Utapeli wa ubora wa juu, hasa kwa idadi kubwa ya watu, ni hatua ya kimsingi katika tafiti za uhusiano wa kijenetiki, ambayo hutoa msingi wa kijenetiki wa ugunduzi wa jeni amilifu, uchanganuzi wa mabadiliko, n.k. Badala ya upangaji upya wa kina wa jenomu, kupunguza uwakilishi wa mpangilio wa jenomu (RRGS). ) inaletwa ili kupunguza gharama ya upangaji kwa kila sampuli, huku ikidumisha ufanisi wa kuridhisha katika ugunduzi wa alama za kijeni.Hii kawaida hupatikana kwa kutoa kipande cha kizuizi ndani ya safu ya saizi fulani, ambayo inaitwa maktaba ya uwakilishi iliyopunguzwa (RRL).Upangaji wa vipande vilivyokuzwa vya locus maalum(SLAF-Seq) ni mkakati uliojitayarisha wa ugunduzi wa de novo wa SNP na uchanganuzi wa jeni wa SNP wa makundi makubwa.
Mtiririko wa kiufundi
SLAF dhidi ya mbinu za RRL zilizopo
Faida za SLAF
Ufanisi wa juu wa ugunduzi wa alama za kijeni- Ikiunganishwa na teknolojia ya upangaji matokeo ya juu, SLAF-Seq inaweza kufikia mamia ya maelfu ya lebo zilizogunduliwa ndani ya jenomu nzima ili kutimiza ombi la miradi mbalimbali ya utafiti, iwe na jenomu marejeleo au letu.
Muundo wa majaribio uliobinafsishwa na Inayonyumbulika- Kwa lengo au spishi tofauti za utafiti, mikakati tofauti ya umeng'enyaji wa enzymatic inapatikana ikijumuisha kimeng'enya kimoja, kimeng'enya-mbili na usagaji wa enzyme nyingi.Mbinu ya usagaji chakula itatathminiwa awali katika siliko ili kuhakikisha muundo bora wa kimeng'enya.
Ufanisi mkubwa katika digestion ya enzymatic– Usagaji wa enzymatic ulioundwa awali hutoa SLAF zilizosambazwa kwa usawa kwenye kromosomu.Ukusanyaji mzuri wa vipande unaweza kufikia zaidi ya 95%.
Epuka mlolongo unaojirudia– Asilimia ya mfuatano unaojirudia katika data ya SLAF-Seq imepunguzwa hadi chini ya 5%, hasa katika spishi zilizo na kiwango cha juu cha vipengele vinavyojirudia, kama vile ngano, mahindi, n.k.
Mtiririko wa kazi wa kibayolojia uliojiendeleza- BMK ilitengeneza mtiririko wa kazi uliojumuishwa wa kibayolojia unaotumika kwa teknolojia ya SLAF-Seq ili kuhakikisha kutegemewa na usahihi wa matokeo ya mwisho.
Utumiaji wa SLAF
Ramani ya uhusiano wa maumbile
Ujenzi wa ramani ya kijenetiki yenye msongamano mkubwa na utambuzi wa loci inayodhibiti sifa za aina ya maua katika Chrysanthemum(Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jarida: Utafiti wa Kilimo cha bustani Limechapishwa: 2020.7
GWAS
Utambulisho wa jeni la mgombea linalohusishwa na maudhui ya isofavone katika mbegu za soya kwa kutumia uhusiano wa jenomu na ramani ya uhusiano.
Jarida: Jarida la Mimea Limechapishwa: 2020.08
Jenetiki ya Mageuzi
Uchambuzi wa idadi ya watu na mkusanyiko wa de novo unaonyesha asili ya mchele wa magugu kama mchezo wa mageuzi
Jarida: Kiwanda cha Molekuli Limechapishwa: 2019.5
Uchambuzi wa Kugawanyika kwa Wingi (BSA)
GmST1, ambayo husimba sulfotransferase, inatoa upinzani dhidi ya aina ya virusi vya mosaic ya soya G2 na G3.
Jarida: Kiwanda, Kiini&Mazingira Limechapishwa: 2021.04
Rejea
Sun X, Liu D, Zhang X, et al.SLAF-Seq: mbinu bora ya ugunduzi wa SNP kwa kiwango kikubwa na uandishi wa jeni kwa kutumia mpangilio wa matokeo ya juu[J].Plos one, 2013, 8(3):e58700
Wimbo X, Xu Y, Gao K, et al.Ujenzi wa ramani ya kijenetiki yenye msongamano mkubwa na utambuzi wa loci inayodhibiti sifa za aina ya maua katika Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortic Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Utambulisho wa jeni mtahiniwa anayehusishwa na maudhui ya isoflavoni katika mbegu za soya kwa kutumia uhusiano wa jenomu na ramani ya uhusiano.Kiwanda J. 2020;104(4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Uchambuzi wa Genomic ya Idadi ya Watu na Bunge la De Novo Yafichua Asili ya Mchele wa Weedy kama Mchezo wa Mageuzi.Kiwanda cha Mol.2019;12(5):632-647.Kiwanda cha Mol.2018;11(11):1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, ambayo husimba sulfotransferase, hutoa upinzani dhidi ya aina za virusi vya mosaic ya soya G2 na G3.Mazingira ya Kiini cha mmea.2021;10.1111/pce.14066
Muda wa kutuma: Jan-04-2022