Genetika évolusionér
Kaunggulan Service
Takagi et al.,Jurnal tutuwuhan, 2013
● Estimasi waktu jeung laju divergénsi spésiés dumasar kana variasi dina tingkat nukléotida jeung asam amino
● Nembongkeun hubungan filogenetik anu leuwih dipercaya antara spésiés kalayan pangaruh minimal tina évolusi konvergen sareng évolusi paralel
● Ngawangun tumbu antara parobahan genetik jeung phenotypes pikeun uncover gén nu patali tret
● Estimasi karagaman genetik, nu ngagambarkeun poténsi évolusionér spésiés
● Waktos Turnaround langkung gancang
● pangalaman éksténsif: BMK geus akumulasi pangalaman masif dina populasi jeung proyék patali évolusionér pikeun leuwih 12 taun, ngawengku ratusan spésiés, jsb jeung nyumbang kana leuwih 80 proyék-tingkat tinggi diterbitkeun dina Komunikasi Alam, Tutuwuhan molekular, Plant Biotéhnologi Journal, jsb.
Spésifikasi Service
Bahan:
Biasana, sahenteuna tilu sub-populasi (misalna subspésiés atanapi galur) disarankeun.Unggal sub-populasi kudu ngandung teu kurang ti 10 individu (Tutuwuhan > 15, bisa ngurangan pikeun spésiés langka).
Strategi urutan:
* WGS tiasa dianggo pikeun spésiés anu gaduh génom rujukan kualitas luhur, sedengkeun SLAF-Seq tiasa dianggo pikeun spésiés boh nganggo atanapi henteu nganggo génom rujukan, atanapi génom rujukan kualitas goréng.
| Lumaku pikeun ukuran génom | WGS | SLAF-Tag (×10.000) |
| ≤ 500 Mb | 10× / individu | WGS langkung disarankeun |
| 500 Mb - 1 Gb | 10 | |
| 1 Gb - 2 Gb | 20 | |
| ≥2 Gb | 30 |
Analisis bioinformatika
● analisis évolusionér
● Sapuan selektif
● aliran gén
● Sajarah demografi
● waktos divergence
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
| Jenis | Tisu | WGS-NGS | SLAF |
| sasatoan
| Jaringan viseral |
0,5 ~ 1g
|
0,5 g
|
| Jaringan otot | |||
| Getih mamalia | 1,5 ml
| 1,5 ml
| |
| Darah Unggas/Lauk | |||
| Tutuwuhan
| Daun Seger | 1~2g | 0,5 ~ 1g |
| Petal / Batang | |||
| Akar/Biji | |||
| Sél | Sél anu dibudayakeun |
| gDNA | Konsentrasi | Jumlah (ug) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
*Hasil demo anu dipidangkeun di dieu sadayana tina génom anu diterbitkeun ku BMKGENE
1.Analisis évolusi ngandung konstruksi tangkal filogenetik, struktur populasi jeung PCA dumasar kana variasi genetik.
Tangkal filogenetik ngagambarkeun hubungan taksonomi sareng évolusionér diantara spésiés sareng karuhun anu sami.
PCA boga tujuan pikeun visualize closeness antara sub-populasi.
Struktur populasi nunjukkeun ayana sub-populasi anu béda sacara genetik dina hal frékuénsi alél.
Chen, jeung.al.,PNAS, 2020
2. Sapuan selektif
Sapuan selektif nujul kana prosés dimana situs anu nguntungkeun dipilih sareng frekuensi situs nétral anu kaitkeun ningkat sareng situs anu teu aya kaitanna turun, nyababkeun réduksi régional.
Deteksi génom-lega di wewengkon sweep selektif diolah ku ngitung indéks genetik populasi (π，Fst, Tajima's D) sadaya SNPs dina jandela geser (100 Kb) dina hambalan nu tangtu (10 Kb).
Keragaman nukléotida (π)
Tajima urang D
Indéks Fiksasi (Fst)
Wu, jeung.al.,Tutuwuhan Molekul, 2018
3. Aliran Gene
Wu, jeung.al.,Tutuwuhan Molekul, 2018
4.Riwayat demografi
Zhang, jeung.al.,Ékologi Alam & Évolusi, 2021
5. Divergence waktos
Zhang, jeung.al.,Ékologi Alam & Évolusi, 2021
Kasus BMK
Peta variasi génomik nyadiakeun wawasan kana dasar genetik Pilihan Spring Chinese Cabbage(Brassica rapa ssp. Pekinensis).
Diterbitkeun: Tutuwuhan Molekul, 2018
Strategi urutan:
Resequencing: jero urutan: 10 ×
Hasil konci
Dina ulikan ieu, 194 kol Cina diolah pikeun ulang sequencing kalawan rata-rata jero 10 ×, nu yielded 1.208.499 SNPs jeung 416.070 InDels.Analisis filogenetik dina 194 garis ieu nunjukkeun yén garis ieu tiasa dibagi kana tilu ékotip, cinyusu, usum panas sareng gugur.Salaku tambahan, struktur populasi sareng analisis PCA nunjukkeun yén kol Cina musim semi asalna tina kol gugur di Shandong, Cina.Ieu anu salajengna diwanohkeun ka Korea jeung Jepang, meuntas jeung garis lokal sarta sababaraha variétas telat-bolting sahijina diwanohkeun deui ka Cina sarta tungtungna jadi Spring kol Cina.
scanning génom-lega on spring cabbages Cina jeung cabbages gugur on seleksi wangsit 23 loci génomik nu geus ngaliwatan seleksi kuat, dua diantarana tumpang tindih jeung bolting-waktos ngadalikeun wewengkon dumasar kana QTL-pemetaan.Dua daérah ieu kapanggih ngandung gen konci anu ngatur kembangan, BrVIN3.1 sareng BrFLC1.Dua gén ieu salajengna dikonfirmasi aub dina bolting waktos ku ulikan transcriptome jeung percobaan transgenik.
 Analisis struktur populasi dina kol Cina |  Inpormasi genetik ngeunaan pilihan kol Cina |
Tongbing, dkk."Peta Variasi Génom Nyadiakeun Wawasan kana Dasar Genetik Kol Cina Spring (Brassica rapa ssp.pekinensis) Pilihan."Tumbuhan Molekul,11 (2018): 1360-1376.
