Produk

Tutuwuhan / Sato De Novo Génom Sequencing

Tutuwuhan / Sasatoan De Novo Génom Sequencing Diulas Gambar

De Novosequencing nujul kana pangwangunan sakabéh génom spésiés ngagunakeun téknologi sequencing, misalna PacBio, Nanopore, NGS, jsb, dina henteuna génom rujukan.Perbaikan anu luar biasa dina panjang baca téknologi sequencing generasi katilu geus mawa kasempetan anyar dina assembling génom kompléks, kayaning jalma kalawan heterozygosity tinggi, rasio luhur wewengkon repetitive, polyploids, jsb Kalawan panjang dibaca dina tingkat puluhan kilobases, sequencing ieu maca ngaktifkeun. ngarengsekeun elemen repetitive, wewengkon kalawan eusi GC abnormal jeung wewengkon kacida kompleks lianna.

Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Platform Illumina NovaSeq

Taros Kami

Rincian Service

Hasil demo

Studi Kasus

Keunggulan Service

1 Pangembangan-sequencing-na-bioinformatika-in-de-novo-genome-assembly

Ngembangkeun platform sequencing sareng bioinformatika dide novoassembly génom

(Amarasinghe SL et al.,Génom Biologi, 2020)

● Ngawangun génom novel jeung ngaronjatkeun génom rujukan aya pikeun spésiés dipikaresep.

● akurasi luhur, continuity na completeness di assembly

● Ngawangun sumberdaya fundamental pikeun panalungtikan dina runtuyan polymorphism, QTLs, ngedit gén, beternak, jsb.

● Dilengkepan spéktrum pinuh ku platform sequencing generasi katilu: solusi assembly génom hiji-eureun

● Sequencing fléksibel tur assembling strategi minuhan rupa-rupa génom kalawan fitur béda

● Tim bioinformatician kacida terampil sareng pangalaman hébat dina rakitan génom kompléks, kaasup polyploids, génom raksasa, jsb.

● Langkung ti 100 kasus suksés kalayan faktor dampak anu diterbitkeun akumulatif langkung ti 900

● Waktos péngkolan sagancangna 3 bulan kanggo perakitan génom tingkat kromosom.

● rojongan teknis padet kalawan runtuyan patén-patén jeung hak cipta software dina duanana sisi ékspérimén jeung bioinformatics.

Spésifikasi Service

eusi

Platform

Panjang Baca

Liputan

Survey génom

Illumina NovaSeq

PE150

≥ 50X

Sequencing génom

PacBio Revio

15 kb HiFi Maca

≥ 30X

Hi-C

Illumina NovaSeq

PE150

≥100X

Aliran gawé

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

Jenis	Tissu	Pikeun PacBio	Pikeun Nanopore
sasatoan	Organ visceral (ati, limpa, jsb.)	≥ 1,0 g	≥ 3,5 g
	Otot	≥ 1,5 g	≥ 5,0 g
	Getih mamala	≥ 1,5 ml	≥ 5,0 ml
	Getih lauk atawa manuk	≥ 0,2 ml	≥ 0,5 ml
Tatangkalan	Daun seger	≥ 1,5 g	≥ 5,0 g
	Petal atanapi batang	≥ 3,5 g	≥ 10,0 g
	Akar atawa siki	≥ 7,0 g	≥ 20,0 g
Sél	Kultur sél	≥ 3×10⁷	≥ 1 × 10⁸

Disarankeun Pangiriman Sampel

Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Kanggo sabagéan ageung conto, kami nyarankeun henteu ngawétkeun étanol.
Labeling Sampel: Sampel kedah dilabélan sacara jelas sareng idéntik sareng formulir inpormasi sampel anu dikintunkeun.
Kiriman: Garing-és: Sampel kedah dibungkus heula dina kantong sareng dikubur dina és garing.

Aliran Gawé Palayanan

Desain ékspérimén

pangiriman sampel

ékstraksi DNA

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

jasa saatos-diobral

saméméhna: Manusa Sakabeh Exome Sequencing

Teras: Hi-C dumasar Génom Majelis

*Hasil demo anu dipidangkeun di dieu sadayana tina génom anu diterbitkeun ku Biomarker Technologies

1.Circos on kromosom-tingkat génom assembly ofG. rotundifoliumku platform urutan Nanopore

3Circos-on-genomic-features-of-cotton-génome

Wang M et al.,Biologi Molekul jeung Évolusi, 2021

2.Statistika Weining Rye génom assembly na annotation

4Statistik-of-genome-assembly-and-annotation

Li G et al.,Genetika Alam, 2021

3.Gene prediksi tinaSechium edulegénom, diturunkeun tina tilu métode prediksi:De novoprediksi, prediksi basis Homology na RNA-Seq prediksi dumasar data

5Gen-prediksi

Fu A et al.,Panalungtikan Hortikultura, 2021

4.Identification of repeats terminal panjang gembleng dina tilu génom katun

6Idéntifikasi-ti-genome-unsur-ulang

Wang M et al.,Biologi Molekul jeung Évolusi, 2021

5.Hi-C peta panas tinaC. acuminatagénom némbongkeun génom-lega sakabéh-demi-kabeh interaksi.Inténsitas interaksi Hi-C sabanding jeung jarak linier antara contigs.Garis lempeng anu bersih dina peta panas ieu nunjukkeun jangkar anu akurat pisan tina contigs dina kromosom.(Bandingan anchoring Contig: 96,03%)

7Hi-C-panas-peta-on-dirakit-sequencing-anchoring

kang M et al.,Komunikasi Alam,2021

Kasus BMK

Rakitan génom kualitas luhur nyorot ciri génomik rye sareng gen agronomis anu penting

Diterbitkeun: Genetika Alam, 2021

Strategi urutan:

Rakitan génom: modeu PacBio CLR kalawan perpustakaan 20 kb (497 Gb, kira-kira 63 ×)
Koréksi sekuen: NGS kalayan perpustakaan DNA 270 bp (430 Gb, kira-kira 54 ×) dina platform Illumina
Contigs anchoring: Hi-C library(560 Gb, approx. 71×) dina platform Illumina
Peta optik: (779,55 Gb, kira-kira 99 ×) dina Bionano Irys

Hasil konci

1.Hiji assembly of Weining rye génom ieu diterbitkeun kalawan total ukuran génom 7,74 Gb (98,74% tina estimasi ukuran génom ku cytometry aliran).Parancah N50 tina rakitan ieu ngahontal 1,04 Gb.93,67% tina contigs junun anchored on 7 pseudo-kromosom.Majelis ieu dievaluasi ku peta linkage, LAI sareng BUSCO, anu nyababkeun skor luhur dina sadaya évaluasi.

2.Ulikan salajengna ngeunaan génomics komparatif, peta linkage genetik, studi transcriptomics dipigawé dina dasar génom ieu.Runtuyan fitur génomik patali Tret anu wangsit kaasup duplikasi gén génom-lega jeung dampak maranéhanana dina gén biosintésis aci;organisasi fisik lokus prolamin kompléks, fitur éksprési gén kaayaan tret pos mimiti na putative doméstikasi-pakait wewengkon kromosom jeung loci di Rye.

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

diagram Circos on fitur génomik of Weining rye génom

Analisis évolusionér sareng kromosom synteny génom rye

Rujukan

Li, G., Wang, L., Yang, J.jeung sajabana.Rakitan génom kualitas luhur nyorot ciri génomik rye sareng gen agronomis anu penting.Nat Genet 53,574–584 (2021).

https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z