Fördjupa dig i potentialen med att studera vilda olika forskningsarter, exemplifierat av ett centralt fall från BMKGENEs kunder.Nyligen publicerad i årets upplaga av Plant Biotechnology Journal, artikeln med titeln "Chromosome-level Wild Hevea brasiliensis Genome: Empowering Genomic-Assisted Breeding and Unearthing Vital Loci for Elevated Rubber Yield" står som en värdefull referens.
Det brasilianska gummiträdet (Hevea brasiliensis) står högt som en central naturgummikälla.Under förra seklet utlöste traditionella avelsmetoder en anmärkningsvärd sexfaldig ökning av gummiproduktionen.Ändå förblir den underliggande genetiska berggrunden som är ansvarig för potentiell förbättring av gummiutbytet gåtfull.
Denna studie inledde med att konstruera ett kromosom-nivå genom för det vilda gummiträdet, med en synergi av Nanopore långläst sekvensering, Illumina NGS-sekvensering och Hi-C-teknologi.
Parallellt samlades en samling av 147 könsplasmaresurser, omfattande variationer med hög avkastning, vilda stammar och besläktade arter, för omfattande återsekvensering av hela genomet (WGS) med hjälp av Illumina-plattformen.De efterföljande sekvenseringsdata genomgick rigorösa populationsgenetikanalyser, vilket möjliggjorde dissektion av populationsstruktur, mångfald och länkojämvikt.Denna analys belyser variationer i domesticering mellan populationer.
Ytterligare undersökningar omfattade analys som omfattade Fst, π, Tajimas D och LD, i syfte att avslöja selektionssignaler som härrör från förbättrat latexutbyte, särskilt med fokus på Wickham-kloner.
Kulminerande i en Genome-wide Association Analysis (GWAS), markörer kopplade till avkastningsegenskaper och därefter avkastningsrelaterade gener identifierades.Initial validering avslöjade distinkta transkriptionsaktiviteter över olika mutanter för två ERF-gener, vilket gav en preliminär inblick i deras funktionella betydelse.Ytterligare bekräftelse planeras inom kommande forskning.
BMKGENE är stolta över att bidra till den omfattande återsekvenseringen av hela genomet av denna ansenliga population, tillsammans med en betydande roll i bioinformatikanalysen.Vår stora erfarenhet omfattar NGS/TGS-sekvensering och multiomik bioinformatikanalys över en rad 1000+ arter.Vi ser fram emot möjligheten att samarbeta med dig i dina kommande projekt.
Klicka här förlär dig mer om denna studie
Posttid: 2023-aug-29