GENOMEVOLUTION
Genom De novo
Montering|Könsbestämning Hela sekvenseringsarbetet och partiella bioinformatiska tjänster tillhandahölls av Biomarker Techonologies.
Abstrakt
"Den ikoniska fenotypen av sjödragoner inkluderar bladliknande bihang, en tandlös rörformig mun och manlig graviditet som involverar inkubation av befruktade ägg på en öppen "blodlapp".Vi de novo-sekvenserade manliga och kvinnliga genom av den vanliga sjödragen (Phyllopteryx taeniolatus) och dess närbesläktade art, alligatorpipfisken (Syngnathoides biaculeatus).Transkriptionsprofiler från en evolutionär nyhet, de lövliknande bihangen, visar att en uppsättning gener som vanligtvis är involverade i fenutveckling har samordnats såväl som en berikning av transkript för potentiella vävnadsreparations- och immunförsvarsgener.Zebrafiskmutanterna för scpp5, som går förlorade i alla syngnathider, visade sig sakna eller ha deformerade faryngeala tänder, vilket stöder hypotesen att förlusten av scpp5 har bidragit till förlusten av tänder hos syngnathider.Ett förmodat könsbestämmande lokus som kodar för en mansspecifik amhr2y-gen som delas av vanliga sjödragon- och alligatorpipfiskar identifierades. ”
Material och metoder:
Material
Fvår gemensamma sjödrake (P. taeniolatus) och två alligatorpipfiskar (S. biaculeatus) exemplar.Två vanliga sjödrake (en hane och en hona) och två alligatorpipfiskar (en hane och en hona) individer användes för sekvensering av hela genomet, och två andra manliga individer av sjödrake användes för genomsekvensering.
Genomsekvenseringsstrategi
270/350 bp-bibliotek (Hiseq 2500) + Pacbio 20Kb (Sequel) eller Nanopore 30 Kb (MinION)+ Hi-C (NovaSeq 6000). sekvensering och två andra manliga sjödragonsindivider användes för genomsekvensering.
Transkriptomsekvensering
Feller vanlig sjödrake, hjärna, öga, gäl, lever, hjärta, njure, mesenterium, tarm, muskler, fena, hud, lövliknande bihang, testiklar och äggstockar samlades in.
Genome de novo monteringsstrategi
Canu (Korrektion) + WTDBG2 (Montering) + Pilon (polsk) + Lachesis (Hi-C).
Huvudresultat
Fig. 1. Huvuddragen hos den vanliga sjödragen (P. taeniolatus) och alligatorpipfisken (S. biaculeatus) och deras fylogenetiska positioner.
Fig. 2. Morfologi och genetisk sammansättning av de lövliknande bihangen i den vanliga sjödragen (P. taeniolatus).
Fig. 3. Förmodad könsbestämningsgen i den vanliga sjödragen (P. taeniolatus) och alligatorpipfisken (S. biaculeatus).
Fig. 4. Pharyngeala tandfenotyper i zebrafisk scpp5 homozygota mutanter.
Posttid: Jan-08-2022