BMKCloud Log in
条形banner-03

Nyheter

Nanopore-baserad fullängds transkriptomsekvensering

Nanopore-sekvensering skiljer sig från andra sekvenseringsplattformar genom att nukleotiderna läses direkt utan DNA-syntes och genererar långa avläsningar vid tiotals kilobaser.Detta möjliggör direkt läsning av fullängdstranskript och att ta itu med utmaningarna i transkriptomiska studier.

√ Låg sekvensspecifik bias

√ Fullängdsavläsning av cDNA för studier av genstruktur

√ Mindre data krävs för att täcka samma antal avskrifter

√ Identifiering av flera isoformer per gen

√ Kvantifiering av uttryck på isoformnivå

nanopore-1

Typisk bioinformatikpipeline

Fullängds-trans-bix-1024x254

Senaste framgångsrika fall med biomarkörteknologier

1. Jämförande analyser av transkriptomer i full längd avslöjar utvecklingsdynamik för Gnetum luofuense stam

Tidskrift: Frontiers in Genetics

Publicerad: mars 2021

Nyckelord: MinION |Alternativ skarvning |APA |lncRNA |Differentiellt uttryckta avskrifter

Läs hela texten

2. Enkelriktad rörelse av små RNA från skott till rötter i interspecifika heterotransplantat

Tidskrift: Nature Plants

Publicerad: januari 2021

Nyckelord: Nanopore |Illumina |mobil mRNA-detektion i full längd

3. Fullängdstranskriptomanalys av sparrisrötter avslöjar den molekylära mekanismen för salttolerans inducerad av arbuskulära mykorrhizasvampar

Tidskrift: Environmental and Experimental Botany

Publicerad: januari 2021

Nyckelord: MinION |Differentiellt uttryckta avskrifter |Transkriptionsfaktorer |Alternativ skarvning

4. Fysiologiska karaktäristiska förändringar och fullängds transkriptom av ros (Rosa chinensis) rötter och blad som svar på torkastress

Tidskrift: Plant and Cell Physiology

Publicerad: oktober 2020

Nyckelord: PromethION |Differentiellt uttryckta avskrifter |Funktionell förutsägelse |Splitsade isoformer |TF och lncRNA

5. Analys och omfattande jämförelse av PacBio och nanoporbaserad RNA-sekvensering av Arabidopsis-transkriptomet

Journal: Plant Method

Publicerad: april 2020

Nyckelord: GridION |PromethION |PacBio uppföljare |Illumina NovaSeq |Genomanpassning |Avskriftsidentifiering |Alternativ skarvning |SSR |LncRNA |Isoform kvantifiering

Nyheter och höjdpunkter syftar till att dela de senaste framgångsrika fallen med Biomarker Technologies, fånga nya vetenskapliga landvinningar såväl som framstående tekniker som tillämpas under studien.


Posttid: Jan-08-2022

Skicka ditt meddelande till oss: