Metagenomisk sekvensering-Nanopore
Servicefördelar
● Högkvalitativ montering - Förbättra noggrannheten för artidentifiering och funktionella genförutsägelser
● Sluten bakteriegenomisolering
● Kraftfullare och tillförlitligare tillämpning inom olika områden, t.ex. detektion av patogena mikroorganismer eller antibiotikaresistensrelaterade gener
● Jämförande metagenomanalys
Servicespecifikationer
| Plattform | Sekvensering | Rekommenderad data | Handläggningstid |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 arbetsdagar |
Bioinformatikanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● Metagenommontage
● Icke-redundant genuppsättning och anteckning
● Artmångfaldsanalys
● Genetisk funktionsdiversitetsanalys
● Intergruppsanalys
● Associationsanalys mot experimentella faktorer
Exempel på krav och leverans
Provkrav och leverans
Exempelkrav:
FörDNA-extrakt:
| Provtyp | Belopp | Koncentration | Renhet |
| DNA-extrakt | 1-1,5 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
För miljöprover:
| Provtyp | Rekommenderat provtagningsförfarande |
| Jord | Provtagningsmängd: ca.5 g;Återstående vissnat ämne måste avlägsnas från ytan;Mal stora bitar och passera genom 2 mm filter;Alikvotera prover i sterilt EP-rör eller cyrotub för reservation. |
| Avföring | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera prover i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation. |
| Tarminnehåll | Prover måste bearbetas under aseptiska förhållanden.Tvätta uppsamlad vävnad med PBS;Centrifugera PBS och samla upp fällningsmedlet i EP-rör. |
| Slam | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera slamprov i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation |
| Vattenkropp | För prov med begränsad mängd mikrobiella, såsom kranvatten, brunnsvatten, etc., Samla upp minst 1 L vatten och passera genom 0,22 μm filter för att berika mikrobiella på membranet.Förvara membranet i sterilt rör. |
| Hud | Skrapa försiktigt hudytan med en steril bomullspinne eller kirurgiskt blad och placera den i ett sterilt rör. |
Rekommenderad provleverans
Frys in proverna i flytande kväve i 3-4 timmar och förvara i flytande kväve eller -80 grader till långtidsreservation.Provfrakt med torris krävs.
Service arbetsflöde
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1. Värmekarta: Artrikedomsklustring
2. Funktionella gener kommenterade till KEGG metaboliska vägar
3. Artkorrelationsnätverk
4. Circos of CARD antibiotikaresistensgener
BMK Fall
Nanopore metagenomics möjliggör snabb klinisk diagnos av bakteriell nedre luftvägsinfektion
Publicerad:Naturbioteknik, 2019
Tekniska höjdpunkter
Sekvensering: Nanopore MinION
Klinisk metagenomik bioinformatik: Värd-DNA-utarmning, WIMP- och ARMA-analys
Snabb detektering: 6 timmar
Hög känslighet: 96,6 %
Nyckelresultat
År 2006 orsakade nedre luftvägsinfektion (LR) 3 miljoner människors död globalt.Den typiska metoden för att upptäcka LR1-patogener är odling, som har dålig känslighet, lång omloppstid och är brist på vägledning i tidig antibiotikabehandling.En snabb och korrekt mikrobiell diagnos har länge varit ett akut behov.Dr. Justin från University of East Anglia och hans partners utvecklade framgångsrikt en Nanopore-baserad metagenomisk metod för att upptäcka patogener.Enligt deras arbetsflöde kan 99,99 % av värd-DNA utarmas.Detektering av patogener och antibiotikaresistenta gener kan avslutas på 6 timmar.
Referens
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Nanopore metagenomics möjliggör snabb klinisk diagnos av bakteriell nedre luftvägsinfektion.Nature Biotechnology, 37(7), 1.
