Specific-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Servicedetaljer
Tekniskt schema
Arbetsflöde
Servicefördelar
Hög effektivitet för upptäckt av markörer- High-throughput sekvenseringsteknologi hjälper SLAF-Seq att upptäcka hundratusentals taggar inom hela genomet.
Lågt beroende av genomet– Det kan appliceras på arter antingen med eller utan referensgenom.
Flexibel schemadesign- Enkelenzym, dubbelenzym, multi-enzym digestion och olika typer av enzymer, alla kan väljas för att tillgodose olika forskningsmål eller arter.Förutvärdering i silico används för att säkerställa en optimal enzymdesign.
Effektiv enzymatisk matsmältning– Förexperiment genomfördes för att optimera förutsättningarna, vilket gör det formella experimentet stabilt och pålitligt.Fragmentuppsamlingseffektivitet kan uppnå över 95 %.
Jämnt fördelade SLAF-taggar- SLAF-taggar är jämnt fördelade i alla kromosomer i störst utsträckning och uppnår i genomsnitt 1 SLAF per 4 kb.
Effektivt undvikande av upprepningar- Repetitiv sekvens i SLAF-Seq-data reduceras till lägre än 5%, speciellt i arter med hög nivå av upprepningar, såsom vete, majs, etc.
Omfattande erfarenhet-Över 2000 stängda SLAF-Seq-projekt på hundratals arter som täcker växter, däggdjur, fåglar, insekter, vattenorganismer, etc.
Egenutvecklat bioinformatiskt arbetsflöde- Ett integrerat bioinformatiskt arbetsflöde för SLAF-Seq utvecklades av BMKGENE för att säkerställa tillförlitlighet och noggrannhet i slutresultatet.
Servicespecifikationer
| Plattform | Konc.(ng/gl) | Totalt (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Volumn>15μl) | 1,6-2,5 |
Rekommenderad sekvenseringsstrategi
Sekvenseringsdjup: 10X/Tag
| Genomstorlek | Rekommenderade SLAF-taggar |
| < 500 Mb | 100K eller WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Jätte eller komplexa genom | 300 - 400 000 |
| Ansökningar
| Rekommenderad Befolkningsskala
| Sekvenseringsstrategi och djup
| |
| Djup
| Tagnummer
| ||
| GWAS
| Provnummer ≥ 200
| 10X
|
Enligt genomstorlek
|
| Genetisk evolution
| Individer av varje undergrupp ≥ 10; totalt antal prover ≥ 30
| 10X
| |
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör
För de flesta prover rekommenderar vi att inte konservera i etanol.
Provmärkning: Proverna måste vara tydligt märkta och identiska med det inlämnade provinformationsformuläret.
Försändelse: Torris: Proverna måste först packas i påsar och grävas ner i torris.
Service arbetsflöde
Prov QC
Pilotexperiment
SLAF-experiment
Biblioteksförberedelser
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1. Statistik över kartresultat
2. SLAF-markörutveckling
3. Variationsanteckning
| År | Tidning | IF | Titel | Ansökningar |
| 2022 | Naturkommunikation | 17,694 | Genomisk grund för giga-kromosomerna och giga-genomet hos trädpionen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Ny fytolog | 7,433 | Domesticeringsfotspår förankrar genomiska regioner av agronomisk betydelse i sojabönor | SLAF-GWAS |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genomomfattande artificiella intrång av Gossypium barbadense i G. hirsutum avslöjar överlägsna ställen för samtidig förbättring av bomullsfiberkvalitet och -utbyte egenskaper | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Molekylär växt | 10,81 | Populationsgenomisk analys och De Novo Assembly avslöjar ursprunget till Weedy Ris som ett evolutionärt spel | SLAF-Evolutionär genetik |
| 2019 | Naturgenetik | 31,616 | Genomsekvens och genetisk mångfald hos den vanliga karpen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage karta |
| 2014 | Naturgenetik | 25,455 | Genomet av odlade jordnötter ger insikt i baljväxtkaryotyper, polyploida evolution och odling av grödor. | SLAF-Linkage karta |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9,803 | Identifiering av ST1 avslöjar ett urval som involverar lifting av frömorfologi och oljeinnehåll under sojaböntämning | SLAF-Marker utveckling |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6,208 | Identifiering och utveckling av DNA-markörer för en Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomisk kromosomsubstitution | SLAF-Marker utveckling |
