Bidhaa

Jenetiki ya Mageuzi

Jenetiki ya mabadiliko ni huduma iliyojaa ya mfuatano iliyoundwa kwa ajili ya kutoa tafsiri ya kina juu ya maelezo ya mageuzi ya nyenzo zilizotolewa kulingana na tofauti za kijeni, ikiwa ni pamoja na SNP, Indels, SVs na CNVs.Inatoa uchanganuzi wote wa kimsingi unaohitajika kuelezea mabadiliko ya mageuzi na vipengele vya kijeni vya idadi ya watu, kama vile muundo wa idadi ya watu, uanuwai wa kijeni, uhusiano wa filojeni, n.k. Pia ina tafiti kuhusu mtiririko wa jeni, ambayo huwezesha ukadiriaji wa ukubwa wa idadi ya watu, muda wa tofauti.

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Matokeo ya Onyesho

Uchunguzi kifani

Faida za Huduma

Takagi et al.,Jarida la mmea, 2013

● Kukadiria muda na kasi ya spishi za mseto kulingana na tofauti katika kiwango cha nyukleotidi na amino asidi.
● Kufichua uhusiano wa kifilojenetiki unaotegemewa zaidi kati ya spishi zilizo na ushawishi mdogo wa mageuzi ya kuunganika na mageuzi sambamba.
● Kuunda viungo kati ya mabadiliko ya kijenetiki na phenotipu ili kugundua jeni zinazohusiana na sifa
● Kukadiria utofauti wa kijeni, unaoakisi uwezo wa mageuzi wa spishi
● Muda wa Kubadilisha Kasi zaidi
● Tajriba pana: BMK imekusanya uzoefu mkubwa katika miradi inayohusiana na idadi ya watu na mageuzi kwa zaidi ya miaka 12, inayoshughulikia mamia ya spishi, n.k. na imechangia katika zaidi ya miradi 80 ya kiwango cha juu iliyochapishwa katika Nature Communications, Mimea ya Molecular, Plant Biotechnology Journal, n.k.

Vipimo vya huduma

Nyenzo:

Kwa kawaida, angalau idadi ndogo ya watu watatu (kwa mfano spishi ndogo au aina) inapendekezwa.Kila jamii ndogo inapaswa kuwa na watu wasiopungua 10 (Mimea ＞15, inaweza kupunguzwa kwa spishi adimu).

Mkakati wa mpangilio:

* WGS inaweza kuajiriwa kwa spishi zilizo na jenomu ya marejeleo ya ubora wa juu, ilhali SLAF-Seq inatumika kwa spishi zilizo na au bila jenomu ya marejeleo, au genome rejeleo la ubora duni.

Inatumika kwa saizi ya jenomu	WGS	Vitambulisho vya SLAF (×10,000)
≤ 500 Mb	10×/mtu binafsi	WGS inapendekezwa zaidi
500 Mb - 1 Gb		10
Gb 1 - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Uchambuzi wa Bioinformatics

● Uchambuzi wa mageuzi

● Ufagiaji wa kuchagua

● Mtiririko wa jeni

● Historia ya idadi ya watu

● Muda wa kutengana

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Mahitaji ya Sampuli:

Aina	Tishu	WGS-NGS	SLAF
Mnyama	Visceral tishu	0.5~1g	0.5g
	Tishu za misuli
	Damu ya mamalia	1.5mL	1.5mL
	Damu ya kuku/Samaki
Mmea	Jani Safi	1 ~ 2g	0.5~1g
	Petali/ Shina
	Mzizi/Mbegu
Seli	Kiini cha kitamaduni

gDNA

Kuzingatia
(ng/ul)

Kiasi

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1.6

1.6-2.5

WGS-NGS

≥1

≥0.1

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Muundo wa majaribio

Utoaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: Uchambuzi wa Kutenganisha kwa wingi

Inayofuata: Metabolomics

*Matokeo ya onyesho yaliyoonyeshwa hapa yote yanatoka kwa jenomu zilizochapishwa na BMKGENE

1.Uchambuzi wa mageuzi una ujenzi wa mti wa phylogenetic, muundo wa idadi ya watu na PCA kulingana na tofauti za maumbile.

Mti wa filojenetiki unawakilisha uhusiano wa kitaksonomia na mageuzi kati ya spishi na babu wa kawaida.
PCA inalenga kuibua ukaribu kati ya idadi ndogo ya watu.
Muundo wa idadi ya watu unaonyesha uwepo wa idadi ndogo ya kinasaba tofauti kulingana na masafa ya aleli.

3-1 Phylogenetic-mti 3-2PCA 3-3Muundo wa idadi ya watu

Chen, na wengine.al.,PNAS, 2020

2.Kufagia kwa kuchagua

Kufagia kwa kuchagua kunarejelea mchakato ambao tovuti yenye faida huchaguliwa na masafa ya tovuti zisizoegemea upande wowote huongezeka na zile za tovuti ambazo hazijaunganishwa hupunguzwa, na hivyo kusababisha kupunguzwa kwa eneo.

Ugunduzi wa jenomu kote kwenye maeneo maalum ya kufagia huchakatwa kwa kukokotoa faharasa ya kijenetiki ya idadi ya watu（π，Fst, Tajima's D) ya SNP zote ndani ya dirisha linaloteleza (Kb 100) kwa hatua fulani (Kb 10).

Utofauti wa Nucleotidi (π)
4 Nucleotidi-anuwai(π)

Tajima D
5Tajima's-D

Kielezo cha kurekebisha (Fst)

6 Faharasa ya Kurekebisha (Mwisho)

Wu, na.al.,Kiwanda cha Masi, 2018

3.Mtiririko wa Jeni

7Mtiririko wa jeni

Wu, na.al.,Kiwanda cha Masi, 2018

4.Historia ya idadi ya watu

8Historia ya idadi ya watu

Zhang na wengine.al.,Ikolojia ya Asili & Mageuzi, 2021

5.Wakati wa tofauti

9Wakati wa tofauti

Zhang na wengine.al.,Ikolojia ya Asili & Mageuzi, 2021

Kesi ya BMK

Ramani ya utofauti wa jeni hutoa maarifa juu ya msingi wa kijenetiki wa uteuzi wa Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis)

Iliyochapishwa: Kiwanda cha Masi, 2018

Mkakati wa mpangilio:

Kufuatana: kina cha mpangilio: 10×

Matokeo muhimu

Katika utafiti huu, kabichi za Kichina 194 zilichakatwa kwa ajili ya kupangwa upya kwa kina cha wastani cha 10×, ambacho kilitoa SNP 1,208,499 na InDels 416,070.Uchunguzi wa phylogenetic kwenye mistari hii 194 umeonyesha kuwa mistari hii inaweza kugawanywa katika ecotypes tatu, spring, majira ya joto na vuli.Kwa kuongeza, muundo wa idadi ya watu na uchambuzi wa PCA ulionyesha kuwa kabichi ya Kichina ya spring ilitoka kwa kabichi ya vuli huko Shandong, Uchina.Hizi zililetwa baadaye Korea na Japani, zikavukwa na mistari ya kienyeji na baadhi ya aina za hizo za kuchelewa zililetwa nchini China na hatimaye zikawa kabichi ya Spring Chinese.

Uchanganuzi wa jenomu kwenye kabichi za Kichina za majira ya kuchipua na kabichi za vuli kwenye uteuzi ulifunua loci 23 za jeni ambazo zimepitia uteuzi thabiti, mbili kati yao zilipishana na eneo la kudhibiti muda wa bolting kulingana na uchoraji wa ramani wa QTL.Maeneo haya mawili yalipatikana kuwa na jeni muhimu zinazodhibiti maua, BrVIN3.1 na BrFLC1.Jeni hizi mbili zilithibitishwa zaidi kuhusika katika kuongeza muda kwa utafiti wa maandishi na majaribio ya transgenic.

Utafiti wa PB-full-length-RNA-Sequencing-kesi

Uchambuzi wa muundo wa idadi ya watu kwenye kabichi za Kichina

Maelezo ya maumbile juu ya uteuzi wa kabichi ya Kichina

Rejea

Tongbing, na wengine."Ramani ya Tofauti ya Genomic Inatoa Maarifa kuhusu Msingi wa Kinasaba wa Uchaguzi wa Kabichi ya Kichina ya Spring (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Mimea ya Masi,11(2018):1360-1376.