GWAS
Judul: Resequencing sadayana génom ngungkabkeun asal Brassica napus sareng lokus genetik anu kalibet dina perbaikanna
Jurnal: Komunikasi Alam
NGS |WGS |Resequencing |GWAS |Transkriptom |RNAseq |Brassica napus |Évolusi |Doméstikasi
Dina ulikan ieu, Biomarker Technologies nyayogikeun Layanan ngeunaan urutan NGS, kitu ogé dukungan téknis dina analisis bioinformatika ngeunaan data sequencing.
Latar
Brassica napus(rapeseed) mangrupikeun pepelakan siki minyak anu penting sareng modél anu saé pikeun nalungtik prosés spésiasi, évolusi sareng pilihan polyploid.Sanajan kitu, naha spésiés liar atawa donor domesticated éta progenitors kolot jeung gén nu nyumbang kana doméstikasi sarta perbaikan rapeseed masih kanyahoan.
Bahan sareng métodeu
Bahan:588B. napusaccessions anu aub dina ulikan ieu, kaasup 466 ti Asia, 102 ti Éropa, 13 ti Amérika Kalér, sarta 7 ti Australia.Dumasar kana catetan watek tumuwuh, ieu bahan dibagi jadi tilu ékotip;spring (86 accessions), usum tiis (74 accessions), jeung semi-usum (428 accessions).
Sequencing:Rata-rata kira-kira.5× (mulai ti 3,37× nepi ka 7,71×)
Platform urutan:Illumina Hiseq 4000
Produksi data:4,03 Tb data beresih
Telepon SNP:BWA + GATK.5.294.158 SNP jeung 1.307.151 InDels dicandak.
Hasilna
Asal muasal B. napus
B. napusA subgénome mekar ti karuhun turnip Éropa.Hiji acara aliran gén ti turnip Éropa kaB. napus A subgénome lumangsung ~ 106-1170 taun ka tukang.B. napusC subgénom mungkin geus mekar ti karuhun umum tina garis ieu.Karuhun tiB. napusdibeulah ti karuhun umum opat B. oleracea subspésiés, kalawan aliran gén panganyarna kanaB. napus~108–898 taun ka tukang.B. napusSubgénome C ngagaduhan asal anu langkung kompleks tibatan A Subgénome.A bottleneck kuat dimekarkeun dina duanana dua subgenoms salilaB. napusévolusi.Usum tiis jeung semi-usum tiisB. napusecotypes diverged ~ 60 taun ka tukang, sedengkeun usum tiris jeung springB. napusdiverged ~ 416 taun ka tukang, sarta oilseed jeung non-oilseedB. napusdiverged ~ 277 taun ka tukang.
Gbr. 2 Struktur populasi 588 B. napus accessions jeung 199 of B. rapa accessions.
Gbr. 3 Struktur populasi 588 B. napus accessions jeung 119 of B. oleracea accessions
Sinyal pamilihan sareng studi asosiasi Génom-lega.
Salila tahap mimiti pamutahiran (FSI), leuwih diversity genetik leungit dina B. napus C subgénome ti dina subgénome A.Kurangna diferensiasi genetik lumangsung salila FSI ti salila tahap kadua perbaikan (SSI).Gén di wewengkon sinyal SSI-pilihan ieu enriched dina kasabaran stress, ngembangkeun sarta métabolik jalur.60 loci nyata pakait sareng 10 Tret target, kaasup 5 patali ngahasilkeun siki, 3 mun silique panjangna, 4 mun eusi minyak, sarta 48 mun kualitas siki diidentifikasi.
Gbr. 4 Scanning génom-lega jeung annotations wewengkon dipilih salila SSI of B. napus
Analisis Transkriptom
Data RNAseq tina 11 jaringan tina kultivar eusi minyak tinggi sareng kultivar ganda-rendah sareng kultivar rendah-minyak sareng kultivar ganda-tinggi anu dicirikeun gén anu aya hubunganana sareng prosés biosintétik glukosinolat sacara signifikan diwakilan.
Gbr. 5 Tinjauan pangaturan waktos kembangan dina pilihan perbaikan ékotip B. napus
Sawala
Panaliti ieu nyayogikeun sumber anu berharga pikeun ngartos asal-usul sareng sajarah perbaikanB. napussarta bakal mempermudah dissection tina basa genetik tina Tret kompléks agronomic penting.SNPs signifikan pakait sareng varian nguntungkeun, sinyal seleksi jeung gén calon bakal loba nyumbang kana mangsa nu bakal datang, utamana dina ngaronjatkeun ngahasilkeun, kualitas siki, kandungan minyak, sarta adaptability tina pamotongan allopolyploid panganyarna ieu jeung baraya na.
Rujukan
Resequencing sakabeh génom nembongkeun asal Brassica napus na loci genetik aub dina perbaikan na [J].Komunikasi Alam, 2019, 10(1).
News jeung Highlights Tujuanana pikeun ngabagi kasus suksés panganyarna sareng Biomarker Technologies, nyandak prestasi ilmiah novel ogé téknik anu diterapkeun nalika diajar.
waktos pos: Jan-05-2022