Genomics Linganishi
Faida za Huduma
● Kifurushi cha uchambuzi wa kina, kilicho na uchanganuzi nane unaohitajika sana
● Kuegemea juu katika uchanganuzi wenye ufasiri wa kina na unaoeleweka kwa urahisi kuhusu matokeo
● Takwimu zilizoundwa vyema tayari kuchapishwa
● Timu yenye ujuzi wa juu wa bioinformatics hutimiza mahitaji mbalimbali ya uchanganuzi unaobinafsishwa
● Muda mfupi zaidi wa kurejea na usahihi wa juu zaidi katika uchanganuzi
● Uzoefu mwingi na zaidi ya kesi 90 zilizofaulu na matokeo yaliyolimbikizwa yaliyochapishwa ya zaidi ya 900
Vipimo vya huduma
| Muda uliokadiriwa wa kurejea | Idadi ya aina | Inachanganua |
| Siku 30 za kazi | 6 - 12 | Mchanganyiko wa familia ya jeni Jeni upanuzi wa familia na contraction Ujenzi wa miti ya Phylogenetic Ukadiriaji wa muda wa mseto (urekebishaji wa visukuku unahitajika) Muda wa kuweka LTR (Kwa mimea) Urudufu kamili wa jenomu (Kwa mimea) Shinikizo la kuchagua Uchambuzi wa synteny |
Uchambuzi wa Bioinformatics
● Familia ya jeni
● Filojenetiki
● Muda wa kutengana
● Shinikizo la kuchagua
● Uchambuzi wa ulinganifu
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
Tishu au DNA ya kupanga na kuunganisha jenomu
Kwa Tishu
| Aina | Tishu | Utafiti | PacBio CCS |
| Mnyama | Visceral tishu | 0.5 ~ 1g | ≥ 3.5g |
| Tishu za misuli | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0mL | |||
| Damu ya mamalia | |||
| ≥ 0.5mL | |||
| Damu ya kuku/Samaki | |||
| Mmea | Jani Safi | 1 ~ 2g | ≥ 5.0g |
| Petali/ Shina | 1 ~ 2g | ≥ 10.0g | |
| Mzizi/Mbegu | 1 ~ 2g | ≥ 20.0g | |
| Seli | Kiini cha kitamaduni | - | ≥ 1 x 108 |
Data
Faili za mfuatano wa jenomu(.fasta) na faili za ufafanuzi (.gff3) za spishi zinazohusiana kwa karibu
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
*Matokeo ya onyesho yanayoonyeshwa hapa yote yanatoka kwa jenomu zilizochapishwa na Biomarker Technologies
1. Kadirio la wakati wa kuingiza LTR: Kielelezo kilichoonyeshwa usambazaji wa kipekee wa pande mbili katika nyakati za uwekaji wa LTR-RTs katika jenomu ya rye ya Weining, ikilinganishwa na spishi zingine.Kilele cha hivi karibuni kilionekana karibu miaka milioni 0.5 iliyopita.
Li Guang et al.,Jenetiki za asili, 2021
2.Uchambuzi wa Phylogeny na jeni za familia kwenye chayote (Sechium edule) : Kwa kuchanganua chayote na spishi zingine 13 zinazohusiana katika familia ya jeni, Chayote ilionekana kuwa na uhusiano wa karibu zaidi na kibuyu cha nyoka (Trichosanthes anguina).Chayote inayotokana na kibuyu cha nyoka karibu na 27-45 Mya na urudiaji wa jenomu nzima(WGD) ilionekana katika chayote mnamo 25±4 Mya, ambalo ni tukio la tatu la WGD katika cucuibitaceae.
Fu A et al.,Utafiti wa Kilimo cha bustani, 2021
3.Uchambuzi wa ulinganifu: Baadhi ya jeni zinazohusiana na phytohormones katika ukuzaji wa matunda zilipatikana kwenye chayote, kibuyu cha nyoka na boga.Uhusiano kati ya chayote na boga ni juu kidogo kuliko ule kati ya chayote na kibuyu cha nyoka.
Fu A et al.,Utafiti wa Kilimo cha bustani, 2021
4.Uchanganuzi wa familia ya jeni: Uboreshaji wa KEGG juu ya upanuzi wa familia ya jeni na mnyweo katika jenomu za G.thurberi na G.davidsonii ulionyesha kuwa jeni za steroidi za kibaolojia na jeni zinazohusiana na biosynthesis ya brassinosteroid zilipanuliwa.
Yang Z et al.,Biolojia ya BMC, 2021
5.Uchanganuzi wa urudufishaji wa jenomu zima: Uchanganuzi wa usambazaji wa 4DTV na Ks umeonyeshwa tukio zima la kurudia jenomu.Vilele vya intraspecies vilivyoonyeshwa matukio ya kurudia.Vilele vya interspishi vilivyoonyeshwa matukio maalum.Uchanganuzi ulionyesha kuwa kwa kulinganisha na spishi zingine tatu zinazohusiana kwa karibu, O. europaea ilipitia urudufu wa jeni kwa kiwango kikubwa hivi majuzi.
Rao G na wenzake,Utafiti wa Kilimo cha bustani, 2021
Kesi ya BMK
Waridi bila chokochoko: maarifa ya kinasaba yanayohusishwa na kukabiliana na unyevu
Iliyochapishwa: Mapitio ya Sayansi ya Kitaifa, 2021
Mkakati wa mpangilio:
'BasyeIsiyo na miiba(R.Wichurainan) jenomu:
Takriban.93 X PacBio + takriban.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Matokeo muhimu
1.Ubora wa juu wa jenomu ya R.wichuraiana iliundwa kwa kutumia mbinu za kupanga mpangilio zilizosomwa kwa muda mrefu, ambazo hutoa mkusanyiko wa 530.07 Mb (Kadirio la ukubwa wa jenomu lilikuwa takriban 525.9 Mb kwa saitoometri ya mtiririko na 525.5 kwa uchunguzi wa jenomu Heterozygosity ilikuwa karibu 1.03%);BUSCO inakadiriwa alama ilikuwa 93.9%.Ikilinganishwa na "Blush ya zamani" (haploOB), ubora na ukamilifu wa jenomu hii ulithibitishwa na usahihi wa msingi wa msingi mmoja na faharasa ya mkusanyiko wa LTR (LAI=20.03).R.wichuraiana jenomu ina jeni 32,674 za usimbaji za protini.
2.Uchanganuzi wa pamoja wa omics nyingi, unaojumuisha genomics linganishi, nakala, uchanganuzi wa QTL wa idadi ya vinasaba, ulifichua ubainifu muhimu kati ya R. wichuraiana na Rosa chinensis.Pia, utofauti wa usemi wa jeni zinazohusiana katika QTL uliwezekana kuhusishwa na muundo wa mchomo wa shina.
Uchanganuzi wa kulinganisha wa jeni kati ya Basye;s Thornless na Rosa chinensis ikijumuisha uchanganuzi wa sinteni, nguzo ya familia ya jeni, uchanganuzi wa upanuzi na mnyweo, ulifichua idadi kubwa ya tofauti, ambazo zilihusiana na sifa muhimu katika waridi.Upanuzi wa kipekee katika NAC na familia ya jeni ya FAR1/FRS ilikuwa na uwezekano mkubwa wa kuhusishwa na upinzani dhidi ya doa nyeusi.
Uchanganuzi linganishi wa jeni kati ya BT na genome za haploOB.
Zhong, M. , na wengine."Rose bila prickle: ufahamu wa jeni unaohusishwa na urekebishaji wa unyevu"Mapitio ya Sayansi ya Kitaifa, 2021;, nab092.
