Peta panas
File data matrix digunakeun pikeun gambar peta panas, anu tiasa nyaring, normalisasi sareng data matriks klaster.Hal ieu lolobana dipaké pikeun analisis klaster tingkat ekspresi gén antara sampel béda.
Gene Annotation
Annotation fungsi gén dipigawé ku urutan pemetaan dina file FASTA ngalawan rupa database.
Gene Annotation
Alat Pilarian Alignment Lokal Dasar
CDS_UTR_Prediksi
Alat ieu dirarancang pikeun ngaramalkeun wilayah coding (CDS) sareng wilayah non-coding (UTR) dina sekuen transkrip anu dipasihkeun dumasar kana ledakan ngalawan pangkalan data protéin anu dipikanyaho sareng prediksi ORF.
Manhattan Plot
Plot Manhattan ngamungkinkeun tampilan data kalayan sajumlah titik data.Biasana dianggo dina studi asosiasi genom-lega (GWAS).
Circos
diagram CIRCOS ngamungkinkeun presentasi langsung SNP, InDeL, SV, CNV sebaran on génom.
GO_Pengayaan
TopGO mangrupikeun alat anu dirancang pikeun pengayaan fungsional.Paket TopGO-Bioconductor diwangun ku analisis ekspresi diferensial, analisis pengayaan GO sareng visualisasi hasil.Bakal ngahasilkeun folder kalawan kaluaran ngaranna "Grafik", nu ngandung hasil pikeun topGO_BP, topGO_CC na topGO_MF.
WGCNA
WGCNA mangrupikeun metode pertambangan data anu seueur dianggo pikeun mendakan modul ko-ekspresi gén.Éta tiasa dianggo pikeun sababaraha set data éksprési kalebet data microarray sareng data éksprési gén anu asalna tina urutan generasi salajengna.
InterProScan
Analisis runtuyan protéin InterPro jeung klasifikasi
GO_KEGG_Pengayaan
Alat ieu dirancang pikeun ngahasilkeun histogram pengayaan GO, histogram pengayaan KEGG sareng jalur pengayaan KEGG dumasar kana set gen anu disayogikeun sareng anotasi anu saluyu.