circRNA-sekvensering-Illumina
Funktioner
● rRNA-utarmning följt av riktad biblioteksförberedelse, vilket möjliggör sekvenseringsdata som är strängspecifika.
● Bioinformatiskt arbetsflöde möjliggör circRNA-förutsägelse och uttryckskvantifiering
Servicefördelar
●Mer omfattande RNA-bibliotek:vi använder rRNA-utarmning istället för linjär RNA-utarmning i vår pre-bibliotekspreparat, vilket säkerställer att sekvenseringsdata inte bara inkluderar circRNA utan även mRNA och lncRNA, vilket möjliggör gemensam analys av dessa datauppsättningar
●Valfri analys av kompetitiva endogena RNA (ceRNA) nätverk: ger djupare insikter i cellulära regleringsmekanismer
●Omfattande expertis: med en meritlista av att bearbeta över 20 000 prover på BMK, som spänner över olika provtyper och lncRNA-projekt, tillför vårt team en mängd erfarenhet till varje projekt.
●Rigorös kvalitetskontroll: vi implementerar kärnkontrollpunkter i alla stadier, från prov- och biblioteksförberedelser till sekvensering och bioinformatik.Denna noggranna övervakning säkerställer leverans av konsekvent högkvalitativa resultat.
● Support efter försäljning: Vårt engagemang sträcker sig längre än att slutföra projekt med en 3-månaders serviceperiod efter försäljning.Under denna tid erbjuder vi projektuppföljning, felsökningshjälp och frågestunder för att ta itu med eventuella frågor relaterade till resultaten.
Exempel på krav och leverans
| Bibliotek | Plattform | Rekommenderad data | Data QC |
| Poly A berikad | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85 % |
Exempelkrav:
Nukleotider:
| Konc.(ng/μl) | Mängd (μg) | Renhet | Integritet |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Begränsad eller ingen protein- eller DNA-kontamination visas på gelen. | För växter: RIN≥6,5; För djur: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; begränsad eller ingen baslinjehöjning |
● Växter:
Rot, stjälk eller kronblad: 450 mg
Blad eller frö: 300 mg
Frukt: 1,2 g
● Djur:
Hjärta eller tarm: 450 mg
Inälvor eller hjärna: 240 mg
Muskel: 600 mg
Ben, hår eller hud: 1,5 g
● Leddjur:
Insekter: 9g
Kräftdjur: 450 mg
● Helblod:2 rör
● Celler: 106 celler
● Serum och plasma: 6 ml
Rekommenderad provleverans
Behållare: 2 ml centrifugrör (tunnfolie rekommenderas inte)
Provmärkning: Grupp+replikat t.ex. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Sändning:
1. Torris: Proverna måste packas i påsar och grävas ner i torris.
2. RNAstabila rör: RNA-prover kan torkas i RNA-stabiliseringsrör (t.ex. RNAstable®) och skickas i rumstemperatur.
Service arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
RNA-extraktion
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Bioinformatik
circRNA-förutsägelse: kromosomfördelning
Differentiellt uttryckta circRNAs – Vulkanplot
Differentiellt uttryckta circRNAs – hierarkisk klustring
Funktionell anrikning av circRNAs värdgener
Utforska forskningsframstegen som underlättas av BMKGene's circRNA-sekvenseringstjänster genom en kurerad samling publikationer.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 reglerar cirRNA-bildning och mikroRNA-medierad gentystnad vid hepatocellulärt karcinom', Oncogene 2021 40:25, 40(25), s. 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) "X oo-responsivt transkriptom avslöjar rollen av det cirkulära RNA133 i sjukdomsresistens genom att reglera uttrycket av OsARAB i ris", Phytopathology Research, 5(1), s. 1–14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURE/6.
Y, H. et al.(2023) "CPSF3 modulerar balansen mellan cirkulära och linjära transkript i hepatocellulärt karcinom".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Omfattande utvärdering av circRNA vid cirrhotisk kardiomyopati före och efter levertransplantation', International Immunopharmacology, 114, sid.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
