauti fiche za jeni [iliyochapishwa mtandaoni kabla ya kuchapishwa, 2021 Mei 25].Kiini.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi:10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Pan-genome ya shayiri inaonyesha urithi uliofichwa wa ufugaji wa mutation.Asili.2020;588(7837):284-289.doi:10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Jenomu nyingi za ngano zinaonyesha tofauti za kimataifa katika ufugaji wa kisasa.Asili.2020;588(7837):277-283.doi:10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, et al.Tofauti kubwa ndani ya pan-genome ya mtama uliopandwa na mwitu [iliyochapishwa mtandaoni kabla ya kuchapishwa, 2021 Mei 20].Mimea ya Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi:10.1038/s41477-021-00925-x
11. Shabiki X, Qiu H, Han W, et al.Pangenome ya Phytoplankton hufichua uhamishaji mkubwa wa jeni za mlalo za prokariyoti za vitendaji mbalimbali.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Ilichapishwa 2020 Aprili 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
Muda wa kutuma: Jan-04-2022