Liten RNA-sekvensering-Illumina
Servicefördelar
● den första basen i 5'-änden har en stark preferens för U för att få specifika RNA
● förutsägelse av miRNA-målgen
● Data används för att göra gemensam analys med mRNA
● miRNA differentiellt uttryck
● förutsägelse av miRNA-målgen
● BMKCloud-baserad resultatleverans: Anpassad datautvinning tillgänglig på plattformen
● Eftermarknadstjänster giltiga i 3 månader efter projektets slutförande
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderad data | Data QC |
| sRNA | Illumina SE50 | 10M/20M avläsningar | Q30≥85 % |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 80 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥7,5; För djur: RIN≥8,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
*För vävnad som är mindre än 5 mg rekommenderar vi att du skickar snabbfryst (i flytande kväve) vävnadsprov.
Cellsuspension: Cellantal = 3×107
*Vi rekommenderar att du skickar fruset cellysat.Om cellen räknas mindre än 5×105, snabbfryst i flytande kväve rekommenderas.
Blodprover:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol och 2mL blod (TRIzol:Blod=3:1)
Rekommenderad provleverans
Behållare:
2 ml centrifugrör (stålfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sändning:
1.Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2.RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
1.miRNA Identifiering
Varje kandidatprekursor för nya miRNA som förutspås av miRDeep2 har en pdf-figur som visar dess struktur och sekvenseringsdjup.
miRNA-prekursorstruktur och sekvenseringsdjup
2.KEGG Anrikning av DE-miRNA riktade gener
I denna session undersökte Biomarker först om vägarna är överpresenterade med DE-miRNA-riktade gener.Anrikningsfaktorer och fisher-test användes för att fastställa anrikningsgraden och vägens betydelse.Beräkning av ekvation för anrikning visas nedan.
KEGG-väganrikning på DE-miRNA-riktade gener
3.GO-anrikningsanalys på DE-miRNA-riktade gener
clusterProfiler användes i GO-anrikningsanalys på DE-miRNA-riktade gener.Riktade acykliska grafer av de berikade termerna genererades för att visa termernas hierarkiska struktur.I figuren representerar pilarnas riktning inklusionsrelationer mellan termer, dvs noderna är mer specifika än deras övre noder.Riktad acylgraf av DE-miRNA-riktade gener visades i figuren nedan.
TopGO riktade acykliska grafer av DE-miRNA riktade gener
BMK Fall
Integrerad analys av MiRNA och gener associerade med köttkvalitet avslöjar att Gga-MiR-140-5p påverkar intramuskulär fettavlagring hos kycklingar
Publicerad:Cellulär fysiologi och biokemi,2018
Nyckelresultat
Sen värphöns uppvisade lägre globala uttrycksnivåer av miRNA än unga höns.
Ett regulatoriskt nätverk av mirNA-mrna som kan påverka köttkvaliteten konstruerades
gga-miR-140-5p främjar adipocytdifferentiering genom att nedreglera RXRG.
 gga-miR-140-5p främjar kyckling instramuskulär preadipocytdifferentiering genom att rikta in sig på 3'UTR av RXRG |
Referens
Zhang M, Li DH, Li F, et al.Integrerad analys av MiRNA och gener associerade med köttkvalitet avslöjar att Gga-MiR-140-5p påverkar intramuskulär fettavlagring hos kycklingar[J].Cellulär fysiologi och biokemi, 2018:2421-2433.DOI: 10.1159/000489649
