Genotyping-throughput tinggi, utamana dina populasi skala badag, mangrupakeun hambalan fundamental dina studi pakaitna genetik, nu nyadiakeun dasar genetik pikeun kapanggihna gén fungsional, analisis évolusionér, jsb Gantina jero sakabeh genom ulang sequencing, ngurangan répréséntasi génom sequencing ) diwanohkeun pikeun ngaleutikan biaya urutan per sampel, bari ngajaga efisiensi lumrah dina kapanggihna spidol genetik.Ieu ilaharna dihontal ku extracting fragmen pangwatesan dina rentang ukuran tinangtu, nu ngaranna ngurangan répréséntasi perpustakaan (RRL).Spésifik-locus amplified fragmén sequencing (SLAF-Seq) mangrupakeun strategi timer dimekarkeun pikeun de novo SNP kapanggihna jeung SNP genotyping populasi badag.
alur kerja teknis
SLAF vs métode RRL Aya
Kaunggulan tina SLAF
Efisiensi panemuan pananda genetik anu langkung luhur- Digabungkeun sareng téknologi pangurutan throughput anu luhur, SLAF-Seq tiasa ngahontal ratusan rébu tag anu dipendakan dina sadayana génom pikeun nyumponan paménta proyék panalungtikan anu rupa-rupa, boh sareng atanapi nganggo génom rujukan.
Ngaropéa & Fléksibel desain eksperimen– Pikeun tujuan panalungtikan atawa spésiés béda, stratégi nyerna énzimatik béda sadia kaasup nyerna tunggal-énzim, dual-énzim jeung multi-énzim.Strategi pencernaan bakal dievaluasi sateuacana dina silico pikeun mastikeun desain énzim anu optimal.
Efisiensi tinggi dina nyerna énzimatik- Pencernaan énzimatik anu dirancang sateuacana nyayogikeun SLAF anu langkung merata dina kromosom.Koléksi fragmen éfisién tiasa ngahontal langkung ti 95%.
Hindarkeun runtuyan repetitive- Persentase runtuyan repetitive dina data SLAF-Seq diréduksi jadi leuwih handap 5%, utamana dina spésiés jeung tingkat luhur elemen repetitive, kayaning gandum, jagung, jsb.
Aliran kerja bioinformatik anu dikembangkeun sorangan- BMK ngembangkeun hiji workflow bioinformatic terpadu lumaku pikeun téhnologi SLAF-Seq pikeun mastikeun reliabilitas jeung akurasi kaluaran ahir.
Aplikasi tina SLAF
Peta beungkeut genetik
Konstruksi peta genetik dénsitas luhur sareng idéntifikasi loci anu ngatur sipat jinis kembang dina Chrysanthemum (Chrysanthemum x morifolium Ramat.)
Jurnal: Panalungtikan Hortikultura Diterbitkeun: 2020.7
GWAS
Idéntifikasi gén calon anu aya hubunganana sareng eusi isofavon dina siki kedelé ngagunakeun asosiasi genom-lega sareng pemetaan hubungan.
Jurnal: Jurnal Tumbuhan Diterbitkeun: 2020.08
Genetika évolusionér
Analisis génomik populasi jeung assembly de novo nembongkeun asal-usul sangu weedy salaku kaulinan évolusionér
Jurnal: tutuwuhan molekular diterbitkeun: 2019.5
Analisis Segregant Bulked (BSA)
GmST1, anu ngodekeun sulfotransferase, masihan résistansi kana galur virus mosaik kedelé G2 sareng G3
Jurnal: Tutuwuhan, Sél & Lingkungan Diterbitkeun: 2021.04
Rujukan
Sun X, Liu D, Zhang X, jeung sajabana.SLAF-Seq: métode épisién tina skala badag de novo SNP kapanggihna jeung genotyping maké sequencing throughput tinggi [J].Plos hiji, 2013, 8 (3): e58700
Lagu X, Xu Y, Gao K, jeung sajabana.Konstruksi peta genetik dénsitas luhur sareng idéntifikasi loci anu ngatur ciri-ciri jinis kembang dina Chrysanthemum (Chrysanthemum × morifolium Ramat.).Hortik Res.2020;7:108.
Wu D, Li D, Zhao X, et al.Idéntifikasi gén calon pakait sareng eusi isoflavon dina siki kedele ngagunakeun asosiasi génom-lega jeung pemetaan linkage.Tutuwuhan J. 2020;104 (4): 950-963.
Sun J, Ma D, Tang L, et al.Analisis Génom Populasi sareng Majelis De Novo ngungkabkeun Asal Usul Beras Weedy salaku Kaulinan Évolusi.Tutuwuhan Mol.2019;12(5):632-647.Tutuwuhan Mol.2018;11 (11): 1360-1376.
Zhao X, Jing Y, Luo Z, et al.GmST1, anu ngodekeun sulfotransferase, masihan résistansi kana galur virus mosaik kedelé G2 sareng G3.Lingkungan Sel Tutuwuhan.2021;10.1111/pc.14066
waktos pos: Jan-04-2022