Bidhaa

16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio

Kitengo kidogo cha 16S na 18S rRNA kilicho na maeneo yaliyohifadhiwa sana na yanayobadilika kupita kiasi ni alama ya kidole ya molekuli ya utambuzi wa viumbe vya prokariyoti na yukariyoti.Kwa kuchukua faida ya mpangilio, amplikoni hizi zinaweza kulengwa kulingana na sehemu zilizohifadhiwa na maeneo yanayobadilika-badilika yanaweza kuainishwa kikamilifu kwa utambulisho wa vijiumbe vidogo vinavyochangia katika tafiti zinazohusu uchanganuzi wa viumbe hai, taksonomia, filojeni, n.k. Molekuli-moja katika muda halisi (SMRT) ) mpangilio wa jukwaa la PacBio huwezesha upataji wa usomaji sahihi wa muda mrefu, ambao unaweza kufunika amplikoni za urefu kamili (takriban 1.5 KB).Mtazamo mpana wa uwanja wa kijeni uliboresha sana azimio katika ufafanuzi wa spishi katika jamii ya bakteria au fangasi.

Jukwaa:Muendelezo wa PacBio II

Wasiliana nasi

Maelezo ya Huduma

Matokeo ya Onyesho

Uchunguzi kifani

Faida za Huduma

● Usomaji wa muda mrefu unaonyesha mfuatano wa urefu kamili wa 16S/18S/ITS

● Upigaji simu sahihi kabisa kwa kutumia mpangilio wa modi ya PacBio CCS

● Ubora wa kiwango cha spishi katika ufafanuzi wa OTU/ASV

● Mtiririko wa hivi punde wa uchanganuzi wa QIIME2 wenye uchanganuzi mbalimbali kulingana na hifadhidata, ufafanuzi, OTU/ASV.

● Hutumika kwa tafiti mbalimbali za jumuiya ya vijidudu

● BMK inamiliki matumizi makubwa ya sampuli zaidi ya 100,000 kwa mwaka, kufunika udongo, maji, gesi, tope, kinyesi, utumbo, ngozi, mchuzi wa kuchachusha, wadudu, mimea n.k.

● BMKCloud iliwezesha ukalimani wa data iliyo na zana 45 za kuchanganua zilizobinafsishwa

Vipimo vya huduma

KufuatanaJukwaa	Maktaba	Data iliyopendekezwa	Muda wa Kugeuza
Muendelezo wa PacBio II	SMRT-kengele	Lebo 5K/10K/20K	Siku 44 za kazi

Uchambuzi wa Bioinformatics

● Udhibiti wa ubora wa data ghafi

● Nguzo za OTU/De-noise(ASV)

● Dokezo la OTU

● Utofauti wa alfa

● Utofauti wa Beta

● Uchambuzi wa vikundi

● Uchanganuzi wa muungano dhidi ya vipengele vya majaribio

● Utabiri wa jeni za kazi

Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji

Mahitaji ya Sampuli:

KwaDondoo za DNA:

Aina ya Sampuli	Kiasi	Kuzingatia	Usafi
Dondoo za DNA	μg 1	＞ 20 ng/μl	OD260/280= 1.6-2.5

Kwa sampuli za mazingira:

Aina ya sampuli	Utaratibu wa sampuli uliopendekezwa
Udongo	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Dutu iliyokauka iliyobaki inahitaji kuondolewa kutoka kwa uso;Kusaga vipande vikubwa na kupitisha chujio cha mm 2;Sampuli za Aliquot katika bomba la EP au cyrotube kwa ajili ya kuhifadhi.
Kinyesi	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli katika EP-tube tasa au cryotube kwa ajili ya kuhifadhi.
Yaliyomo kwenye matumbo	Sampuli zinahitajika kusindika chini ya hali ya aseptic.Osha tishu zilizokusanywa na PBS;Centrifuge PBS na kukusanya precipitant katika EP-tubes.
Tope	Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli ya tope kwenye bomba la EP au cryotube ili uhifadhi.
Maji	Kwa sampuli iliyo na kiasi kidogo cha vijidudu, kama vile maji ya bomba, maji ya kisima, n.k., Kusanya angalau lita 1 ya maji na upitishe kichujio cha 0.22 μm ili kuimarisha microbial kwenye membrane.Hifadhi membrane kwenye bomba la kuzaa.
Ngozi	Futa kwa uangalifu uso wa ngozi na usufi wa pamba au blade ya upasuaji na uiweke kwenye mirija isiyoweza kuzaa.

Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa

Zigandishe sampuli katika nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au digrii -80 hadi uhifadhi wa muda mrefu.Sampuli ya usafirishaji na barafu kavu inahitajika.

Mtiririko wa Kazi ya Huduma

Utoaji wa sampuli

Ujenzi wa maktaba

Kufuatana

Uchambuzi wa data

Huduma za baada ya kuuza

Iliyotangulia: 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS

Inayofuata: Uchambuzi wa Chromatin Inayopatikana kwa Transposase yenye Mipangilio ya Juu ya Kupitisha (ATAC-seq)

1.Kiwango cha ufafanuzi cha uwekaji wasifu wa jumuiya ya vijidudu kwa V3+V4(Illumina) dhidi ya wasifu unaotegemea urefu kamili (PacBio).
(Takwimu za miradi 30 iliyochaguliwa kwa nasibu ilitumika kwa takwimu)

2. Kiwango cha ufafanuzi cha mpangilio wa amplicon ya urefu kamili katika kiwango cha spishi katika aina tofauti za sampuli

3.Usambazaji wa spishi

4.Mti wa Phylogenetic

Kesi ya BMK

Mfiduo wa arseniki husababisha uharibifu wa kizuizi cha matumbo na uanzishaji wa mhimili wa ini na kusababisha kuvimba na pyroptosis ya ini katika bata.

Iliyochapishwa:Sayansi ya Jumla ya Mazingira,2021

Mkakati wa mpangilio:

Sampuli: Dhibiti dhidi ya 8 mg/kg kundi lililowekwa wazi la ATO
Mpangilio wa mavuno ya data: Mfuatano mbichi wa CCS 102,583 kwa jumla
Udhibiti: CCS 54,518 ± 747 yenye ufanisi
ATO-iliyofichuliwa : 45,050 ± 1675 CCS yenye ufanisi

Matokeo muhimu

Utofauti wa alfa:Mfiduo wa ATO ulibadilisha kwa kiasi kikubwa wingi wa vijidudu vya matumbo na utofauti wa bata.

Uchambuzi wa metastats:
Katika kiwango cha phylum: phyla 2 ya bakteria hugunduliwa tu katika vikundi vya udhibiti
Katika kiwango cha jenasi: jenasi 6 zilipatikana tofauti sana katika wingi wa jamaa
Katika kiwango cha spishi: spishi 36 zilitambuliwa kwa jumla, na 6 kati yao tofauti sana kwa wingi wa viumbe.

Rejea

Thingholm, LB , et al."Watu wanene walio na na wasio na Kisukari cha Aina ya 2 Huonyesha Uwezo na Muundo wa Utendaji wa Mikrobili ya Utumbo."Mpangishi wa Seli & Microbe26.2(2019).