16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Servicefördelar
● Långläsning avslöjar en sekvens i full längd av 16S/18S/ITS
● Mycket exakt basanrop med PacBio CCS-lägessekvensering
● Upplösning på artnivå i OTU/ASV-kommentarer
● Senaste QIIME2-analysflöde med olika analyser vad gäller databas, anteckningar, OTU/ASV.
● Tillämplig för olika mikrobiella samhällen studier
● BMK har lång erfarenhet av över 100 000 prover/år, som täcker jord, vatten, gas, slam, avföring, tarmar, skinn, jäsningsbuljong, insekter, växter, etc.
● BMKCloud underlättade datatolkning med 45 personliga analysverktyg
Servicespecifikationer
| SekvenseringPlattform | Bibliotek | Rekommenderad data | Handläggningstid |
| PacBio uppföljare II | SMRT-klocka | 5K/10K/20K Taggar | 44 arbetsdagar |
Bioinformatikanalyser
● Kvalitetskontroll av rådata
● OTU-klustring/de-brus (ASV)
● OTU-anteckning
● Alfa-mångfald
● Beta-mångfald
● Intergruppsanalys
● Associationsanalys mot experimentella faktorer
● Funktionsgenförutsägelse
Exempel på krav och leverans
Exempelkrav:
FörDNA-extrakt:
| Provtyp | Belopp | Koncentration | Renhet |
| DNA-extrakt | ＞ 1 μg | ＞ 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
För miljöprover:
| Provtyp | Rekommenderat provtagningsförfarande |
| Jord | Provtagningsmängd: ca.5 g;Återstående vissnat ämne måste avlägsnas från ytan;Mal stora bitar och passera genom 2 mm filter;Alikvotera prover i sterilt EP-rör eller cyrotub för reservation. |
| Avföring | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera prover i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation. |
| Tarminnehåll | Prover måste bearbetas under aseptiska förhållanden.Tvätta uppsamlad vävnad med PBS;Centrifugera PBS och samla upp fällningsmedlet i EP-rör. |
| Slam | Provtagningsmängd: ca.5 g;Samla och alikvotera slamprov i sterilt EP-rör eller kryotub för reservation |
| Vattenkropp | För prov med begränsad mängd mikrobiella, såsom kranvatten, brunnsvatten, etc., Samla upp minst 1 L vatten och passera genom 0,22 μm filter för att berika mikrobiella på membranet.Förvara membranet i sterilt rör. |
| Hud | Skrapa försiktigt hudytan med en steril bomullspinne eller kirurgiskt blad och placera den i ett sterilt rör. |
Rekommenderad provleverans
Frys in proverna i flytande kväve i 3-4 timmar och förvara i flytande kväve eller -80 grader till långtidsreservation.Provfrakt med torris krävs.
Service Arbetsflöde
Provleverans
Byggande av bibliotek
Sekvensering
Dataanalys
Service efter försäljning
1. Annoteringsfrekvens för V3+V4(Illumina)-baserad mikrobiell gemenskapsprofilering kontra fullängds (PacBio)-baserad profilering.
(Data från 30 slumpmässigt utvalda projekt användes för statistik)
2. Annoteringshastighet för amplikonsekvensering i full längd på artnivå i olika provtyper
3.Artfördelning
4.Fylogenetiskt träd
BMK Fall
Arsenikexponering inducerar tarmbarriärskada och åtföljande aktivering av tarm-leveraxeln, vilket leder till inflammation och pyroptos i levern hos ankor
Publicerad:Vetenskapen om den totala miljön,2021
Sekvenseringsstrategi:
Prover: Kontroll vs 8 mg/kg ATO-exponerad grupp
Sekvenseringsdatautbyte: 102 583 rå CCS-sekvenser totalt
Kontroll: 54 518 ± 747 effektiv CCS
ATO-exponerad: 45 050 ± 1675 effektiv CCS
Nyckelresultat
Alfa mångfald:ATO-exponering förändrade signifikant den intestinala mikrobiella rikedomen och mångfalden hos ankorna.
Metastasanalys:
I filumnivå: 2 bakteriefila detekterade endast i kontrollgrupper
På släktnivå: 6 släkten hittades signifikant olika i relativ mängd
På artnivå: 36 arter identifierades totalt, med 6 av dem signifikant olika i relaviv förekomst
Referens
Thingholm, LB, et al."Fetma individer med och utan typ 2-diabetes uppvisar olika tarmmikrobiella funktionella kapacitet och sammansättning."Cellvärd & mikrob26.2 (2019).
