BMKCloud Log in
条形banner-03

Produk

Full-Panjang mRNA Sequencing-Nanopore

Sequencing RNA mangrupikeun alat anu teu ternilai pikeun analisis transkriptom komprehensif.Mamang, sekuen bacaan pondok tradisional ngahontal seueur pangembangan penting di dieu.Tapi, éta sering mendakan watesan dina idéntifikasi isoform panjang, kuantifikasi, bias PCR.

Sequencing nanopore ngabedakeun diri ti platform sequencing séjén, nu nukléotida dibaca langsung tanpa sintésis DNA jeung ngahasilkeun dibaca lila dina puluhan kilobase.Ieu empowers langsung maca-kaluar nyebrang transkrip full-panjangna jeung tackling tantangan dina studi isoform-tingkat.

Platform:Nanopore PromethION

Perpustakaan:cDNA-PCR


Rincian Service

Hasil demo

Studi Kasus

Kaunggulan Service

● Low runtuyan bias

● Ngalaan molekul cDNA full-length

● Kurang data anu diperlukeun pikeun nutupan jumlah transkrip anu sarua

● Idéntifikasi sababaraha isoforms per gén

● éksprési quantification dina tingkat isoform

Spésifikasi Service

Perpustakaan

Platform

Hasil data anu disarankeun (Gb)

Kontrol kualitas

cDNA-PCR (Poly-A enriched)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/sampel (Gumantung kana spésiés)

Rasio panjang pinuh> 70%

Skor kualitas rata-rata: Q10

 

Analisis bioinformatika

Ngolah data atah

● idéntifikasi Transcript

● splicing alternatif

● Éksprési quantification dina tingkat gén jeung tingkat isoform

● Analisis éksprési diferensial

● Anotasi fungsi sareng pengayaan (DEG sareng DET)

 

lengkep

Syarat Sampel sareng Pangiriman

Syarat Sampel:

Nukléotida:

Conc.(ng/μl)

Jumlah (μg)

Kasucian

Integritas

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280 = 1,7-2,5

OD260 / 230 = 0,5-2,5

Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél.

Pikeun tutuwuhan: RIN≥7.0;

Pikeun sato: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

kawates atawa euweuh élévasi dasar

Tisu: Beurat (garing): ≥1 g

*Pikeun jaringan anu langkung alit ti 5 mg, kami nyarankeun ngirim sampel jaringan flash beku (dina nitrogén cair).

Suspénsi sél: Jumlah sél = 3 × 106- 1 × 107

* Kami nyarankeun pikeun ngirim lysate sél beku.Upami sél éta cacah langkung alit ti 5×105, flash beku dina nitrogén cair disarankeun, nu leuwih hade pikeun ékstraksi mikro.

Sampel getih: Volume≥1 ml

Disarankeun Pangiriman Sampel

Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)

Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3;B1, B2, B3...

Kiriman: 2, Garing-és: Sampel kudu dipak dina kantong jeung dikubur dina garing-és.

  1. Tabung RNAstable: Sampel RNA tiasa dikeringkeun dina tabung stabilisasi RNA (misalna RNAstable®) sareng dikirim dina suhu kamar.

 

Aliran Gawé Palayanan

Nukléotida:

pangiriman sampel

pangiriman sampel

Persiapan Perpustakaan

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Jasa saatos jual

jasa saatos-diobral

Aliran Gawé Palayanan

Tisu:

Sampel QC

Desain ékspérimén

pangiriman sampel

pangiriman sampel

percobaan pilot

ékstraksi RNA

Persiapan Perpustakaan

Pangwangunan perpustakaan

Sequencing

Sequencing

Analisis data

Analisis data

Jasa saatos jual

jasa saatos-diobral


  • saméméhna:
  • Teras:

  • 1.Analisis éksprési diferensial -Volco plot

    Analisis éksprési diferensial bisa diolah dina duanana tingkat gén pikeun ngaidentipikasi differentially expressed gén (DEGs) jeung di tingkat isoform pikeun ngaidentipikasi differentially.

     3(1)

    Transkrip nyata (DET) 

    2.Peta panas clustering hirarki

    4(1)

    3. Alternatif splicing idéntifikasi jeung klasifikasi

    Lima jinis acara splicing alternatif tiasa diprediksi ku Astalavista.

    5(1)

    4.Identifikasi kajadian poli-adenilasi (APA) alternatif sareng Motif dina 50 bp hulu poli-A

    6(1)

    Kasus BMK

    Idéntifikasi splicing alternatif sareng kuantifikasi tingkat isoform ku urutan transkriptom panjang nanopore

    Diterbitkeun:Komunikasi Alam, 2020

    Strategi urutan:

    Golongan: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutasi K700E);3. Sél B normal

    strategi sequencing: runtuyan perpustakaan Minion 2D, PromethION 1D runtuyan perpustakaan;data pondok-baca tina sampel sarua

    Sequencing platform: Nanopore Minion;Nanopore PromethION;

    Hasil konci

    1.Isoform-tingkat Alternatif Splicing Identification

    Runtuyan lila-dibaca empowers idéntifikasi SF3B1 mutantK700E-robah situs splice di tingkat isoform.35 alternatif 3′SSs jeung 10 alternatif 5′SSs kapanggih sacara signifikan diferensial spliced ​​antara SF3B1K700Ejeung SF3B1WT.33 tina 35 alterations anyar kapanggih ku urutan lila dibaca.

    2.Isoform-tingkat Alternatif Splicing quantification

    Ekspresi isoforms intron ingetan (IR) dina SF3B1K700Ejeung SF3B1WTdiitung dumasar kana sekuen nanopore, ngungkabkeun régulasi global tina isoform IR dina SF3B1K700E.

    Rujukan

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Karakterisasi transkrip panjang pinuh ku mutasi SF3B1 dina leukemia limfositik kronis ngungkabkeun turunna régulasi intron anu dipikagaduh [J].Komunikasi Alam.

    meunang cutatan

    Tulis pesen anjeun di dieu sareng kirimkeun ka kami

    Kirim pesen anjeun ka kami: