● Kacida ngalaman: Leuwih 200.000 sampel geus diolah dina BMK ngawengku rupa-rupa jenis sampel, kaasup kultur sél, jaringan, cairan awak, jeung sajabana jeung leuwih 7.000 proyék mRNA-Seq ditutup ngawengku rupa wewengkon panalungtikan.
● Sistim kadali kualitas ketat: titik kontrol kualitas Core ngaliwatan sagala léngkah kaasup persiapan sampel, préparasi perpustakaan, sequencing na bioinformatics aya dina ngawaskeun nutup guna nganteurkeun hasil kualitas luhur.
● Sababaraha database sadia pikeun annotation fungsi jeung studi pengayaan pikeun minuhan rupa-rupa tujuan panalungtikan.
● jasa saatos-diobral: jasa saatos-diobral valid pikeun 3 bulan sanggeus proyék parantosan, kaasup proyék nurutan-up, masalah-shooting, hasil Q&A, jsb.
Perpustakaan | Stratégi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
Poly A enriched | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nukléotida:
Conc.(ng/μl) | Jumlah (μg) | Kasucian | Integritas |
≥ 20 | ≥ 0,5 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260 / 230 = 0,5-2,5 Kawates atanapi henteu aya kontaminasi protéin atanapi DNA anu dipidangkeun dina gél. | Pikeun tutuwuhan: RIN≥6.5; Pikeun sato: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; kawates atawa euweuh élévasi dasar |
Tisu: Beurat (garing):≥1 g
*Pikeun jaringan anu langkung alit ti 5 mg, kami nyarankeun ngirim sampel jaringan flash beku (dina nitrogén cair).
Suspensi sél:Jumlah sél = 3 × 106- 1 × 107
* Kami nyarankeun pikeun ngirim lysate sél beku.Upami sél éta cacah langkung alit ti 5×105.
Sampel getih:Volume≥1 ml
Mikroorganisme:Beurat ≥ 1 g
Wadahna: 2 ml centrifuge tube (Timah foil teu dianjurkeun)
Sampel panyiri: Grup + ulangan misalna A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Pangiriman:
Bioinformatika
Eukariot alur kerja analisis urutan mRNA
Bioinformatika
ØKontrol kualitas data atah
Øalignment génom rujukan
ØAnalisis struktur transkrip
ØKuantifikasi éksprési
ØAnalisis éksprési diferensial
ØAnotasi fungsi sareng pengayaan
1.Kurva Saturasi Data mRNA
2.Analisis éksprési diferensial-Plot gunung seuneuan
3.KEGG annotation on DEGs
4.klasifikasi GO on DEGs