Metagénomic Sequencing-Nanopore
Keunggulan Service
● kualitas luhur assembly-Enhancing akurasi idéntifikasi spésiés jeung prediksi gén funcational
● isolasi génom baktéri ditutup
● Aplikasi anu langkung kuat sareng dipercaya dina sababaraha daérah, sapertos deteksi mikroorganisme patogén atanapi gen anu aya hubunganana sareng résistansi antibiotik
● Analisis metagénome komparatif
Spésifikasi Service
| Platform | Sequencing | data dianjurkeun | Waktos Turnaround |
| Nanoporé | ONT | 6 G/10 G | 65 poé gawé |
Analisis bioinformatika
● kadali kualitas data atah
● assembly Metagénome
● susunan gén non-redundant jeung annotation
● Analisis karagaman spésiés
● analisis diversity fungsi genetik
● Analisis antarkelompok
● analisis Asosiasi ngalawan faktor eksperimen
Syarat Sampel sareng Pangiriman
syarat sampel sarta pangiriman
Syarat Sampel:
Pikeunékstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kasucian |
| ékstrak DNA | 1-1,5 ug | > 20 ng/μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Pikeun sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur sampling anu disarankeun |
| Taneuh | Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun ngumpulkeun. |
| tai | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi. |
| eusi peujit | Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi |
| Awak cai | Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril. |
| Kulit | Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril. |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun.
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Heatmap: Spésiés richness clustering
2.Gén Fungsional annotated kana jalur métabolik KEGG
3.Spésiés jaringan korelasi
4.Circos gén résistansi antibiotik CARD
Kasus BMK
Metagenomics nanopore ngamungkinkeun diagnosis klinis gancang inféksi saluran pernapasan handap baktéri
Diterbitkeun:Biotéhnologi Alam, 2019
Highlights teknis
Sequencing: Nanopore Minion
Bioinformatika metagenomics klinis: Host DNA depletion, WIMP sareng analisis ARMA
Deteksi gancang: 6 jam
Sensitipitas luhur: 96,6%
Hasil konci
Taun 2006, inféksi saluran pernapasan handap (LR) nyababkeun 3 juta maotna manusa sacara global.Métode has pikeun deteksi patogén LR1 nyaéta budidaya, anu ngagaduhan sensitipitas anu goréng, waktos péngkolan panjang sareng kurangna pedoman dina terapi antibiotik awal.Diagnosis mikroba anu gancang sareng akurat parantos lami janten kabutuhan anu mendesak.Dr. Justin ti Universitas East Anglia sareng mitra-mitrana suksés ngembangkeun metode metagénomik basis Nanopore pikeun deteksi patogén.Numutkeun alur kerjana, 99.99% DNA host tiasa dipupus.Deteksi dina patogén sareng gen tahan antibiotik tiasa réngsé dina 6 jam.
Rujukan
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Metagenomics nanopore ngamungkinkeun diagnosis klinis gancang inféksi saluran pernapasan handap baktéri.Biotéhnologi Alam, 37(7), 1.
