16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Faida za Huduma
● Utambulisho wa bila kutengwa na wa haraka wa muundo wa vijiumbe katika sampuli za mazingira
● Ubora wa juu katika vipengele vya chini kwa wingi katika sampuli za mazingira
● Mtiririko wa hivi punde wa uchanganuzi wa QIIME2 wenye uchanganuzi mbalimbali kulingana na hifadhidata, ufafanuzi, OTU/ASV.
● Ubora wa juu, usahihi wa juu
● Hutumika kwa tafiti mbalimbali za jumuiya ya vijidudu
● BMK inamiliki matumizi makubwa ya sampuli zaidi ya 100,000 kwa mwaka, kufunika udongo, maji, gesi, tope, kinyesi, utumbo, ngozi, mchuzi wa kuchachusha, wadudu, mimea n.k.
● BMKCloud iliwezesha ukalimani wa data iliyo na zana 45 za kuchanganua zilizobinafsishwa
Vipimo vya huduma
| KufuatanaJukwaa | Maktaba | Matoleo ya data yaliyopendekezwa | Muda uliokadiriwa wa kurejea |
| Jukwaa la Illumina NovaSeq | PE250 | Lebo za 50K/100K/300K | Siku 30 |
Uchambuzi wa Bioinformatics
● Udhibiti wa ubora wa data ghafi
● Nguzo za OTU/De-noise(ASV)
● Dokezo la OTU
● Utofauti wa alfa
● Utofauti wa Beta
● Uchambuzi wa vikundi
● Uchanganuzi wa muungano dhidi ya vipengele vya majaribio
● Utabiri wa jeni za kazi
Mahitaji ya Sampuli na Uwasilishaji
Mahitaji ya Sampuli:
KwaDondoo za DNA:
| Aina ya Sampuli | Kiasi | Kuzingatia | Usafi |
| Dondoo za DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Kwa sampuli za mazingira:
| Aina ya sampuli | Utaratibu wa sampuli uliopendekezwa |
| Udongo | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Dutu iliyokauka iliyobaki inahitaji kuondolewa kutoka kwa uso;Kusaga vipande vikubwa na kupitisha chujio cha mm 2;Sampuli za Aliquot katika bomba la EP au cyrotube kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Kinyesi | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli katika EP-tube tasa au cryotube kwa ajili ya kuhifadhi. |
| Yaliyomo kwenye matumbo | Sampuli zinahitajika kusindika chini ya hali ya aseptic.Osha tishu zilizokusanywa na PBS;Centrifuge PBS na kukusanya precipitant katika EP-tubes. |
| Tope | Kiasi cha sampuli: takriban.5 g;Kusanya na aliquot sampuli ya tope kwenye bomba la EP au cryotube ili uhifadhi. |
| Maji | Kwa sampuli iliyo na kiasi kidogo cha vijidudu, kama vile maji ya bomba, maji ya kisima, n.k., Kusanya angalau lita 1 ya maji na upitishe kichujio cha 0.22 μm ili kuimarisha microbial kwenye membrane.Hifadhi membrane kwenye bomba la kuzaa. |
| Ngozi | Futa kwa uangalifu uso wa ngozi na usufi wa pamba au blade ya upasuaji na uiweke kwenye mirija isiyoweza kuzaa. |
Uwasilishaji wa Sampuli Uliopendekezwa
Zigandishe sampuli katika nitrojeni kioevu kwa saa 3-4 na uhifadhi katika nitrojeni kioevu au digrii -80 hadi uhifadhi wa muda mrefu.Sampuli ya usafirishaji na barafu kavu inahitajika.
Mtiririko wa Kazi ya Huduma
Utoaji wa sampuli
Ujenzi wa maktaba
Kufuatana
Uchambuzi wa data
Huduma za baada ya kuuza
1.Usambazaji wa spishi
2.Ramani ya joto: Mkusanyiko wa utajiri wa spishi
3.Mviringo adimu wa kikundi
4.Uchambuzi wa NMDS
5.Uchambuzi wa kushoto
Kesi ya BMK
Watu Wanene walio na Kisukari cha Aina ya 2 na wasio na Kisukari huonyesha uwezo na muundo tofauti wa vijidudu vya utumbo
Iliyochapishwa:Mpangishi wa Seli na Microbe, 2019
Mkakati wa mpangilio:
Upungufu usio na kisukari (n=633);Unene usio na kisukari (n=494);Kisukari cha Aina ya Pili (n=153);
Eneo linalolengwa: 16S rDNA V1-V2
Jukwaa: Illumina Miseq (mfuatano wa amplicon kulingana na NGS)
Kitengo kidogo cha dondoo za DNA kiliwekwa kwenye mpangilio wa metagenomic kwenye Illumina Hiseq
Matokeo muhimu
Profaili za microbial za magonjwa haya ya kimetaboliki zilifaulu kutofautishwa.
Kwa kulinganisha vipengele vya microbial vinavyotokana na mpangilio wa 16S, fetma ilionekana kuhusishwa na mabadiliko katika muundo wa microbial, vipengele vya mtu binafsi, hasa upungufu mkubwa wa Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, nk. Kwa kuongeza, T2D ilipatikana kuhusishwa na ongezeko la Escherichia / shigella. .
Rejea
Thingholm, LB , et al."Watu wanene walio na na wasio na Kisukari cha Aina ya 2 Huonyesha Uwezo na Muundo wa Utendaji wa Mikrobili ya Utumbo."Mpangishi wa Seli & Microbe26.2(2019).
