Évolusi génom, PANGÉNOME
Naon Pan-génome?
Bukti akumulasi nunjukkeun yén varian antara galur anu béda tina hiji spésiés tiasa ageung.Hiji génom tunggal jauh ti cukup pikeun meunangkeun sakabéh gambar informasi genetik hiji spésiés.Tujuan ulikan Pan-génome nyaéta pikeun meunangkeun grafik génomik anu leuwih komprehensif ngeunaan hiji spésiés jeung nga-decode hubungan antara sipat-sipat jeung kode genetik ku cara ngayakeun génom de novo assembly tina sababaraha galur, anu ngamungkinkeun tambang leuwih jero tur lega tina variasi.
Tren Studi Pan-génome
Gambar 1 Tren tina makalah panalungtikan anu diterbitkeun ngeunaan Pan-génome.
Catetan: Gambar nunjukkeun hasil tina nyandak "pan-génome" salaku kecap konci pikeun milarian judul-judul artikel anu diterbitkeun dina jurnal séri Nature, Cell and Science.
a.Bacaan tina sababaraha conto disaluyuan kana référénsi sareng anu henteu saluyu dirakit kana contigs novel.Ku nambahkeun contigs novel ieu kana runtuyan rujukan aslina, rujukan pangenome bisa diwangun.Wewengkon dispensable ditangtukeun dumasar kana pemetaan sadayana dibaca deui ka pangenome.
b.Majelis de novo génom tina sababaraha aksési ngamungkinkeun pendekatan alignment génom sadayana pikeun ngaidentipikasi daérah génomik anu tiasa dibuang.
c.Grafik pan-génome bisa diwangun tina sakabéh alignments génom atawa ku assembly grafik de novo, nu éfisién nyimpen informasi varian wewengkon dispensable salaku jalur unik ngaliwatan grafik.
Kumaha carana ngawangun Pan-génome?
Gambar 2 Babandingan pendekatan pan-génome1
a.Bacaan tina sababaraha conto disaluyuan kana référénsi sareng anu henteu saluyu dirakit kana contigs novel.Ku nambahkeun contigs novel ieu kana runtuyan rujukan aslina, rujukan pangenome bisa diwangun.Wewengkon dispensable ditangtukeun dumasar kana pemetaan sadayana dibaca deui ka pangenome.
b.Majelis de novo génom tina sababaraha aksési ngamungkinkeun pendekatan alignment génom sadayana pikeun ngaidentipikasi daérah génomik anu tiasa dibuang.
c.Grafik pan-génome bisa diwangun tina sakabéh alignments génom atawa ku assembly grafik de novo, nu éfisién nyimpen informasi varian wewengkon dispensable salaku jalur unik ngaliwatan grafik.
Pan-génom anu nembe diterbitkeun
● Perkosa pan-génom2
● Tomat pan-génom 3
● Béas Pan -genome4
● Sunflower Pan-génome5
● Kacang Kedelai Pan-génome 6
● Béas Pan-génome7
● Barley Pan-génome8
● Gandum Pan-génome9
● Sorgum Pan-génome10
● Fitoplankton Pan-génome11
Rujukan
1. Bayer pe, Golicz AA, Scheben A, Batley J, Edwards D. Tutuwuhan pan-génom anu rujukan anyar.Tutuwuhan Nat.2020;6(8):914-920.doi: 10.1038/s41477-020-0733-0
2. Lagu JM, Guan Z, Hu J, jeung sajabana.Dalapan génom kualitas luhur ngungkabkeun arsitéktur pan-génome sareng diferensiasi ékotip Brassica napus.Tutuwuhan Nat.2020;6(1):34-45.doi: 10.1038/s41477-019-0577-7
3. Gao L, Gonda I, Sun H, et al.Tomat pan-génome uncovers gén anyar jeung alél langka ngatur rasa buah.Nat Genet.2019;51(6):1044-1051.doi: 10.1038/s41588-019-0410-2
4. Zhao Q, Feng Q, Lu H, et al.Analisis pan-génome highlights extent variasi génomik di budidaya jeung béas liar [diterbitkeun koreksi muncul dina Nat Genet.2018 Agustus;50(8):1196].Nat Genet.2018;50 (2): 278-284.doi: 10.1038/s41588-018-0041-z
5. Hübner S, Bercovich N, Todesco M, et al.Analisis pan-génome sunflower nunjukkeun yén hibridisasi ngarobih eusi gen sareng résistansi panyakit.Tutuwuhan Nat.2019;5(1):54-62.doi: 10.1038/s41477-018-0329-0
6. Liu Y, Du H, Li P, et al.Pan-Genome of Wild and Budidaya Kacang Kedelai.Sél.2020;182(1):162-176.e13.doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023
7. Qin P, Lu H, Du H, et al.Analisis pan-génome tina 33 aksési béas anu rupa-rupa genetik ngungkabkeun variasi génomik anu disumputkeun [diterbitkeun online sateuacan dicitak, 2021 Mei 25].Sél.2021;S0092-8674(21)00581-X.doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046
8. Jayakodi M, Padmarasu S, Haberer G, et al.Pan-génome sa'ir ngungkabkeun warisan disumputkeun tina pembiakan mutasi.Alam.2020;588(7837):284-289.doi: 10.1038/s41586-020-2947-8
9. Walkowiak S, Gao L, Monat C, et al.Sababaraha génom gandum nembongkeun variasi global dina beternak modern.Alam.2020;588(7837):277-283.doi: 10.1038/s41586-020-2961-x
10. Tao Y, Luo H, Xu J, jeung sajabana.Variasi éksténsif dina pan-génome sorgum dibudidayakan sareng liar [diterbitkeun online sateuacan dicitak, 2021 Mei 20].Tutuwuhan Nat.2021;10.1038 / s41477-021-00925-x.doi: 10.1038/s41477-021-00925-x
11. Fan X, Qiu H, Han W, jeung sajabana.Pangénome fitoplankton ngungkabkeun transfer gen horizontal prokariot éksténsif tina rupa-rupa fungsi.Sci Adv.2020;6(18):eaba0111.Diterbitkeun 2020 Apr 29. doi:10.1126/sciadv.aba0111
waktos pos: Jan-04-2022