Bidhaa

Mpangilio wa Metagenomic -NGS

Metagenome inarejelea mkusanyiko wa jumla ya nyenzo za kijenetiki za jumuiya mchanganyiko ya viumbe, kama vile metagenome ya kimazingira, metagenome ya binadamu, n.k. Ina jenomu za vijiumbe vidogo vinavyoweza kupandwa na visivyoweza kupandwa.Mfuatano wa Metagenomic ni zana ya molekuli inayotumiwa kuchanganua nyenzo mchanganyiko za jeni zilizotolewa kutoka kwa sampuli za mazingira, ambayo hutoa maelezo ya kina katika anuwai ya spishi na wingi, muundo wa idadi ya watu, uhusiano wa filojenetiki, jeni tendaji na mtandao wa uhusiano na sababu za mazingira.

Jukwaa:Jukwaa la Illumina NovaSeq

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Matokeo ya Onyesho

Uchunguzi kifani

Faida za Huduma

● Kutengwa na kulimwa bila malipo kwa wasifu wa jamii ndogo ndogo

● Ubora wa juu katika kugundua spishi zenye wingi mdogo katika sampuli za mazingira

● Wazo la “meta-” huunganisha vipengele vyote vya kibiolojia katika kiwango cha utendaji kazi, kiwango cha spishi na kiwango cha jeni, ambacho huakisi mtazamo unaobadilika ambao uko karibu na ukweli.

● BMK hukusanya matumizi makubwa katika aina mbalimbali za sampuli na zaidi ya sampuli 10,000 zimechakatwa.

Vipimo vya huduma

Jukwaa	Kufuatana	Data iliyopendekezwa	Wakati wa kugeuza
Jukwaa la Illumina NovaSeq	PE150	6 G/10 G/20 G	Siku 45 za kazi

Uchambuzi wa Bioinformatics

● Udhibiti wa ubora wa data ghafi

● Mkutano wa Metagenome

● Seti ya jeni isiyohitajika na ufafanuzi

● Uchambuzi wa aina mbalimbali

● Uchanganuzi wa utendakazi wa maumbile

● Uchambuzi wa vikundi

● Uchanganuzi wa muungano dhidi ya vipengele vya majaribio

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Mahitaji ya Sampuli:

KwaDondoo za DNA:

Aina ya Sampuli	Kiasi	Kuzingatia	Usafi
Dondoo za DNA	＞ 30 ng	＞ 1 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Kwa sampuli za mazingira:

Aina ya sampuli	Utaratibu wa sampuli uliopendekezwa
Udongo	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Dutu iliyokauka iliyobaki inahitaji kuondolewa kutoka kwa uso;Kusaga vipande vikubwa na kupitisha chujio cha mm 2;Sampuli za Aliquot katika bomba la EP au cyrotube kwa ajili ya kuhifadhi.
Kinyesi	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli katika EP-tube tasa au cryotube kwa ajili ya kuhifadhi.
Yaliyomo kwenye matumbo	Sampuli zinahitajika kusindika chini ya hali ya aseptic.Osha tishu zilizokusanywa na PBS;Centrifuge PBS na kukusanya precipitant katika EP-tubes.
Tope	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli ya tope kwenye bomba la EP au cryotube ili uhifadhi.
Maji	Kwa sampuli iliyo na kiasi kidogo cha vijidudu, kama vile maji ya bomba, maji ya kisima, n.k., Kusanya angalau lita 1 ya maji na upitishe kichujio cha 0.22 μm ili kuimarisha microbial kwenye membrane.Hifadhi membrane kwenye bomba la kuzaa.
Ngozi	Futa kwa uangalifu uso wa ngozi na usufi wa pamba au blade ya upasuaji na uiweke kwenye mirija isiyoweza kuzaa.

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Zigandishe sampuli katika nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au digrii -80 hadi uhifadhi wa muda mrefu.Sampuli ya usafirishaji na barafu kavu inahitajika.

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Utoaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Mpangilio wa Metagenomic-Nanopore

Inayofuata: Mpangilio wa Kinga ya Chromatin (ChIP-seq)

1.Histogram: Usambazaji wa spishi

2.Jeni zinazofanya kazi zilizofafanuliwa kwa njia za kimetaboliki za KEGG

3.Ramani ya joto: Utendakazi tofauti kulingana na wingi wa jeni4.Circos ya CARD antibiotic resistance jeni

Kesi ya BMK

Kuenea kwa jeni sugu za viuavijasumu na vimelea vya bakteria kando ya mwendelezo wa mizizi ya mikoko ya udongo.

Iliyochapishwa:Jarida la Nyenzo Hatari, 2021

Mkakati wa mpangilio:

Nyenzo: Dondoo za DNA za vipande vinne vya sampuli zinazohusiana na mizizi ya mikoko: udongo usiopandwa, rhizosphere, episphere na endosphere compartments
Jukwaa: Illumina HiSeq 2500
Malengo: Metagenome
16S rRNA jeni V3-V4 eneo

Matokeo muhimu

Mfuatano wa metagenomic na uwekaji wasifu wa metabarcoding kwenye mwendelezo wa mizizi ya udongo wa miche ya mikoko ilichakatwa ili kuchunguza uenezaji wa jeni sugu za viuavijasumu (ARGs) kutoka kwenye udongo hadi kwenye mimea.Data ya Metagenomic ilifichua kuwa 91.4% ya jeni sugu za viuavijasumu zilitambuliwa kwa kawaida katika sehemu zote nne za udongo zilizotajwa hapo juu, ambazo zilionyesha mtindo unaoendelea.Mfuatano wa amplicon ya 16S rRNA ulizalisha mfuatano 29,285, unaowakilisha spishi 346.Kwa kuchanganya na uwekaji wasifu wa spishi kwa mpangilio wa amplikoni, usambazaji huu ulionekana kuwa huru kwa vijidudu vinavyohusishwa na mizizi, hata hivyo, unaweza kuwezeshwa na simu ya chembe za urithi.Utafiti huu ulibainisha mtiririko wa ARGs na vimelea vya magonjwa kutoka kwenye udongo hadi kwenye mimea kupitia muendelezo uliounganishwa wa mizizi ya udongo.

Rejea

Wang, C. , Hu, R. , Strong, PJ , Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Kuenea kwa jeni sugu za viuavijasumu na vimelea vya bakteria kwenye mfululizo wa mizizi ya mikoko ya udongo.Jarida la Nyenzo Hatari, 408, 124985.