KUTENGENEZA GENOME NZIMA
Ufuatiliaji wa Genomics wa SARS-CoV-2 unafunua lahaja ya ufutaji wa Nsp1 ambayo hurekebisha mwitikio wa interferon ya aina ya I.
Nanopore |Ilumina |Ufuataji wa jenomu zima |metagenomics |RNA-Seq |Sanger
Biomarker Technologies ilitoa usaidizi wa kiufundi kuhusu mpangilio wa sampuli katika utafiti huu.
Vivutio
1.SARS-CoV-2 mfuatano wa jenomu na uchanganuzi wa kifilojinia hubainisha mabadiliko 35 ya mara kwa mara ikiwa ni pamoja na SNP 31 na Indeli 4.
2.Kuhusishwa na phenotypes za kliniki 117 huonyesha uwezekano
mabadiliko muhimu.
∆500-532 katika eneo la usimbaji la Nsp1 inahusiana na virusi vya chini
3.mzigo na serum IFN-β.
4.Vitenganishi vya virusi vilivyo na ∆500-532 mabadiliko huleta IFN-I ya chini
majibu katika seli zilizoambukizwa.
Usanifu wa Majaribio
Mafanikio
1. Ufuatiliaji wa magonjwa ya COVID-19 na jeni
Data ya kimatibabu ilikusanywa katika mkoa wa Sichuan, Uchina katika kipindi chote cha mlipuko kuanzia Januari 22, 2020 hadi Februari 20, 2020. Jumla ya kesi 538 za COVID-19 zilithibitishwa na vipimo vya qPCR huko Sichuan, 28.8% kati yao walitoka mkoa huo. mtaji.Kesi zilizothibitishwa huko Sichuan ziliongezeka kwa kasi, na kufikia kilele mnamo Januari 30.Pia, data inayounga mkono kuwa umbali wa kijamii unaweza kuwa sababu kuu katika kuzuia kuenea kwa virusi.
Kielelezo cha 1. Utafiti wa magonjwa ya COVID-19 katika mkoa wa Sichuan, Uchina
2. Ujenzi wa jenomu ya SARS-CoV-2 na utambulisho wa lahaja
Pamoja na upanuzi wa PCR wa multiplex ikifuatiwa na mpangilio wa nanopore, jumla ya jenomu 310 karibu- au sehemu-kamili kutoka kwa wagonjwa 248 zilitolewa kwa takriban.80% ya jenomu zilizofunikwa na usomaji 10 (Kina wastani: 0.39 M usomaji kwa sampuli).
Mchoro wa 2. Masafa ya kila lahaja katika kundi la Sichuan
Jumla ya SNP 104 na Indeli 18 zilitambuliwa kutoka kwa jenomu za SARS-CoV-2, ambapo SNP 31 na Indeli 4 zilitambuliwa kama anuwai za kijeni zinazojirudia.Kwa kuzilinganisha na sampuli 169 kutoka Wuhan na mfuatano 81,391 wa ubora wa juu wa genome wa umma katika GISAID, lahaja 29 kati ya 35 zilizopatikana zimewasilishwa katika mabara mengine.Hasa, lahaja nne ikiwa ni pamoja na ∆500-532, ACC18108AT, ∆729-737 na T13243C, zilipatikana tu katika Sichuan na Wuhan na hazipo katika data ya GISAID, ikionyesha kuwa lahaja hizi zilikuwa na uwezekano mkubwa wa kuingizwa kutoka Wuhan, ambayo inakidhi kumbukumbu za safari za wagonjwa.
Uchanganuzi wa mageuzi wenye uwezekano wa juu zaidi (ML) na mbinu za saa za molekiuli za Bayesian zilichakatwa kwenye virusi vipya 88 kutoka Sichuan na jenomu 250 zilizoratibiwa kutoka maeneo mengine.Jeni zenye ∆500-532 (Vifutavyo katika eneo la usimbaji la Nsp1) zilipatikana zikiwa zimesambazwa kwa uchache katika mti wa filojenetiki.Uchanganuzi wa haplotype kwenye vibadala vya Nsp1 ulibainisha 5 kati yao kutoka miji mingi.Matokeo haya yalipendekeza kuwa ∆500-532 ilitokea katika miji mingi na inaweza kuingizwa mara kadhaa kutoka Wuhan.
Kielelezo 2. Vibadala vya mara kwa mara vya kijeni na uchanganuzi wa filojenetiki katika jenomu za SARS-CoV-2.
3. Uhusiano wa lahaja za kijeni zinazojirudia na athari za kimatibabu
Phenotypes 117 za kimatibabu zilihusishwa na ukali wa COVID-19, ambapo phenotypes 19 zinazohusiana na ukali ziliainishwa katika sifa kali na zisizo kali.Uhusiano kati ya sifa hizi na vibadala 35 vinavyojirudia vilionyeshwa katika ramani ya joto ya nguzo-mbili.Uchanganuzi wa uboreshaji ulioorodheshwa kama GSEA umeonyeshwa kuwa ∆500-532 ina uhusiano hasi na ESR, hesabu za seli za IFN-β na CD3+CD8+ T katika damu.Zaidi ya hayo, vipimo vya qPCR vilionyesha kuwa wagonjwa walioambukizwa virusi vya ∆500-532 walikuwa na thamani ya juu zaidi ya Ct, yaani, kiwango cha chini zaidi cha virusi.
Kielelezo 3. Vyama vya lahaja 35 za urithi za mara kwa mara na phenotypes za kimatibabu
4. Uthibitishaji juu ya mabadiliko ya virusi yanayohusiana na phenotypes za kliniki
Ili kuelewa athari za ∆500-532 kwenye vitendaji vya Nsp1, seli za HEK239T zilipitishwa na plasmidi zinazoonyesha urefu kamili, WT Nsp1 na fomu zinazobadilika kwa kufutwa.Wasifu wa nukuu za kila seli za HEK239T zilizotibiwa zilichakatwa kwa uchanganuzi wa PCA, ikionyesha kwamba mabadiliko ya kufuta yalikusanyika kwa ukaribu na yalikuwa tofauti sana na WT Nsp1.Jeni ambazo zilidhibitiwa kwa kiasi kikubwa katika mutants walikuwa hasa utajiri katika "peptide biosynthetic/metabolic mchakato", "ribonucleoprotein tata biogenesis", "protini kulenga kwa utando / ER", nk Aidha, deletions mbili ilionyesha tofauti expssion muundo kutoka WT.
Mchoro 4. Uchanganuzi wa nukuu kwenye seli za HEK239T zilizopitishwa na WT Nsp1 na zile zilizo na ufutaji.
Madhara ya ufutaji kwenye majibu ya IFN-1 pia yalijaribiwa katika utafiti uliopitiliza.Ufutaji wote uliojaribiwa ulionyeshwa kupunguza mwitikio wa IFN-1 katika seli za HEK239T na A549 zilizoambukizwa katika kiwango cha nukuu na kiwango cha protini.Inashangaza, jeni zilizodhibitiwa kwa kiasi kikubwa katika ufutaji ziliboreshwa katika "mwitikio wa ulinzi kwa virusi", "replication ya jenomu ya virusi", "udhibiti wa maandishi na RNA polymerase II" na "mwitikio wa aina ya interferon".
Mchoro 5. Udhibiti wa chini wa njia za kuashiria interferoni katika ∆500-532 mutant
Katika utafiti huu, athari za ufutaji huu kwenye virusi zilithibitishwa zaidi na masomo ya maambukizi ya virusi.Virusi vilivyo na mabadiliko fulani vilitengwa kutoka kwa sampuli za kimatibabu na kuambukizwa kwa seli za Calu-3.Matokeo ya kina juu ya utafiti wa maambukizi ya virusi yanaweza kusomwa kwenye karatasi.
doi:10.1016/j.chom.2021.01.015
Rejea
Lin J, Tang C, Wei H, na al.Ufuatiliaji wa kijeni wa SARS-CoV-2 hugundua kibadala cha ufutaji cha Nsp1 ambacho hurekebisha mwitikio wa interferon ya aina ya I[J].Mpangishi wa seli & kipaza sauti, 2021.
Habari na Muhimu inalenga kushiriki kesi za hivi punde zilizofaulu na Biomarker Technologies, kupata mafanikio mapya ya kisayansi na pia mbinu maarufu zilizotumika wakati wa utafiti.
Muda wa kutuma: Jan-06-2022