Lång icke-kodande sekvensering-Illumina
Servicefördelar
● Servicefördelar
● Cellulär och vävnadsspecifik
● Specifik skede uttrycker och presenterar dynamisk uttrycksförändring
● Exakta mönster av tid och rumsuttryck
● Gemensam analys med mRNA-data.
● BMKCloud-baserad resultatleverans: Anpassad datautvinning tillgänglig på plattformen.
● Eftermarknadstjänster giltiga i 3 månader efter projektets slutförande
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderad data | Data QC |
| rRNA-utarmning | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85 % |
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥6,5; För djur: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
Nukleotider:
Vävnad: Vikt (torr): ≥1 g
*För vävnad som är mindre än 5 mg rekommenderar vi att du skickar snabbfryst (i flytande kväve) vävnadsprov.
Cellsuspension: Cellantal = 3×107
*Vi rekommenderar att du skickar fruset cellysat.Om cellen räknas mindre än 5×105, snabbfryst i flytande kväve rekommenderas.
Blodprover:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol och 2mL blod (TRIzol:Blod=3:1)
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sändning:
1.Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2.RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
1.LncRNA-klassificering
LncRNA förutspått av de fyra mjukvarorna ovan klassificerades i fyra kategorier: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;sense-LncRNA.LncRNA-klassificering visades i histogrammet nedan.
LncRNA-klassificering
2. Cis-inriktade gener av DE-lncRNA-anrikningsanalys
ClusterProfiler användes i GO-anrikningsanalys på cis-riktade gener av differentiellt uttryckt lncRNA (DE-lncRNA), när det gäller biologiska processer, molekylära funktioner och cellulära komponenter.GO-anrikningsanalys är en process för att identifiera DEG-riktade signifikant berikade GO-termer jämfört med hela genomet.De berikade termerna presenterades i histogram, bubbeldiagram, etc. som visas nedan.
Cis-riktade gener av DE-lncRNA anrikningsanalys -Bubble diagram
3. Genom att jämföra längden, exontalet, ORF och uttrycksmängden av mRNA och lncRNA kan vi förstå skillnaderna i struktur, sekvens och så vidare mellan dem, och även verifiera om det nya lncRNA som förutspåtts av oss överensstämmer med de allmänna egenskaperna.
BMK Fall
Avreglerad lncRNA-uttrycksprofil i muslungadenokarcinom med KRAS-G12D-mutation och P53-knockout
Publicerad:Journal of Cellular and Molecular Medicine,2019
Sekvenseringsstrategi
Illumina
Provsamling
NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) celler och negativ kontroll (sh-Scr) celler erhölls på dag 6 av en specifik virusinfektion.
Nyckelresultat
Denna studie undersöker de avvikande uttryckta lncRNA:erna i muslungadenokarcinom med P53-knockout och KrasG12D-mutationen.
1,6424 lncRNA uttrycktes differentiellt (≥ 2-faldig förändring, P < 0,05).
2.Bland alla 210 lncRNAs (FC≥8), 11 lncRNAs uttryck reglerades av P53, 33 lncRNAs av KRAS respektive 13 lncRNAs av hypoxi i de primära KP-cellerna.
3.NONMMUT015812, som var anmärkningsvärt uppreglerad i muslungadenokarcinom och negativt reglerad av P53-återuttrycket, upptäcktes för att analysera dess cellulära funktion.
4.Knockdown av NONMMUT015812 av shRNA minskade proliferation och migrationsförmåga hos KP-celler.NONMMUT015812 var en potentiell onkogen.
 KEGG-väganalys av de differentiellt uttryckta generna i NONMMUT015812-knockdown KP-cellerna |  Genontologianalys av de differentiellt uttryckta generna i NONMMUT015812-knockdown KP-cellerna |
Referens
Avreglerad lncRNA-uttrycksprofil i muslungadenokarcinom med KRAS-G12D-mutation och P53-knockout [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
