IKOLOJIA YA MICROBIAL
Kuimarishwa kwa kilimo hupunguza utata wa mtandao wa vijidudu na wingi wa ushuru wa mawe muhimu katika mizizi.
Upangaji wa Amplicon ya urefu kamili (ITS) |PacBio HIFI
Vivutio
Akuimarika kwa kilimo kumezidi kuwa na matatizo kutokana na athari zake mbaya za kimazingira ikiwa ni pamoja na ufanisi duni wa matumizi ya virutubishi, uboreshaji wa maji kutoka kwa udongo, uharibifu wa ubora wa udongo, n.k. Mifumo ya kilimo mbadala ikiwa ni pamoja na kutolima na kilimo hai imepitishwa sana ili kupunguza madhara.Jumuiya ya viumbe hai ina jukumu muhimu sana katika uzalishaji na uendelevu wa mfumo wa ikolojia wa kilimo.Walakini, haijulikani wazi jinsi mifumo tofauti ya kilimo inavyoathiri microbiota ya mizizi.
Usanifu wa Majaribio
Majaribio
SSampuli za mafuta na mizizi (DNA) zilitoka kwenye mashamba ya ngano kutoka mashamba 60 ya kilimo (20 kila moja)
Gupandaji miti: 1. Mkataba (pamoja na kulima);2. Mkataba (hakuna kulima);3. Ardhi ya kilimo hai
Smkakati wa kusawazisha: Mfuatano wa amplicon ya urefu kamili (ITS)
Primers: ITS1F-ITS4 (inalenga eneo lote la ITS ~630 bp)
Sjukwaa la usawazishaji: PacBio RS II
Uchambuzi wa Bioinformatiki
Matokeo
On wastani wa OTU 357 zilitambuliwa kwa kila eneo na jumla ya OTU 837 kati ya tovuti zote 60.Anuwai ya alfa ya jamii za kuvu haikuwa ikionyesha tofauti kubwa kati ya mifumo mitatu ya kilimo.Hata hivyo, makundi matatu tofauti yaliundwa katika uchanganuzi wa anuwai ya beta, ikionyesha athari kubwa ya mfumo wa kilimo kwenye muundo wa jamii ya fangasi.
Kielelezo 1. Uanuwai wa alpha (kielezo cha Shannon na muundo wa jamii) na uchanganuzi wa anuwai ya beta (uchanganuzi wa kisheria wa viwianishi kuu) kwenye jamii za fangasi.
Tsw taxa za jiwe kuu zilifafanuliwa kulingana na mtandao wa jumla wa jumuiya za fangasi katika mifumo mitatu ya kilimo: nodi 10 bora zenye daraja la juu zaidi, ukaribu wa juu zaidi na uhusiano wa chini kabisa zilichaguliwa.Saba kati yao walikuwa wa maagizo ya mycorrhizal.
Kielelezo 2. Mtandao wa jumla juu ya jumuiya za mizizi ya kuvu ya mifumo mitatu ya kilimo
Fmitandao mahususi ya mfumo wa uwekaji silaha ilionyesha muunganisho wa juu zaidi katika mtandao wa kikaboni wenye kingo mara mbili zaidi na nodi zilizounganishwa zaidi kuliko mtandao wa kutolima na wa kawaida.Zaidi ya hayo, mtandao wa kilimo-hai ulikuwa na taxa (almasi) zaidi ya mawe muhimu ikilinganishwa na zingine, ambazo ziliunga mkono utata na muunganisho wake.
Mchoro 3. Mitandao ya fangasi inayotokana na mfumo wa kilimo
AUhusiano mkubwa hasi kati ya nguvu ya kilimo na muunganisho wa mtandao wa kuvu ulizingatiwa.Uchambuzi wa msitu bila mpangilio ulifichua vichochezi vikuu vya ushuru wa mawe muhimu: fosforasi ya udongo, msongamano wa wingi, pH na ukoloni wa mycorrhizal.
Kielelezo 4. Nguvu ya kilimo na muunganisho wa mtandao katika mifumo mitatu ya kilimo (A na B);Uchambuzi wa misitu bila mpangilio(C) na Uhusiano kati ya nguvu ya kilimo na ukoloni wa AMF (D)
Teknolojia
Mpangilio wa amplicon ya urefu kamili
As "Mpangilio wa Kizazi cha Tatu" ukiingia kwenye jukwaa, vikwazo katika maeneo yaliyolengwa na matatizo katika mkusanyiko wa de novo yameondolewa.Pacific Bioscience (PacBio) imefaulu kupanua usomaji wa mfuatano hadi makumi ya kilobases, ambayo huturuhusu kupata usomaji wa urefu kamili wa 16s rRNA (1,000 bp-1,500 bp) katika bakteria au 18S rRNA (1,500 bp-2,000 bp) na ITS. mikoa (400 bp-900 bp) katika yukariyoti.Mtazamo mpana wa uwanja wa kijeni uliboresha sana azimio la ufafanuzi wa spishi na jeni zinazofanya kazi.Suala lililohusika kwa muda mrefu juu ya usahihi wa msingi limetatuliwa na urekebishaji wa kibinafsi wa PacBio CCS, ambao hutoa usomaji wa HIFI kwa zaidi ya 99% ya usahihi wa kusoma.
Utendaji katika ufafanuzi wa OTU
Tkupata faida za usomaji wa muda mrefu na matokeo ya juu, usahihi wa ufafanuzi unaweza kuongezeka kwa kasi na kufikia azimio la "kiwango cha spishi" katika utambuzi wa viumbe vidogo.
Rejea
Banerjee, Samiran, et al."Kuimarishwa kwa kilimo kunapunguza ugumu wa mtandao wa vijidudu na wingi wa ushuru wa msingi katika mizizi."Jarida la ISME (2019).
Tech na Vivutio inalenga kushiriki matumizi yaliyofaulu ya hivi majuzi zaidi ya teknolojia tofauti za upangaji matokeo ya hali ya juu katika nyanja mbalimbali za utafutaji pamoja na mawazo bora katika uundaji wa majaribio na uchimbaji data.
Muda wa kutuma: Jan-08-2022