Évolusi génom
PNAS
Asal muasal évolusionér sareng sajarah doméstikasi lauk mas (Carassius auratus)
PacBio |Illumina |Peta Génom Bionano |Hi-C Génom Majelis |Peta genetik |GWAS |RNA-Seq
Sorotan
1.Gonom lauk mas ieu diropéa kalawan versi assembly kualitas luhur, anchoring 95,75% tina contigs kana 50 pseudochromosomes (parancah N50 = 31,84 Mb).Dua subgénom dipisahkeun.
2. Wewengkon génomik sweeps selektif salila doméstikasi diidentipikasi tina resequencing data 201 individu, unveiling leuwih 390 gén calon nu dipikaresep pakait sareng Tret doméstikasi.
3.GWAS on dorsal fin dina lauk mas domesticated wangsit 378 gén calon anu berpotensi pakait.A reporter tirosin-protéin kinase diidentifikasi minangka calon gén kausal pakait sareng transparansi
Latar
Lauk mas (Carassius auratus) nyaéta salah sahiji lauk peternakan anu paling penting, anu didoméstikasikeun tina ikan mas crucian di Cina kuno.Aranjeunna commented ku Charles Darwin salaku "Ngaliwatan hiji diversity ampir taya wates warna, urang papanggih jeung modifikasi paling rongkah tina struktur".Fitur pisan rupa-rupa sarta sajarah panjang doméstikasi sarta beternak ngajadikeun lauk mas hiji sistem model genetik alus teuing pikeun fisiologi jeung évolusi lauk.
Prestasi
Génom lauk emas
Janalisis oint PacBio na Illumina pasangan-tungtung sequencing data ngahasilkeun 1,657 G draf assembly awal (Contig N50 = 474 Kb).peta optik Bionano dihasilkeun sarta dilereskeun assembly kana 1,73 Gb dina ukuran (Estimasi ukuran génom: 1,8 Gb).Hi-C dumasar assembly salajengna ningkat scaffold N50 ti 606 Kb ka 31,84 Mb sarta ngahontal 95,75% (1,65 Gb) berorientasi sarta maréntahkeun laju anchoring.Génom ngawengku 56.251 gén coding jeung 10.098 transkrip non-coding panjang.Leuwih ti éta, 38 wewengkon centromeric poténsial diprediksi kaluar tina 50 kromosom.
Gbr.1 lauk emas Génom
TSakumpulan subgénom anu jelas diidentifikasi dina 50 kromosom lauk mas anu hasil tina kajadian hibridisasi kuno.Susunan kromosom kalayan proporsi bacaan anu leuwih luhur antara lauk mas jeung Barbinae diartikeun subgénome A (ChrA01~A25), nyaéta subgénome umum pikeun Barbinae, sarta sésana jadi subgénome B (ChrB01~B25).
Doméstikasi sareng sweeps selektif
Atotal 16 jenis liar crucian carps na 185 varian lauk mas wawakil éta resequence kalawan jero sequencing rata-rata kira 12,5X, ngahasilkeun 4,3 terabases data.Rekonstruksi filogenetik jeung analisis PCA dikonfirmasi hubungan ngadeukeutan antara lauk mas umum jeung lauk mas crucian ti lauk mas séjén, nu dimungkinkeun dibagi kana dua garis keturunan.
LAnalisis buruk D di luhur opat subpopulasi ngarojong ayana bottleneck genetik populasi salila doméstikasi sarta seleksi jieunan kuat dina lauk mas.Ngaronjatkeun karagaman genetik (π) ti lauk mas crucian ka lauk mas umum salajengna ka lauk mas Wen jeung lauk mas Endog nunjukkeun akumulasi signifikan tina variasi genetik salila doméstikasi maranéhanana.50 wewengkon génomik nyapu selektif ngawengku 25,2 Mb na 946 gén anu dicirikeun tina data wawakil (33 lauk mas jeung 16 crucian crap).Ngalegaan analisa ka 201 individu, 393 gén nunjukkeun daérah sapuan selektif réngsé.Gén ieu kapanggih tina low-diversity, nu dipikaresep nyumbang kana phenotypes pakait sareng Tret doméstikasi utama dina lauk mas.
Gbr.3 Génom-lega analisis doméstikasi-pakait
GWAS dina lauk mas doméstikasi
DSirip orsal mangrupikeun fitur konci anu ngabédakeun lauk mas Wen sareng lauk mas Endog.GWAS tina sirip dorsal on 96 Wen lauk mas sarta 87 Endog lauk mas ngungkabkeun 378 gén calon sumebar ka sakuliah 13 kromosom jeung hiji distribusi henteu rata gén ieu antara subgenoms observasi.Analisis fungsional dina gén calon ieu nyorot prosés biologis kalebet "Sinyal reséptor permukaan sél", "Transportasi Transmembrane", "Pengembangan sistem rangka", jsb.
Gambar 4 GWAS sirip dorsal dina lauk mas doméstikasi
In GWAS tina Tret patali skala transparan, puncak pakait kuat tunggal dideteksi.A gén encoding a tirosin-protéin kinase reséptor ieu dicirikeun dina salah sahiji wewengkon calon.
Fig.5 GWAS tina Tret patali skala transparan
Rujukan
Chayam D et al.Asal usul évolusionér sareng sajarah doméstikasi lauk mas (Carassius auratus).PNAS (2020)
Warta Tujuanana pikeun ngabagi kasus suksés panganyarna sareng Biomarker Technologies, nyandak prestasi ilmiah novel ogé téknik anu diterapkeun nalika diajar.
waktos pos: Jan-04-2022