Mnamo 2021, BMKGENE ilishuhudia utafiti 31 wa genome wa De novo uliochapishwa kwa ufanisi katika majarida yenye athari ya juu na vipengele vya athari kwa jumla zaidi ya 320. Makala 15 yaliandikwa pamoja 4 kati yao walitungwa kama waandishi wa kwanza na BMKGENE.
Mara tu baada ya mwanzo wa mwaka wa 2022, tayari kumekuwa na nakala mbili za utafiti zilizochapishwa kwenye jarida la "Genetics Asili" na "Mtambo wa Masi" mtawaliwa.Nazo ni, "Haplotipi mbili tofauti kutoka kwa jenomu ya lychee ya heterozygous hupendekeza matukio huru ya ufugaji wa mimea ya mapema na ya marehemu" (Utafiti wa Lychee genome, uliofanywa na Chuo cha Kilimo cha Maua, Chuo Kikuu cha Kilimo cha China Kusini, na washiriki wa kisayansi, uliochapishwa kwenye Jenetiki Asilia. ), na “Mfuatano wa jenomu wa spishi tano za Sitopsis za Aegilops na asili ya ngano poliploidi B-subgenome” (Five Sitopsis genome genome, iliyofanywa na timu ya utafiti ya Profesa Bao Liu ya Chuo Kikuu cha Kaskazini-Mashariki cha Kawaida.).Pia tutapitia nakala hizi mbili na kushiriki na wasomaji wetu.
Sasa, hebu tuangalie nakala bora zaidi za utafiti zilizochapishwa mnamo 2021 zilizoandikwa na BMK na vifaa vyetu vilivyoshirikiana.
Jeni la mmea - Mafanikio juu ya spishi nyingi.
1.Mkusanyiko wa ubora wa juu wa jenomu huangazia sifa za jeni za rye na jeni muhimu za kilimo.
Kituo Kishirikishi: Chuo Kikuu cha Kilimo cha Henan
Jarida: Jenetiki Asilia
Sababu ya Athari: 38.31
Katika mradi huu, genome ya Weining rye, aina ya wasomi wa Kichina ya rye, ilipangwa.Contigs zilizokusanywa (7.74 Gb) zilichangia 98.47% ya makadirio ya saizi ya jenomu (Gb 7.86), huku 93.67% ya contigi (7.25 Gb) ikipewa kromosomu saba.Vipengele vinavyojirudia vilijumuisha 90.31% ya jenomu iliyokusanywa.Uchambuzi zaidi wa mkusanyiko wa Weining unatoa mwanga mpya juu ya urudufishaji wa jeni kwa upana wa genome na athari zake kwa jeni za wanga, muundo halisi wa loci changamani ya prolamin, vipengele vya usemi wa jeni msingi wa sifa za awali na maeneo ya kromosomu yanayohusiana na ufugaji na loci katika riye.Mlolongo huu wa jenomu unaahidi kuharakisha masomo ya jeni na ufugaji katika rye na mazao ya nafaka yanayohusiana.
2.Rose bila chokochoko: maarifa ya jeni yanayohusishwa na kukabiliana na unyevu
Kituo Kilichoshirikiwa: Taasisi ya Botania ya Kunming, Chuo cha Sayansi cha China
Jarida: Mapitio ya Sayansi ya Kitaifa
Sababu ya Athari: 17.273
Katika mradi huu, sampuli za 'Basye's Thornless' (BT, aina isiyo na chona ya Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, aina ya mwanzilishi katika ufugaji wa waridi), mahuluti yao ya F1 na BCF1 zilikusanywa.Na mkusanyiko wa jenomu ya marejeleo ya hali ya juu ulitolewa ili kutambua vipengele vya urithi vinavyohusiana na ukuaji wa shina.Saizi ya jenomu ni kama 530.6 Mb.Ili kuthibitisha ubora wa jenomu iliyokusanywa, uchanganuzi kama ulinganisho wa ramani ya kijenetiki, BUSCO, NGS inasoma kuunganishwa tena, kulinganisha na haplotipi ya OB, kupanga udhibiti wa kiwango cha makosa ya msingi na ukaguzi wa thamani wa Kielelezo cha Mkusanyiko wa LTR wa genome (LAI=20.03) ulifanyika.Utafiti huu unaonyesha muundo changamano wa urithi na utaratibu wa udhibiti wa michomo ya shina na ulitupa nyenzo za msingi na riwaya za kusoma baiolojia ya waridi na kuchimba alama za molekuli zinazohusiana na sifa muhimu.
3.Mfuatano wa Jenomu Mzima wa Alopolyploidi Zilizounganishwa katika Cucumis Inafichua Maarifa kuhusu Mageuzi ya Jeni la Allopolyploidization
Kituo Kishirikishi: Chuo Kikuu cha Kilimo cha Nanjing
Jarida: Sayansi ya Juu
Sababu ya Athari: 16.801
Utafiti huu uliripoti jenomu ya hali ya juu ya allotetraploidi ya sintetiki iliyopatikana kwa mseto kati ya tango (C. sativus, 2n = 14) na spishi zake za asili (C. hystrix, 2n = 24) na urudufishaji wa kromosomu uliofuata, ambao ni wa kwanza. allopolyploidi ya syntetisk iliyopangwa kikamilifu.Mkusanyiko wa jenomu ulitumia mpangilio wa kazi wa "PacBio+BioNano+Hi-C+Illumina", ulisababisha saizi ya jenomu ya 530.8Mb na contig N50 = 6.5Mb.Masomo yalitolewa kwa pseudochromosomes na subjenomes 19.Matokeo yalionyesha kuwa mseto, badala ya urudufishaji wa jenomu, husababisha mabadiliko mengi ya jeni katika jenomu za nyuklia na cp.Ilipendekeza kuwa heterozygosity isiyobadilika hutoa C.×hytivus na kuongezeka kwa kukabiliana na mkazo.Matokeo hutoa maarifa mapya juu ya mageuzi ya polyploidy ya mimea na hutoa mkakati unaotarajiwa wa kuzaliana kwa mazao ya baadaye.
4. Genome Linganishi Huchanganua Angazia Upanuzi wa Genomu Upatanishi wa Transposon na Usanifu wa Mageuzi wa Kukunja kwa 3D Genomic katika Pamba.
Kituo Kishirikishi: Chuo Kikuu cha Kilimo cha Huazhong
Jarida: Biolojia ya Molekuli na Mageuzi
Sababu ya Athari: 16.242
Mradi huu ulitumia Nanopore Sequencing kuunganisha jenomu ya spishi tatu za pamba ambazo ni: Gossypium rotundifolium (K2, saizi ya jenomu = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, ukubwa wa genome = 1.62Gb, 1b10 = M), na 50. G. raimondii (D5, ukubwa wa genome = 0.75Gb, contigN50 = 17.04 Gb).Zaidi ya 99% ya jenomu zote tatu zilikusanywa kupitia Hi-C.Matokeo ya uchambuzi wa BUSCO ni 92.5%, 93.9% na 95.4% kwa mtiririko huo.Nambari hizi zote zilionyesha kuwa jenomu tatu za mkusanyiko ni rejeleo -grade.Uchanganuzi linganishi wa jenomu uliandika maelezo ya ukuzaji wa TE wa ukoo mahususi unaochangia tofauti kubwa za saizi ya jenomu.Utafiti huu unatoa mwanga juu ya dhima ya upanuzi wa genomu inayopatana na transposon katika mageuzi ya muundo wa kromatini wa hali ya juu katika mimea.
5. Kukusanyika kwa kiwango cha kromosomu na uchanganuzi wa zao la majani Miscanthus lutarioriparius genome
Kituo Kilichoshirikiwa: Kituo cha CAS cha Ubora katika Sayansi ya Mimea ya Masi
Jarida: Mawasiliano ya Asili
Sababu ya Athari: 14.912
Mradi huu uliripoti mkusanyiko wa kromosomu wa jenomu ya Miscanthus lutarioriparius kwa kuchanganya mfuatano wa Oxford Nanopore na teknolojia ya Hi-C.Mkutano wa 2.07Gb unashughulikia 96.64% ya jenomu, na contig N50 ya 1.71 Mb.Takriban 94.30% ya mifuatano yote iliunganishwa katika pseudochromosomes 19.Kupitia ulinganisho na mfuatano wa BAC, tathmini ya LAI, tathmini ya BUSCO, kukusanya upya data ya NGS, kukusanya upya data ya nakala, jenomu ilitathminiwa kama ubora wa juu na mwendelezo.Asili ya Allotetraploid ya M. lutarioriparius inathibitishwa kwa kutumia marudio ya satelaiti ya katikati.Jeni tandem rudufu za M. lutarioriparius zinafanya kazi kuboreshwa sio tu katika masharti yanayohusiana na mwitikio wa mfadhaiko, lakini usanisi wa ukuta wa seli.Nakala za jeni huenda zina jukumu katika usanisinuru wa C4 na huchangia usanisinuru ya Miscanthus C4 katika halijoto ya chini.Utafiti huo ulitoa marejeleo muhimu ya kusoma mimea ya kudumu.
6.Mkusanyiko wa genomu wa kiwango cha kromosomu Camptotheca acuminata hutoa maarifa juu ya asili ya mageuzi ya biosynthesis ya camptothecin.
Kituo Kishirikishi: Chuo Kikuu cha Sichuan
Jarida: Mawasiliano ya Asili
Sababu ya Athari: 14.912
Mradi huu uliripoti mkusanyiko wa jenomu ya C. acuminata ya ubora wa juu, wa kiwango cha kromosomu, chenye ukubwa wa genome wa 414.95Mb na contingN50 1.47Mb.Tuligundua kwamba C. acuminata hupitia urudufishaji huru wa jenomu nzima na jeni nyingi zinazotokana nayo zinahusiana na biosynthesis ya camptothecin.Tofauti ya kiutendaji ya jeni la LAMT na mageuzi chanya ya jeni mbili za SLAS, kwa hivyo, zote mbili zilichangia pakubwa katika usanisi wa camptothecin katika C. acuminata.Matokeo yalisisitiza umuhimu wa mkusanyiko wa ubora wa juu wa jenomu katika kutambua mabadiliko ya kijeni katika asili ya mageuzi ya metabolite ya pili.
7.Aleli-defined genome inaonyesha tofauti ya biallelic wakati wa mabadiliko ya mihogo
Kituo Kinachoshirikiwa: Chuo cha Kichina cha Sayansi ya Kilimo ya Kitropiki
Jarida: Kiwanda cha Masi
Sababu ya Athari: 13.162
Mradi huu ulikusanya jenomu ya marejeleo ya muhogo yenye contigN50 1.1Mb kwa kutumia jukwaa la mfuatano la Pacific Biosciences (PacBio).Baada ya kutathminiwa na BUSCO, faharasa ya LAI, na ramani ya jenetiki yenye msongamano mkubwa, jenomu iliyokusanywa inathibitishwa kama daraja la ulinzi.Maeneo yasiyohitajika yalitambuliwa na contigs ziliwekwa kwenye pseudochromosomes 18 kwa kutumia viungo vya Hi-C.Jenomu hii ya marejeleo ya ubora wa juu na aleli ya muhogo ni muhimu katika kutambua aleli mbili tofauti kwenye kromosomu zenye homologous, kuruhusu kuchunguza utofautishaji na usemi wa utawala wa aleli mbili na nguvu zao za msingi za mageuzi.Iliwezesha ubunifu wa mikakati ya ufugaji katika muhogo na mazao mengine yenye heterozygous.
8.Ufahamu wa kijinomia katika ukuaji wa haraka wa paulownias na uundaji wa ufagio wa wachawi wa Paulownia
Kituo Kilichoshirikiwa: Chuo kikuu cha Kilimo cha Henan
Jarida: Kiwanda cha Masi
Sababu ya Athari: 13.162
Mradi huu ulikusanya jenomu ya nyuklia ya ubora wa juu ya Paulownia fortunei, ukubwa wa Mb 511.6, na 93.2% ya mfuatano huo ukiwa na pseudochromosomes 20.Ufanisi wa hali ya juu wa usanisinuru hupatikana kwa kuunganisha usanisinuru ya C3 na njia ya kimetaboliki ya asidi ya crassulasia, ambayo inaweza kuwa imechangia ukuaji wa haraka sana wa miti ya paulownia.Mpangilio wa ziada wa jenomu wa phytoplasma ya PaWB, pamoja na uchanganuzi wa utendaji, ulionyesha kuwa athari PaWB-SAP54 inaingiliana moja kwa moja na Paulownia PfSPLa, ambayo husababisha uharibifu wa PfSPLa kwa njia ya ubiquitin-mediated na kusababisha kuundwa kwa ufagio wa wachawi.Data ilitoa maarifa muhimu katika biolojia ya paulownias na utaratibu wa udhibiti wa kuunda PaWB.
Jenomu ya wanyama - Ufahamu wa kina wa mabadiliko ya spishi
1. Jenomu ya Nautilus pompilius huangazia mabadiliko ya macho na uboreshaji wa madini.
Kituo Kilichoshirikiwa: Taasisi ya Bahari ya Kusini ya China ya Bahari, CAS
Jarida: Ikolojia Asilia & Mageuzi
Sababu ya Athari: 15.462
Mradi huu uliwasilisha jenomu kamili ya Nautilus pompilius.Ina jenomu ndogo kati ya sefalopodi zilizofuatana, ambayo ni 730.58Mb yenye contigN50 = 1.1Mb.Matokeo ya tathmini ya BUSCO ni 91.31%.Ikiunganishwa na nukuu, proteome, familia ya jeni na uchanganuzi wa filojenetiki, jenomu hii ilitoa marejeleo ya kimsingi kuhusu uvumbuzi wa sefalopodi, kama vile jicho la pinho na usaidizi wa madini.Utafiti ulionyesha kuwa uharibifu juu ya utimilifu wa nguzo ya jeni ya Hox inaweza kuhusishwa na kutoweka kwa ganda la Moluska.Muhimu zaidi, uvumbuzi mwingi wa jeni ikiwa ni pamoja na upotezaji wa jeni, upunguzaji wa kujitegemea na upanuzi wa familia maalum za jeni na mitandao yao ya udhibiti inayohusishwa inaweza kuunda mageuzi ya jicho la pinhole la nautilus.Jenomu ya nautilus ilijumuisha nyenzo muhimu kwa ajili ya kuunda upya matukio ya mageuzi na ubunifu wa kijinomia ambao hutengeneza sefalopodi zilizopo.
2.Uchanganuzi wa jenomu ya Seadragon hutoa maarifa kuhusu phenotype yake na eneo linaloamua jinsia
Kituo Kilichoshirikiwa: Taasisi ya Bahari ya Kusini ya China ya Bahari, CAS
Jarida: Maendeleo ya Sayansi
Sababu ya Athari: 14.132
Mradi huu wa de novo-unafuatana na jenomu za kiume na za kike za joka wa kawaida baharini (Phyllopteryx taeniolatus) na spishi zake zinazohusiana kwa karibu, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ukubwa wa jenomu ya Phyllopteryx taeniolatus ni ~659 Mb(♂）na ~663 Mb(♀), yenye contigN50 ya 10.0Mb na 12.1mb.saizi ya jenomu ya Phyllopteryx taeniolatus ni 637 Mb(♂）na ~648 Mb(♀), ikiwa na contigN50 ya 18.0Mb na 21.0Mb.Kupitia uchanganuzi wa filojenetiki, joka wa kawaida wa baharini na alligator pipefish ni dada taxon wa Syngnathinae, na walitofautiana takriban maili 27.3 zilizopita.Maelezo mafupi ya unukuzi kutoka kwa uvumbuzi mpya, viambatisho vinavyofanana na jani, vinaonyesha kuwa seti ya jeni zinazohusika kwa kawaida katika ukuzaji wa mwisho zimechaguliwa pamoja na uboreshaji wa nakala kwa uwezekano wa kutengeneza tishu na jeni za ulinzi wa kinga.Lokasi inayobainisha jinsia inayoweka jeni maalum ya amhr2y inayoshirikiwa na common seadragon na alligator pipefish ilitambuliwa.Mradi huu ulitoa ushahidi muhimu kwa tafiti za mageuzi ya kubadilika.
Muda wa kutuma: Sep-19-2022