Évolusi génom
alam
KOMUNIKASI
Runtuyan génom nembongkeun rute dispersal global sarta nyarankeun adaptasi genetik konvergen dina évolusi seahorse
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Karagaman genetik |Sajarah Démografi |Aliran Gene
The Pacbio sequencing, génom de novo assembly sarta jasa annotation disadiakeun ku Biomarker Technologies.
Sorotan
1.A kualitas luhur kromosom-tingkat seahorse (Hippocampus erectus) génom kalawan contig N50 tina 15,5 Mb dicandak.
2. Jumlahna aya 358 génom ti sakuliah dunya 21 spésiés kuda laut anu resequenced.
3.Seahorses mekar dina ahir Oligocene jeung saterusna rute kolonisasi sirkum-global diidentifikasi jeung numbu ka ngarobah dinamika dina arus sagara jeung bukaan seaway paleotemporal.
4.Dasar genetik tina ngulang "tulang tulang tonggong" phenotype adaptif ieu numbu ka substitusi bebas dina gén developmental konci.
5. Arung jeram ngaliwatan arus sagara ngimbangan panyebaran anu goréng sareng adaptasi gancang ngagampangkeun kolonisasi habitat anyar
Prestasi
Gbr. 1 Keragaman genetik sareng hubungan filogenetik tina 358 spésimén kuda laut
aLokasi sampling géografis pikeun sampel kuda laut kalayan pola karagaman nukléotida (π) tina 21 spésiés kuda laut dina 22 kromosom.b Tangkal tatangga diwangun ku SNPs génom-lega 358 seahorses.simbol pin lokasi dina (a) jeung tukang cabang dina (b) pakait jeung silih.
Gbr 2 Kolonisasi jeung sajarah demografi seahorses
aTangkal filogenetik sareng perkiraan waktos divergénsi pikeun 21 spésiés kuda laut.Ketebalan garis cabang pakait jeung perkiraan ukuran populasi (Ne) jeung kelir nunjukkeun katurunan béda.Simbol I–III nunjukkeun titik kalibrasi.b–d Diprediksi rute kolonisasi (panah berwarna) kuda laut dumasar kana waktu divergénsi, distribusi, kajadian vicariance, jeung arus sagara (panah bodas).b Kapuloan Indo-Australia mangrupa puseur asal (tanda beureum) genus Hippocampus saméméh kuda laut diversifikasi sarta sumebar sacara global 18–23 Ma.c Kuda laut mimitina ngajajah Samudra Atlantik ngaliwatan bukaan laut Tethyan, nu, sanggeus panutupanana (Acara Terminal salila 7–13 Ma), misahkeun nasab Tethyan ieu ti nasab sadulur Samudra Hindia na.Panungtungan, salajengna gancang diversified (nyirian konéng) di Laut Arab, ngadegkeun puseur kadua diversifikasi kuda laut.d Kajadian kolonisasi kuda laut kadua Samudra Atlantik lumangsung ti Samudra Hindia ngeunaan 5Ma ku ngaliwatan ujung Afrika Selatan, sarta tungtungna anjog di Samudra Pasifik Wétan ngaliwatan masih buka Panama seaway kira 3,6 Ma.
Gbr. 3 Aliran gén jeung fluctuations dina ukuran populasi éféktif
aAliran gen dideteksi antara spésiés anu nyicingan Samudra Atlantik Kidul.Aliran gén ditingalikeun caket garis bodas salaku laju migrasi anu disimpulkeun ku G-PhoCS.Ketebalan sareng arah panah pakait sareng laju sareng arah aliran gen, masing-masing.b Fluktuasi dina ukuran populasi éféktif ku PSMC.Sumbu x ngalambangkeun waktu dina taun saméméh kiwari, sedengkeun sumbu y ngagambarkeun ukuran populasi éféktif.Bagan disusun utamana dumasar kana sebaran géografis pikeun tiap spésiés jeung wewengkon sebaran béda.c Parobahan permukaan laut salila 1 juta taun katukang dina méter33.Garis konéng nunjukkeun puncak interglasial global anu terakhir, sedengkeun warna cyan nunjukkeun période maksimum glasial anu terakhir.
Gbr. 4 Évolusi spines.
aKénca, tangkal Spésiés mintonkeun évolusi bebas tina spines di seahorses.Panjang cabang nunjukkeun jumlah substitusi per situs.Opat spésiés kuda laut spiny disorot warna biru.Cabang anu langkung kandel pakait sareng tingkat substitusi nonsinonim-to-sinonim (dN/dS) anu langkung luhur pikeun gén bmp3.Tes McDonald and Kreitman (MKT) canonical sareng generalized pikeun gén bmp3 dilaksanakeun pikeun tilu spésiés sadulur pasangan kalayan fitur spiny sareng non-spiny divergent anu disorot ku warna latar, anu tingkat pentingna ditunjuk ku nilai p kalayan font biru sareng beureum, masing-masing.Katuhu, ngabandingkeun substitusi asam amino dina protéin bmp3, substitusi polimorfik sareng tetep dina kuda laut spiny dituduhkeun ku bunderan beureum sareng biru, masing-masing.b Distribusi nilai dN / dS dina bmp3 dina kuda laut spiny dibandingkeun spésiés non-spiny.c évolusi mandiri dina tangkal filogenetik direkonstruksi pikeun protéin disandi ku bmp3.d Hibridisasi in situ sadayana bmp3 di Hippocampus erectus.
Rujukan
Li C et al.Runtuyan génom nembongkeun rute dispersal global sarta nyarankeun adaptasi genetik konvergen dina évolusi seahorse.Nat Commun.2021 Pébruari 17;12(1):1094.
News jeung Highlights Tujuanana pikeun ngabagi kasus suksés panganyarna sareng Biomarker Technologies, nyandak prestasi ilmiah novel ogé téknik anu diterapkeun nalika diajar.
waktos pos: Jan-06-2022