Non-Referensi dumasar mRNA Sequencing-Illumina

Pangurutan mRNA ngadopsi téknik pangurutan generasi saterusna (NGS) pikeun nangkep RNA (mRNA) utusan tina bentuk Eukariota dina période husus anu diaktipkeun sababaraha fungsi husus.Transkrip pangpanjangna disambung disebut 'Unigene' sarta dipaké salaku runtuyan rujukan pikeun analisis saterusna, nu mangrupakeun sarana éféktif pikeun nalungtik mékanisme molekular jeung jaringan pangaturan spésiés tanpa rujukan.

Saatos assembly data transcriptome sarta annotation fungsi unigene

(1) Analisis SSR, prediksi CDS jeung struktur gén bakal preformed.

(2) Kuantitas éksprési unigén dina unggal sampel bakal dilakukeun.

(3) Unigenes dikedalkeun béda antara sampel (atawa grup) bakal kapanggih dumasar kana ekspresi unigenes.

(4) Klastering, anotasi fungsional sareng analisis pengayaan unigenes anu dikedalkeun sacara béda bakal dilaksanakeun

Taros Kami

Rincian Service

Bioinformatika

Hasil demo

Studi Kasus

Fitur

● Bebas tina sagala génom rujukan,

● Data bisa dipaké pikeun nganalisis struktur jeung ekspresi transkrip

● Identipikasi situs clipping variabel

Kaunggulan Service

● pangiriman hasil basis BMKCloud: Hasil anu dikirimkeun salaku file data sarta laporan interaktif via platform BMKCloud, anu ngamungkinkeun maca ramah-pamaké tina outputs analisis kompléks jeung pertambangan data ngaropéa dina dasar analisis bioinformatics baku.

● jasa saatos-diobral: jasa saatos-diobral valid pikeun 3 bulan sanggeus proyék parantosan, kaasup proyék nurutan-up, masalah-shooting, hasil Q&A, jsb.

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

Nukléotida:

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kasucian

Integritas

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260 / 230 = 0,5-2,5

Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél.

Pikeun tutuwuhan: RIN≥6.5;

Pikeun sato: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

kawates atawa euweuh élévasi dasar

Tisu: Beurat (garing): ≥1 g
*Pikeun jaringan anu langkung alit ti 5 mg, kami nyarankeun ngirim sampel jaringan flash beku (dina nitrogén cair).

Suspénsi sél: Jumlah sél = 3 × 10⁷
* Kami nyarankeun pikeun ngirim lysate sél beku.Upami sél éta cacah langkung alit ti 5×10⁵, flash beku dina nitrogén cair disarankeun.

Sampel getih:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol sareng 2mL getih (TRIzol:Getih=3:1)

Disarankeun Pangiriman Sampel

Wadahna:
2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3;B1, B2, B3...

Pangiriman:
1.Dry-és: Sampel kudu dipak dina kantong jeung dikubur di garing-és.
2.RNA tabung stabil: sampel RNA bisa garing dina tube stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) jeung shipped dina suhu kamar.

Aliran Gawé Palayanan

Desain ékspérimén

pangiriman sampel

ékstraksi RNA

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Analisis data

jasa saatos-diobral

saméméhna: Long non-coding sequencing-Illumina

Teras: Eukariot mRNA Sequencing-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Prinsip Majelis

Ku Trinity, bacaan anu fragmented kana lembar leutik, katelah K-mer.K-mers ieu lajeng dipaké salaku siki pikeun dilegakeun kana contigs lajeng komponén dumasar kana tumpang tindihna contig.Tungtungna, De Bruijn diterapkeun di dieu pikeun mikawanoh transkrip dina komponén.

mRNA-(De-novo)-Tinjauan-of-Trinity

mRNA (De novo) Ihtisar Trinity

2.mRNA (De novo) Distribusi Tingkat Éksprési gén

RNA-Seq tiasa ngahontal estimasi anu sénsitip pisan tina éksprési gén.Biasana, rentang anu tiasa dideteksi tina ekspresi transkrip FPKM nyaéta ti 10^-2 dugi ka 10^6.

mRNA-(De-novo)-Distribusi-dénsitas-FPKM-dina-unggal-sampel

mRNA (De novo) Distribusi dénsitas FPKM dina unggal sampel

3.mRNA (De novo) GO Pengayaan Analisis DEGs

Pangkalan data GO (Gene Ontology) mangrupikeun sistem anotasi biologis terstruktur anu ngandung kosakata standar fungsi gén sareng produk gen.Éta ngandung sababaraha tingkatan, dimana tingkat handapna, langkung spésifik fungsina.

mRNA-(De-novo) -GO-klasifikasi-of-DEGs-di-tingkat kadua

mRNA (De novo) GO klasifikasi DEGs di tingkat kadua

Kasus BMK

Analisis Transkriptom Métabolisme Sukrosa nalika Bohlam Bareuh sareng Pangembangan Bawang (Allium cepa L.)

Diterbitkeun: wates dina élmu tutuwuhan,2016

Stratégi sequencing

Illumina HiSeq2500

kempelan sampel

The Utah Konéng Sweet Spanyol kultivar "Y1351" dipaké dina ulikan ieu.Jumlah sampel dikumpulkeun éta
Poé ka-15 saatos bareuh (DAS) bohlam (diaméter 2 cm sareng beurat 3-4 g), DAS ka-30 (diaméter 5 cm sareng beurat 100-110 g), sareng ∼3 dina DAS ka-40 (diaméter 7 cm sareng 260-300 gram).

Hasil konci

1. dina diagram Venn, jumlahna aya 146 DEGs dideteksi dina sakabéh tilu pasang tahap developmental.
2. "Transportasi Karbohidrat sareng métabolisme" diwakilan ku ukur 585 unigén (nyaéta, 7% tina COG anu dijelaskeun).
3.Unigenes hasil annotated kana database GO digolongkeun kana tilu kategori poko keur tilu hambalan béda tina ngembangkeun bohlam.Paling digambarkeun dina "prosés biologis" kategori poko nya éta "prosés métabolik", dituturkeun ku "prosés sélular".Dina kategori utama "fungsi molekular" dua kategori anu paling digambarkeun nyaéta "ngabeungkeut" sareng "aktivitas katalitik".

PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

Histogram klasifikasi kelompok orthologous group (COG).

Histogram of gén ontologi (GO) klasifikasi pikeun unigenes diturunkeun tina bulbs dina tilu tahap developmental

Diagram Venn némbongkeun gén béda dinyatakeun dina sagala dua tahapan tumuwuhna bohlam bawang

Rujukan

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, jeung sajabana.Analisis Transcriptome of Sukrosa Métabolisme salila Bohlam bareuh sarta Ngembangkeun dina Bawang (Allium cepa L.)[J].Frontiers dina Élmu tutuwuhan, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425