BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome
BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme
Fördelar med BMKMANU S1000
1) Subcellulär upplösning: Varje fångstområde innehöll >2 miljoner rumsliga streckkodade fläckar med en diameter på 2,5 µm och ett avstånd på 5 µm mellan fläckcentra, vilket möjliggör rumslig transkriptomanalys med subcellulär upplösning (5 µm).
2) Flernivåupplösningsanalys: Flexibel multinivåanalys från 100 μm till 5 μm för att lösa olika vävnadsfunktioner med optimal upplösning.
3) Omfattande transkriptomprofilering: Transkript som fångats från hela vävnadsglaset kan analyseras utan begränsning av antalet målgener och målområde.
Servicespecifikationer
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Datautgång rekommenderas |
| S1000 cDNA-bibliotek | BMKMANU S1000-Illumina PE150 | 60 Gb/prov |
Exempel på krav
| Prov | siffra | Storlek | RNA-kvalitet |
| OCT inbäddat vävnadsblock | 2-3 block/prov | Cirka.6,8x6,8x6,8 mm3 | RIN≥7 |
För mer information om vägledning för provförberedelser och servicearbetsflöde är du välkommen att prata med aBMKGENE expert
Service Arbetsflöde
Experimentdesign
Provleverans
Förexperiment
Rumslig streckkodning
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
Data som genereras av BMKMANU S1000 analyseras med programvaran "BSTMatrix", som är oberoende designad av BMKGENE, inklusive:
1) Generering av genuttrycksmatris
2) HE bildbehandling
3) Kompatibel med nedströms tredjepartsprogramvara för analys
4) Online "BSTViewer" hjälper till att få visualiseringsresultat vid olika upplösningar.
1. Fläckklustring
2. Rumslig fördelning
Nanmärkning: Upplösningnivå=13 (100 µm, vänster); 7 (50 µm, höger)
3.Markör uttryck överflöd klustring värmekarta
4. Inter-sample dataanalys
