TRANSCRIPTOMIK
asili
MAWASILIANO
Tabia ya manukuu ya urefu kamili ya mabadiliko ya SF3B1 katika leukemia sugu ya lymphocytic inaonyesha kupungua kwa udhibiti wa introni zilizobaki.
Nakala za urefu kamili|Mfuatano wa Nanopore|Uchambuzi mbadala wa isoform
Usuli
Smabadiliko ya omatic katika splicing factor SF3B1 imeripotiwa sana kuhusishwa na saratani mbalimbali, ikiwa ni pamoja na leukemia ya muda mrefu ya lymphocytic (CLL), uveal melanoma, saratani ya matiti, nk. Kwa kuongeza, tafiti za maandishi ya muda mfupi zimefunua mifumo isiyo ya kawaida ya kuunganisha iliyosababishwa na mabadiliko ya SF3B1.Hata hivyo, tafiti kuhusu mifumo hii mbadala ya kuunganisha kwa muda mrefu imekuwa na kiwango cha matukio na ukosefu wa ujuzi juu ya kiwango cha isoform kutokana na kizuizi cha nakala zilizokusanywa zilizosomwa kwa muda mfupi.Hapa, jukwaa la mpangilio wa nanopore lilianzishwa ili kutoa manukuu ya urefu kamili, ambayo yaliwezesha upotoshaji kwenye isoform za AS.
Usanifu wa Majaribio
Majaribio
Kuweka katika vikundi:1. CLL-SF3B1(WT) 2. CLL-SF3B1(K700E mutation);3. B-seli za kawaida
Mkakati wa mpangilio:Mfuatano wa maktaba ya MinION 2D, mpangilio wa maktaba ya PromethION 1D;data iliyosomwa kwa muda mfupi kutoka kwa sampuli sawa
Jukwaa la mpangilio:ONT miniION;ONT PromethION;
Uchambuzi wa Bioinformatiki
Matokeo
Ajumla ya usomaji milioni 257 ulitolewa kutoka kwa sampuli 6 za CLL na seli 3 za B.Kwa wastani 30.5% ya usomaji huu ulitambuliwa kama nakala za urefu kamili.
Fuchanganuzi mbadala wa isoform wa urefu kamili wa RNA(FLAIR) ulitengenezwa ili kutoa seti ya isoform za kujiamini kwa hali ya juu.FLAIR inaweza kufupishwa kama:
Nanopore husoma alignment: kutambua muundo wa jumla wa nakala kulingana na genome ya kumbukumbu;
Surekebishaji wa makutano ya plice: makosa sahihi ya mlolongo (nyekundu) na tovuti ya kuunganisha kutoka kwa introni zenye maelezo, introni kutoka kwa data iliyosomwa kwa muda mfupi au zote mbili;
Ckuporomoka: muhtasari wa isoforms wakilishi kulingana na minyororo ya makutano ya viungo (seti ya pasi ya kwanza).Chagua isofrom ya uhakika wa hali ya juu kulingana na idadi ya usomaji unaounga mkono (Kizingiti: 3).
Kielelezo 1. Uchambuzi wa FLAIR ili kutambua isoforms za urefu kamili zinazohusiana na mabadiliko ya SF3B1 katika CLL.
FLAIR Imetambua isoform 326,699 za kujiamini kwa hali ya juu, 90% ambazo ni isoforms za riwaya.Nyingi za isoform hizi ambazo hazijabainishwa zilipatikana kuwa michanganyiko ya riwaya ya miunganiko ya viungo inayojulikana (142,971), wakati isoform zingine za riwaya zikiwa na intron iliyohifadhiwa (21,700) au exon ya riwaya (3594).
Lmfuatano wa kusoma kwa muda huwezesha utambuzi wa tovuti za viunga zilizobadilishwa SF3B1-K700E -zilizobadilishwa katika kiwango cha isoform.35 mbadala 3'SS na 5'SS mbadala 10 zilipatikana zikiwa zimegawanywa kwa njia tofauti kati ya SF3B1-K700E na SF3B1-WT.Mabadiliko 33 kati ya 35 yaligunduliwa hivi karibuni na mfuatano uliosomwa kwa muda mrefu.Katika data ya Nanopore, usambazaji wa umbali kati ya SF3B1-K700E-iliyobadilishwa 3'SS hadi kilele cha tovuti za kisheria ni karibu -20 bp, ambayo ni tofauti sana na usambazaji wa udhibiti, sawa na kile ambacho kimeripotiwa katika mfuatano wa kusoma mfupi wa CLL.Isoforms za jeni za ERGIC3 zilichanganuliwa, ambapo isoform ya riwaya iliyo na tovuti ya sehemu iliyo karibu ilipatikana kwa wingi zaidi katika SF3B1-K700E.3'SS za karibu na za distali zilihusishwa na ruwaza mahususi za AS zinazozalisha isoform nyingi.
Kielelezo 2. Miundo mbadala ya 3′ ya kuunganisha iliyotambuliwa na data ya mpangilio wa nanopore.
Uchanganuzi wa matumizi ya tukio la IR umekuwa mdogo kwa muda mrefu katika uchanganuzi wa kusoma kwa muda mfupi kwa sababu ya imani katika utambuzi wa IR na idadi.Usemi wa isoform za IR katika SF3B1-K700E na SF3B1-WT zilihesabiwa kulingana na mfuatano wa nanopore, kufichua udhibiti duni wa kimataifa wa isoform za IR katika SF3B1-K700E .
Kielelezo 4. Nguvu ya kilimo na muunganisho wa mtandao katika mifumo mitatu ya kilimo (A na B);Uchambuzi wa misitu bila mpangilio(C) na Uhusiano kati ya nguvu ya kilimo na ukoloni wa AMF (D)
Mchoro 3. Matukio ya urejeshaji wa intron yamedhibitiwa kwa nguvu zaidi katika CLL SF3B1-K700E.
Teknolojia
Mpangilio wa Nanopore uliosomwa kwa muda mrefu
Nmpangilio anopore ni molekuli moja ya muda halisi ya teknolojia ya mpangilio wa mawimbi ya umeme.
DDNA au RNA yenye nyuzi-uble itashikamana na protini isiyo na uchungu iliyopachikwa kwenye filamu ya kibayolojia na kujifungua chini ya uongozi wa protini ya injini.
DKamba za NA/RNA hupitia protini ya chaneli ya nanopore kwa kiwango fulani chini ya hatua ya tofauti ya voltage.
Molekuli hutoa ishara tofauti za umeme kulingana na muundo wa kemikali.
Rutambuzi wa wakati mmoja wa mfuatano hupatikana kwa kupiga simu za msingi.
Utendaji wa mpangilio wa nukuu ya urefu kamili
√ Kueneza Data
Usomaji mara 7 unahitajika ili kufikia ujazo wa data unaolingana.
√ Utambulisho wa Muundo wa Nakala
Utambulisho wa vibadala mbalimbali vya miundo na usomaji wa maelewano wa urefu kamili wa kila nakala
√ Uchanganuzi tofauti wa kiwango cha nakala -Onyesha mabadiliko yaliyofichwa na usomaji mfupi
Rejea
Tang AD , Soulette CM , Baren MJV , et al.Uainishaji wa manukuu ya urefu kamili wa mabadiliko ya SF3B1 katika leukemia sugu ya limfu hufichua upunguzaji wa udhibiti wa introni zilizobaki[J].Mawasiliano ya asili.
Tech na Vivutio inalenga kushiriki utumizi uliofaulu wa hivi majuzi wa teknolojia tofauti za upangaji matokeo ya hali ya juu katika nyanja mbalimbali za utafutaji pamoja na mawazo bora katika muundo wa majaribio na uchimbaji data.
Muda wa kutuma: Jan-08-2022