Uchambuzi wa Kutenganisha kwa wingi
Faida za Huduma
Takagi et al., Jarida la mmea, 2013
● Ujanibishaji sahihi: Kuchanganya wingi na watu 30+30 hadi 200+200 ili kupunguza kelele ya chinichini;utabiri wa eneo la mgombeaji kwa msingi wa mutatani zisizo na jina moja.
● Uchanganuzi wa kina: Ufafanuzi wa kina wa utendakazi wa jeni la mteuliwa, ikijumuisha NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, n.k.
● Muda wa Kugeuza Haraka: Ujanibishaji wa haraka wa jeni ndani ya siku 45 za kazi.
● Uzoefu wa kina: BMK imechangia katika maelfu ya sifa za ujanibishaji, inayojumuisha aina mbalimbali za mimea kama vile mazao, mazao ya majini, misitu, maua, matunda, n.k.
Vipimo vya huduma
Idadi ya watu:
Kutenganisha kizazi cha wazazi na phenotypes zinazopingana.
mfano F2 kizazi, Backcrossing (BC), Recombinant inbred line(RIL)
Bwawa la kuchanganya
Kwa sifa za ubora: watu 30 hadi 50 (kiwango cha chini 20) / wingi
Kwa tratis ya kiasi: juu ya 5% hadi 10% ya watu walio na phenotypes kali zaidi katika idadi ya watu (kiwango cha chini 30+30).
Kina cha mpangilio kinachopendekezwa
Angalau 20X/mzazi na 1X/mtoto mtu binafsi (kwa mfano, kwa kikundi cha watoto 30+30, kina cha mfuatano kitakuwa 30X kwa wingi)
Uchambuzi wa Bioinformatics
● Ufuataji wa jenomu zima
● Uchakataji wa data
● Kupiga simu kwa SNP/Indel
● Uchunguzi wa eneo la mgombea
● Dokezo la utendakazi wa jeni la mteuliwa
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
Nucleotides:
| Sampuli ya gDNA | Sampuli ya tishu |
| Kuzingatia: ≥30 ng/μl | Mimea: 1-2 g |
| Kiasi: ≥2 μg (Juzuu ≥15 μl) | Wanyama: 0.5-1 g |
| Usafi: OD260/280= 1.6-2.5 | Damu nzima: 1.5 ml |
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Muundo wa majaribio
Utoaji wa sampuli
Uchimbaji wa RNA
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1. Msingi wa uchanganuzi wa shirika kwenye Umbali wa Euclidean (ED) ili kutambua eneo la mgombea.Katika takwimu ifuatayo
Mhimili wa X: Nambari ya kromosomu;Kila nukta inawakilisha thamani ya ED ya SNP.Laini Nyeusi inalingana na thamani ya ED iliyowekwa.Thamani ya juu ya ED inaonyesha uhusiano muhimu zaidi kati ya tovuti na phenotype.Deshi nyekundu inawakilisha kizingiti cha uhusiano muhimu.
2.Uchanganuzi wa ushirika usio na kielezo cha SNP
Mhimili wa X: Nambari ya kromosomu;Kila nukta inawakilisha thamani ya faharasa ya SNP.Mstari mweusi unawakilisha thamani ya faharasa ya SNP.Kadiri thamani inavyokuwa kubwa, ndivyo ushirika unavyokuwa muhimu zaidi.
Kesi ya BMK
Athari kuu ya sifa ya upimaji Fnl7.1 husimba protini nyingi ya marehemu ya kiinitete inayohusishwa na urefu wa shingo ya matunda kwenye tango.
Iliyochapishwa: Jarida la Bioteknolojia ya mmea, 2020
Mkakati wa mpangilio:
Wazazi (Jin5-508, YN): Jenomu nzima inayofuatana kwa 34× na 20×.
Mabwawa ya DNA (Shingo ndefu 50 na shingo fupi 50): Inayofuatana kwa 61× na 52×
Matokeo muhimu
Katika utafiti huu, kutenganisha idadi ya watu (F2 na F2:3) kulitokana na kuvuka mstari wa tango wenye shingo ndefu Jin5-508 na shingo fupi YN.Mabwawa mawili ya DNA yalijengwa na watu 50 wenye shingo ndefu na watu 50 wenye shingo fupi sana.Athari kuu ya QTL ilitambuliwa kwenye Chr07 kwa uchanganuzi wa BSA na uchoraji ramani wa jadi wa QTL.Eneo la mgombea lilipunguzwa zaidi na ramani nzuri, hesabu za usemi wa jeni na majaribio ya kubadilisha maumbile, ambayo yalifichua jeni muhimu katika kudhibiti urefu wa shingo, CsFnl7.1.Kwa kuongeza, upolimishaji katika eneo la waendelezaji wa CsFnl7.1 ilipatikana kuhusishwa na usemi unaolingana.Uchambuzi zaidi wa filojenetiki ulipendekeza kuwa locus ya Fnl7.1 ina uwezekano mkubwa wa kuwa ilitoka India.
 Uchoraji ramani ya QTL katika uchanganuzi wa BSA ili kutambua eneo la mtahiniwa linalohusishwa na urefu wa shingo ya tango |  Maelezo ya LOD ya QTL yenye urefu wa shingo ya tango yaliyotambuliwa kwenye Chr07 |
Xu, X. , na wengine."Tabia ya athari kubwa ya kiasi Fnl7.1 husimba protini nyingi ya marehemu ya kiinitete inayohusishwa na urefu wa shingo ya matunda kwenye tango."Jarida la Bioteknolojia ya Mimea 18.7(2020).
