T2T GENOME ASSEMBLY, GENOME PENGO BILA MALIPO
1stJenasi mbili za Mchele1
Kichwa: Kukusanyika na Uthibitishaji wa Jeni Mbili za Marejeleo zisizo na Pengo kwa Xian/indica Rice Inafichua Maarifa kuhusu Usanifu wa Kituo cha Mimea
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Wakati wa Kuchapishwa: Januari 01, 2021.
Taasisi: Chuo Kikuu cha Kilimo cha Huazhong, China
Nyenzo
O. sativa xian/indicaaina za mchele 'Zhenshan 97 (ZS97)' na 'Minghui 63 (MH63)
Mkakati wa mpangilio
NGS inasoma + HiFi inasoma + CLR inasoma + BioNano + Hi-C
Data:
ZS97: 8.34 Gb (~23x) HiFi inasoma + 48.39 Gb (~131x ) CLR inasoma + 25 Gb(~69x) NGS + seli 2 za BioNano Irys
MH63: 37.88 Gb (~103x) HiFi inasoma + 48.97 Gb (~132x) CLR inasoma + 28 Gb(~76x) NGS + seli 2 za BioNano Irys
Mchoro 1 Jenomu mbili za mchele zisizo na pengo (MH63 na ZS97)
2ndBanana Genome2
Kichwa: Kromozomu zisizo na pengo za telomere-to-telomere za ndizi kwa kutumia mpangilio wa nanopore
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Wakati wa Kuchapishwa: Aprili 17, 2021.
Taasisi: Chuo Kikuu cha Paris-Saclay, Ufaransa
Nyenzo
Haploidi mara mbiliMusa acuminatasppugonjwa wa malacensia(DH-Pahang)
Mpangilio wa mkakati na data:
Hali ya HiSeq2500 PE250 + MinION/ PromethION (93Gb,~200X )+ Ramani ya macho (DLE-1+BspQ1)
Jedwali la 1 Ulinganisho wa makusanyiko ya jenomu ya Musa acuminata (DH-Pahang).
Kielelezo 2 Musa genomes ulinganisho wa usanifu
3rdPhaeodactylum tricornutum genome3
Kichwa: Mkusanyiko wa jenomu ya Telomere-to-telomere yaP
haeodactylum tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Wakati wa Kuchapishwa: Mei 04, 2021
Taasisi: Chuo Kikuu cha Magharibi, Kanada
Nyenzo
Phaeodactylum tricornutum(Mkusanyiko wa Utamaduni wa Mwani na Protozoa CCAP 1055/1)
Mpangilio wa mkakati na data:
Seli 1 ya mtiririko wa mini ya Oxford Nanopore + 2x75 iliyooanishwa-mwisho katikati ya matokeo NextSeq 550
Mchoro wa 3 Mtiririko wa kazi wa unganisho la jenomu la telomere-to-telomere
4thJenomu ya binadamu ya CHM134
Kichwa: Mfuatano kamili wa jenomu la binadamu
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Wakati wa Kuchapishwa: Mei 27, 2021
Taasisi: Taasisi za Kitaifa za Afya (NIH), Marekani
Nyenzo: mstari wa seli CHM13
Mpangilio wa mkakati na data:
30× PacBio mfuatano wa mduara wa makubaliano (HiFi) , 120× Oxford Nanopore mpangilio wa kusoma kwa muda mrefu zaidi , 100× Illumina PCR-Free sequencing (ILMN) , 70× Illumina / Arima Genomics Hi-C (Hi-C), BioNanomics, BioNano na Strand-seq
Jedwali la 2 Ulinganisho wa GRCh38 na T2T-CHM13 makusanyiko ya jenomu ya binadamu
Rejea
1.Sergey Nurk et al.Mlolongo kamili wa genome ya binadamu.bioRxiv 2021.05.26.445798;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al.Kromosomu za telomere-to-telomere zisizo na pengo za ndizi kwa kutumia mpangilio wa nanopore.bioRxiv 2021.04.16.440017;doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al.Mkutano wa jenomu ya Telomere-to-telomere ya Phaeodactylum tricornutum.bioRxiv 2021.05.04.442596;doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al.Kusanyiko na Uthibitishaji wa Jeni Mbili za Marejeleo zisizo na Pengo za Mchele wa Xian/indica Hufichua Maarifa kuhusu Usanifu wa Kituo cha Mimea.bioRxiv 2020.12.24.424073;doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Muda wa kutuma: Jan-06-2022