Warta

Transposable element (TE) amplifikasi geus dipikawanoh salaku kakuatan pendorong mediasi ékspansi ukuran génom jeung évolusi, tapi konsékuansi pikeun shaping arsitéktur génomik 3D tetep sakitu legana kanyahoan dina tutuwuhan.Di dieu, urang ngalaporkeun rakitan génom kelas rujukan pikeun tilu spésiés kapas anu ukuranna tilu kali lipet, nyaétaGossypium rotundifolium(K2),G. arboreum(A2), jeungG. raimondii(D5), ngagunakeun Oxford Nanopore Technologies.Analisis génom komparatif ngadokumentasikeun detil ngeunaan amplifikasi TE khusus katurunan anu nyumbang kana bédana ukuran génom anu ageung (K2, 2.44 Gb; A2, 1.62 Gb; D5, 750.19 Mb), sareng nunjukkeun eusi gén anu kawilang konservasi sareng hubungan synteny diantara génom.Kami mendakan yén kira-kira 17% gén sinténik nunjukkeun parobahan status kromatin antara kompartemen aktip ("A") sareng kompartemen anu teu aktif ("B"), sareng amplifikasi TE pakait sareng paningkatan proporsi kompartemen A di daérah gen (~ 7,000 gen. ) dina K2 jeung A2 relatif ka D5.Ngan 42% tina topologically associating domain (TAD) wates anu dilestarikan diantara tilu génom.Data kami implicate amplifikasi panganyarna tina TEs handap formasi wates TAD nasab-spésifik.Panaliti ieu ngajelaskeun peran ékspansi génom anu dimédiasi transposon dina évolusi struktur kromatin tingkat luhur dina pepelakan.