GENOM
Kromosomskalig sammansättning och analys av biomassagröda Miscanthus lutarioriparius genom
Nanopore-sekvensering |Illumina |Hi-C |RNA-sekvensering |Fylogeni
I den här studien gav Biomarker Technologies tekniskt stöd för Nanopore-sekvensering, de novo genommontering, Hi-C-assisterad montering, etc.
Abstrakt
Miscanthus, en rhizomatös flerårig växt, har stor potential för bioenergiproduktion för sin höga biomassa och stresstolerans.Vi rapporterar en sammansättning i kromosomskala avMiscanthus lutarioripariusgenom att kombinera Oxford Nanopore-sekvensering och Hi-C-teknologier.Sammansättningen på 2,07 Gb täcker 96,64 % av genomet, med contig N50 på 1,71 Mb.Centromer- och telomersekvenserna är sammansatta för alla 19 kromosomerna respektive kromosom 10.Allotetraploid ursprung för M. lutarioriparius bekräftas med hjälp av centromeriska satellitupprepningar.Den tetraploida genomstrukturen och flera kromosomala omarrangemang i förhållande till sorghum visas tydligt.Tandem duplicerade gener avM. lutarioripariusär funktionella berikade inte bara i termer relaterade till stressrespons, utan cellväggsbiosyntes.Genfamiljer relaterade till sjukdomsresistens, cellväggsbiosyntes och metalljontransport är kraftigt utvidgade och utvecklade.Utvidgningen av dessa familjer kan vara en viktig genomisk grund för förbättringen av anmärkningsvärda egenskaper hosM. lutarioriparius.
Nyckelstatistik för genomsamling
Figur.Översikt över M. lutarioriparius genomsammansättning
Nyheter och höjdpunkter syftar till att dela de senaste framgångsrika fallen med Biomarker Technologies, fånga nya vetenskapliga landvinningar såväl som framstående tekniker som tillämpas under studien.
Posttid: 2022-05-05