Dina taun 2021, BMKGENE nyaksian 31 panalungtikan génom De novo hasil diterbitkeun dina jurnal dampak luhur kalawan total faktor dampak leuwih 320. 15 tina artikel anu co-pangarang 4 di antarana anu co-pangarang salaku pangarang munggaran ku BMKGENE
Pas awal taun 2022, parantos aya dua artikel panalungtikan anu diterbitkeun dina jurnal "Natural Genetics" sareng "Molecular Plant" masing-masing.Aranjeunna, "Dua haplotypes divergent ti génom lychee kacida heterozygous nyarankeun acara doméstikasi mandiri pikeun awal jeung ahir-maturing kultivar" (Panalungtikan génom Lychee, dilakukeun ku College of Hortikultura, universitas Pertanian Cina Selatan, sarta collaborators ilmiah, diterbitkeun dina Genetika Pengetahuan Alam. ), sarta "Sekuen génom tina lima spésiés Sitopsis of Aegilops jeung asal polyploid gandum B-subgénome" (Génom spésiés Lima Sitopsis, dilakukeun ku tim peneliti Professor Bao Liu urang Northeast Normal Universitas.).Kami ogé bakal marios dua tulisan ieu sareng bagikeun ka pamiarsa urang.
Ayeuna, hayu urang tingali artikel panalungtikan anu saé anu diterbitkeun dina taun 2021 anu dikarang ku BMK sareng fasilitas gawé bareng urang.
Génom Tutuwuhan - Terobosan dina multi-spésiés.
1.A assembly génom kualitas luhur highlights Rye ciri génomik jeung gén agronomically penting
Fasilitas kolaborasi: Universitas Pertanian Henan
Jurnal: Genetika Alam
Faktor Dampak: 38.31
Dina proyék ieu, génom rye Weining, rupa-rupa rye Cina elit, diurutkeun.Contigs anu dirakit (7.74 Gb) ngitung 98.47% tina perkiraan ukuran génom (7.86 Gb), kalayan 93.67% tina contigs (7.25 Gb) ditugaskeun ka tujuh kromosom.Unsur repetitive ngawangun 90,31% tina génom dirakit.Analisis salajengna tina assembly Weining héd lampu anyar dina duplikasi gén-lega génom sarta dampak maranéhanana dina gén biosintésis aci, organisasi fisik loci prolamin kompléks, fitur éksprési gén kaayaan tret pos awal jeung putative doméstikasi-pakait wewengkon kromosom jeung loci di Rye.Runtuyan génom ieu ngajangjikeun pikeun ngagancangkeun studi génomik sareng beternak dina rye sareng pepelakan sereal anu aya hubunganana.
2.Rose tanpa prickle: wawasan génomik numbu ka adaptasi Uap
Fasilitas gawé bareng: Kunming Institute of botani, Cina Akademi Élmu
Jurnal: Review Élmu Nasional
Faktor Dampak: 17.273
Dina proyék ieu, sampel 'Basye's Thornless' (BT, kultivar bebas prickle tina Rosa wichuraiana), 'Old Blush' (OB, genotip pangadeg dina doméstikasi ros), hibrida F1 sareng BCF1 dikumpulkeun.Sareng rakitan génom rujukan kualitas luhur dibangkitkeun pikeun ngaidentipikasi unsur genetik anu aya hubunganana sareng pangembangan prickle.Ukuran génom kira-kira 530,6 Mb.Pikeun pariksa kualitas génom anu dirakit, analisa sapertos ngabandingkeun peta genetik, BUSCO, NGS maca reassembly, ngabandingkeun sareng haplotype OB, sequencing kontrol tingkat kasalahan dasar sareng cek nilai Indeks Majelis LTR-lega génom (LAI = 20.03).Panaliti ieu ngungkabkeun pola warisan kompleks sareng mékanisme pangaturan cucuk batang sareng masihan kami yayasan sareng sumber novel pikeun diajar biologi mawar sareng spidol molekular anu aya hubunganana sareng ciri-ciri penting.
3. Runtuyan Genom Sakabeh Alopoliploid Disintésis dina Cucumis Ngungkabkeun Wawasan ngeunaan Évolusi Genom Alopoliploidisasi
Fasilitas kolaborasi: Universitas Pertanian Nanjing
Jurnal: Élmu Canggih
Faktor Dampak: 16.801
Ulikan ieu ngalaporkeun génom kualitas luhur allotetraploid sintétik diala maké hibridisasi interspésifik antara bonténg (C. sativus, 2n = 14) jeung spésiés relatif liar na (C. hystrix, 2n = 24) jeung duplikasi kromosom saterusna, nu kahiji. allopolyploid sintétik diurutkeun pinuh.Majelis génom nerapkeun alur kerja "PacBio + BioNano + Hi-C + Illumina" sequencing, nyababkeun ukuran génom 530.8Mb sareng contig N50 = 6.5Mb.Bacaan ditugaskeun ka 19 pseudochromosome sareng subgénom.Hasilna nunjukkeun yén hibridisasi, tinimbang duplikasi génom, ngabalukarkeun mayoritas parobahan génom dina duanana génom nuklir jeung cp.Ieu ngusulkeun yén heterozygosity tetep nyadiakeun C. × hytivus kalawan ngaronjat adaptasi stress.Hasilna masihan wawasan anyar ngeunaan évolusi polyploidy tutuwuhan sareng nawiskeun strategi beternak prospektif pikeun pepelakan anu bakal datang.
4. Komparatif Génom Nganalisis Sorotan Transposon Mediated Ékspansi Génom jeung Évolusi Arsitéktur 3D Génom Lipatan dina Kapas
Fasilitas kolaborasi: Universitas Pertanian Huazhong
Jurnal: Biologi Molekul jeung Évolusi
Faktor Dampak: 16.242
Proyék ieu ngagunakeun Nanopore Sequencing pikeun ngarakit génom tina tilu spésiés kapas nyaéta: Gossypium rotundifolium (K2, ukuran génom = 2.44Gb, contigN50 = 5.33Mb), G. arboreum (A2, ukuran génom = 1.62Gb, contigN50 = 11.69Mb), jeung G. raimondii (D5, ukuran génom = 0,75Gb, contigN50 = 17,04 Gb).Langkung ti 99% tina tilu génom dirakit ngaliwatan Hi-C.Hasil analisis BUSCO masing-masing 92,5%, 93,9% jeung 95,4%.Sadaya angka ieu nunjukkeun yén tilu génom assembly mangrupakeun rujukan -grade.Analisis génom komparatif ngadokumentasikeun rinci ngeunaan amplifikasi TE khusus katurunan anu nyumbang kana bédana ukuran génom anu ageung.Panaliti ieu ngajelaskeun peran ékspansi génom anu dimédiasi transposon dina évolusi struktur kromatin tingkat luhur dina pepelakan.
5. Rakitan skala kromosom sareng analisa pepelakan biomassa genom Miscanthus lutarioriparius
Fasilitas gawé bareng: CAS Center pikeun kaunggulan dina élmu tutuwuhan molekular
Jurnal: Komunikasi Alam
Faktor Dampak: 14.912
Proyék ieu ngalaporkeun rakitan skala kromosom génom Miscanthus lutarioriparius ku ngagabungkeun téknologi sequencing Oxford Nanopore sareng Hi-C.Majelis 2.07Gb nyertakeun 96.64% tina génom, sareng contig N50 tina 1.71 Mb.Kira-kira 94,30% tina total sekuen diasupkeun kana 19 pseudokromosom.Ngaliwatan ngabandingkeun jeung runtuyan BAC, evaluasi LAI, evaluasi BUSCO, ulang assembly kalawan data NGS, ulang assembly data transcriptome, génom ieu dievaluasi salaku kualitas luhur sarta continuity.Asal allotetraploid tina M. lutarioriparius dikonfirmasi ngagunakeun ulang satelit centromeric.Tandem duplikat gén M. lutarioriparius anu fungsi enriched teu ukur dina istilah nu patali jeung respon stress, tapi biosintésis témbok sél.Duplikat gén sigana maénkeun peran dina fotosintésis C4 sareng nyumbang kana fotosintésis Miscanthus C4 dina suhu anu handap.Panalitian nyayogikeun rujukan penting pikeun diajar pepelakan taunan.
6. Majelis génom Camptotheca acuminata tingkat kromosom nyadiakeun wawasan ngeunaan asal évolusionér biosintésis camptothecin
Fasilitas gawé bareng: Universitas Sichuan
Jurnal: Komunikasi Alam
Faktor Dampak: 14.912
Proyék ieu ngalaporkeun rakitan génom C. acuminata tingkat kromosom kualitas luhur, kalayan ukuran génom 414.95Mb sareng contingN50 1.47Mb.Kami mendakan yén C. acuminata ngalaman duplikasi genom sacara mandiri sareng seueur gén anu diturunkeun tina éta aya hubunganana sareng biosintésis camptothecin.The divergence fungsional gén LAMT jeung évolusi positif dua gén SLAS, kituna, duanana nyumbang greatly ka biosintésis camptothecin dina C. acuminata.Hasilna nekenkeun pentingna rakitan génom kualitas luhur dina ngaidentipikasi parobahan genetik dina asal évolusionér métabolit sekundér.
7.Alél-diartikeun génom nembongkeun diferensiasi bialél salila évolusi cassava
Fasilitas kolaborasi: Akademi Élmu Pertanian Tropis Cina
Jurnal: Tumbuhan Molekul
Faktor Dampak: 13.162
Proyék ieu ngarakit génom rujukan pikeun singkong kalayan contigN50 1.1Mb ngagunakeun platform sequencing Pacific Biosciences (PacBio).Saatos evaluasi ku BUSCO, indéks LAI, sareng peta genetik dénsitas luhur, génom anu dirakit dikonfirmasi salaku réfence-grade.Wewengkon anu kaleuleuwihan diidentifikasi sareng contigs dipasang dina 18 pseudochromosomes nganggo tautan Hi-C.Génom rujukan kualitas luhur sareng alél anu didefinisikeun pikeun singkong ieu berharga pikeun ngaidentipikasi bi-alél anu béda dina kromosom homolog, ngamungkinkeun pikeun ngajalajah diferensiasi sareng dominasi éksprési bi-alél sareng gaya panggerak évolusionérna.Ieu mempermudah innovating strategi beternak di singkong jeung pepelakan kacida hétérozigot lianna.
8. Wawasan génomik kana kamekaran gancang paulownias sareng formasi sapu tukang sihir Paulownia
Fasilitas kolaborasi: universitas Pertanian Henan
Jurnal: Tumbuhan Molekul
Faktor Dampak: 13.162
Proyék ieu ngarakit génom nuklir kualitas luhur Paulownia fortunei, ukuranana 511,6 Mb, kalayan 93,2% tina sekuen anu dipasang dina 20 pseudochromosome.Efisiensi fotosintétik anu leuwih luhur dihontal ku cara ngahijikeun fotosintésis C3 sareng jalur métabolisme asam crassulacean, anu tiasa nyumbang kana kabiasaan tumuwuhna gancang pisan tangkal paulownia.Sequencing génom tambahan tina PaWB phytoplasma, digabungkeun jeung analisa fungsional, nunjukkeun yén effector PaWB-SAP54 langsung berinteraksi sareng Paulownia PfSPLa, anu dina gilirannana ngabalukarkeun degradasi PfSPLa ku jalur ubiquitin-dimédiasi sarta ngabalukarkeun formasi sapu tukang sihir.Data masihan wawasan anu penting kana biologi paulownia sareng mékanisme pangaturan pikeun pembentukan PaWB.
Génom sato - Wawasan jero ngeunaan évolusi spésiés
1.Génom Nautilus pompilius illuminates évolusi panon jeung biomineralization
Fasilitas kolaborasi: Institut Oseanologi Laut Cina Kidul, CAS
Jurnal: Ékologi Alam & Évolusi
Faktor Dampak: 15.462
Proyék ieu masihan génom lengkep pikeun Nautilus pompilius.Cai mibanda génom minimalis diantara cephalopods sequenced, nyaeta 730,58Mb kalawan contigN50 = 1,1Mb.Hasil évaluasi BUSCO nyaéta 91,31%.Digabungkeun sareng transkriptom, proteome, kulawarga gen sareng analisis filogenetik, génom ieu nyayogikeun rujukan dasar ngeunaan inovasi cephalopod, sapertos panon pinhole sareng biomineralisasi.Panaliti nunjukkeun yén karusakan lengkep tina kluster gen Hox tiasa aya hubunganana sareng cangkang Moluska.Anu penting, sababaraha inovasi génomik kaasup karugian gén, kontraksi mandiri sareng ékspansi kulawarga gen khusus sareng jaringan pangaturan anu aya hubunganana kamungkinan nyiptakeun évolusi panon nautilus pinhole.Génom nautilus mangrupikeun sumber anu berharga pikeun ngarékonstruksi skénario évolusionér sareng inovasi génomik anu ngawangun cephalopods anu aya.
2.Analisis génom Seadragon nyadiakeun wawasan kana phenotype na locus tekad kelamin na
Fasilitas kolaborasi: Institut Oseanologi Laut Cina Kidul, CAS
Jurnal: Kamajuan Élmu
Faktor Dampak: 14.132
Proyék ieu de novo-sequenced génom jalu jeung bikang tina seadragon umum (Phyllopteryx taeniolatus) jeung spésiés nu raket patalina, alligator pipefish (Syngnathoides biaculeatus).Ukuran génom pikeun Phyllopteryx taeniolatus nyaéta ~659 Mb（♂） sareng ~663 Mb（♀）, kalayan contigN50 tina 10.0Mb sareng 12.1mb.ukuran génom pikeun Phyllopteryx taeniolatus nyaéta 637 Mb（♂） sareng ~648 Mb（♀）, kalayan contigN50 tina 18.0Mb sareng 21.0Mb.Ngaliwatan analisis filogenetik, seadragon umum jeung pipefish buaya mangrupakeun takson adina Syngnathinae, sarta diverged sabudeureun 27,3 Ma katukang.Propil transkripsi tina novelty évolusionér, appendages kawas daun, némbongkeun yén susunan gén ilaharna kalibet dina ngembangkeun sirip geus co-opted ogé hiji pengayaan tran-skrip pikeun perbaikan jaringan poténsial jeung gén pertahanan imun.Lokus penentu kelamin putative anu ngodekeun gén amhr2y khusus jalu anu dibagi ku seadragon umum sareng pipa buaya diidentifikasi.Proyék ieu nyayogikeun bukti kritis pikeun ngulik évolusi adaptif.
waktos pos: Sep-19-2022