Nanopore-baserad fullängds transkriptomsekvensering
Nanopore-sekvensering skiljer sig från andra sekvenseringsplattformar genom att nukleotiderna läses direkt utan DNA-syntes och genererar långa avläsningar vid tiotals kilobaser.Detta möjliggör direkt läsning av fullängdstranskript och att ta itu med utmaningarna i transkriptomiska studier.
√ Låg sekvensspecifik bias
√ Fullängdsavläsning av cDNA för studier av genstruktur
√ Mindre data krävs för att täcka samma antal avskrifter
√ Identifiering av flera isoformer per gen
√ Kvantifiering av uttryck på isoformnivå
Typisk bioinformatikpipeline
Senaste framgångsrika fall med biomarkörteknologier
1. Jämförande analyser av transkriptomer i full längd avslöjar utvecklingsdynamik för Gnetum luofuense stam
Tidskrift: Frontiers in Genetics
Publicerad: mars 2021
Nyckelord: MinION |Alternativ skarvning |APA |lncRNA |Differentiellt uttryckta avskrifter
Läs hela texten
2. Enkelriktad rörelse av små RNA från skott till rötter i interspecifika heterotransplantat
Tidskrift: Nature Plants
Publicerad: januari 2021
Nyckelord: Nanopore |Illumina |mobil mRNA-detektion i full längd
3. Fullängdstranskriptomanalys av sparrisrötter avslöjar den molekylära mekanismen för salttolerans inducerad av arbuskulära mykorrhizasvampar
Tidskrift: Environmental and Experimental Botany
Publicerad: januari 2021
Nyckelord: MinION |Differentiellt uttryckta avskrifter |Transkriptionsfaktorer |Alternativ skarvning
4. Fysiologiska karaktäristiska förändringar och fullängds transkriptom av ros (Rosa chinensis) rötter och blad som svar på torkastress
Tidskrift: Plant and Cell Physiology
Publicerad: oktober 2020
Nyckelord: PromethION |Differentiellt uttryckta avskrifter |Funktionell förutsägelse |Splitsade isoformer |TF och lncRNA
5. Analys och omfattande jämförelse av PacBio och nanoporbaserad RNA-sekvensering av Arabidopsis-transkriptomet
Journal: Plant Method
Publicerad: april 2020
Nyckelord: GridION |PromethION |PacBio uppföljare |Illumina NovaSeq |Genomanpassning |Avskriftsidentifiering |Alternativ skarvning |SSR |LncRNA |Isoform kvantifiering
Nyheter och höjdpunkter syftar till att dela de senaste framgångsrika fallen med Biomarker Technologies, fånga nya vetenskapliga landvinningar såväl som framstående tekniker som tillämpas under studien.
Posttid: Jan-08-2022