-
Mpangilio wa Genome wa Mimea/Mnyama
De novompangilio unarejelea ujenzi wa jenomu zima la spishi kwa kutumia teknolojia ya kupanga mpangilio, kwa mfano PacBio, Nanopore, NGS, n.k., bila kuwepo kwa jenomu marejeleo.Uboreshaji wa ajabu wa urefu wa usomaji wa teknolojia ya mfuatano wa kizazi cha tatu umeleta fursa mpya katika kuunganisha jenomu changamano, kama vile zile zenye heterozigosity ya juu, uwiano wa juu wa maeneo yanayojirudiarudia, poliploidi, n.k. Kwa urefu wa kusoma katika kiwango cha makumi ya kilobase, usomaji huu wa mfuatano huwezesha. utatuzi wa vipengele vinavyojirudia, maeneo yenye maudhui yasiyo ya kawaida ya GC na maeneo mengine changamano.
Jukwaa: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Mkutano wa Genome wa Hi-C
Hi-C ni mbinu iliyoundwa ili kunasa usanidi wa kromosomu kwa kuchanganya uchunguzi wa mwingiliano unaotegemea ukaribu na mpangilio wa matokeo ya juu.Nguvu ya mwingiliano huu inaaminika kuwa ina uhusiano hasi na umbali wa kimwili kwenye kromosomu.Kwa hivyo, data ya Hi-C inaweza kuongoza uunganishaji, upangaji na uelekezaji wa mfuatano uliokusanywa katika rasimu ya jenomu na kuziunganisha kwenye idadi fulani ya kromosomu.Teknolojia hii huwezesha mkusanyiko wa jenomu ya kiwango cha kromosomu bila kuwepo kwa ramani ya kijenetiki inayotegemea idadi ya watu.Kila jenomu moja inahitaji Hi-C.
Jukwaa: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Jenetiki ya Mageuzi
Jenetiki ya mabadiliko ni huduma iliyojaa ya kupanga mpangilio iliyoundwa kwa ajili ya kutoa tafsiri ya kina juu ya taarifa ya mageuzi ya nyenzo zilizotolewa kulingana na tofauti za kijeni, ikiwa ni pamoja na SNP, Indels, SVs na CNVs.Inatoa uchanganuzi wote wa kimsingi unaohitajika kuelezea mabadiliko ya mageuzi na vipengele vya kijeni vya idadi ya watu, kama vile muundo wa idadi ya watu, uanuwai wa kijeni, uhusiano wa filojinia, n.k. Pia ina tafiti kuhusu mtiririko wa jeni, ambayo huwezesha kukadiria ukubwa wa idadi ya watu, wakati wa tofauti.
-
Genomics Linganishi
Jenomiki linganishi maana yake halisi ni kulinganisha mfuatano kamili wa jenomu na miundo ya spishi tofauti.Taaluma hii inalenga kufichua mageuzi ya spishi, utendaji kazi wa jeni, utaratibu wa udhibiti wa jeni katika kiwango cha jenomu kwa kutambua miundo ya mfuatano na vipengele vilivyohifadhi au kutofautisha kati ya spishi mbalimbali.Utafiti wa kawaida wa linganishi wa jeni hujumuisha uchanganuzi katika familia ya jeni, ukuaji wa mageuzi, urudufu kamili wa jenomu, shinikizo la kuchagua, n.k.
-
Uchambuzi wa Kutenganisha kwa wingi
Uchanganuzi wa utengano wa wingi (BSA) ni mbinu inayotumika kutambua kwa haraka viashirio vya kijenetiki vinavyohusiana na phenotype.Mtiririko mkuu wa BSA unajumuisha kuchagua vikundi viwili vya watu walio na phenotypes zinazopingana sana, ikiunganisha DNA ya watu wote ili kuunda wingi wa DNA, kubainisha mfuatano tofauti kati ya vidimbwi viwili.Mbinu hii imetumika sana katika kutambua viashirio vya kijeni vinavyohusishwa sana na jeni zinazolengwa katika jenomu za mimea/wanyama.
