Analisis Segregant Bulked
Kaunggulan Service
Takagi et al., The Plant Journal, 2013
● Lokalisasi akurat: Pergaulan bulks kalawan 30 + 30 ka 200 + 200 individu pikeun ngaleutikan noise latar tukang;prediksi wilayah calon basis mutatants non-sinonim.
● Analisis komprehensif: Dina-jero annotation fungsi gén calon, kaasup NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, jsb.
● Waktos Turnaround langkung gancang: Lokalisasi gen gancang dina 45 dinten damel.
● Pangalaman éksténsif: BMK geus nyumbang dina rébuan lokalisasi Tret, ngawengku rupa-rupa spésiés kawas pepelakan, produk akuatik, leuweung, kembang, bungbuahan, jsb.
Spésifikasi Service
Populasi:
Segregating turunan kolot jeung phenotypes lawan.
misalna F2 turunan, Backcrossing (SM), Rekombinan inbred line (RIL)
Kolam campur
Pikeun sipat kualitatif: 30 nepi ka 50 individu (minimum 20) / bulk
Pikeun tratis kuantitatif: top 5% nepi ka 10% individu jeung boh phenotypes ekstrim dina sakabéh populasi (minimal 30+30).
Disarankeun sequencing jero
Sahenteuna 20X/indungna jeung 1X/turunan individu (misalna pikeun turunan campuran kolam renang 30+30 individu, sequencing jero bakal 30X per bulk)
Analisis bioinformatika
● resequencing génom sakabeh
● Ngolah data
● SNP / Indel nelepon
● Saringan wilayah calon
● annotation fungsi gén calon
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Nukléotida:
| sampel gDNA | Sampel jaringan |
| Konsentrasi: ≥30 ng/μl | Tutuwuhan: 1-2 g |
| Jumlah: ≥2 μg (Volum ≥15 μl) | Sasatoan: 0,5-1 g |
| Purity: OD260/280 = 1.6-2.5 | Sakabeh getih: 1,5 ml |
Aliran Gawé Palayanan
Desain ékspérimén
pangiriman sampel
ékstraksi RNA
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Association analysis base on Euclidean Distance (ED) pikeun ngaidentipikasi wilayah calon.Dina gambar di handap ieu
Sumbu X: Jumlah kromosom;Unggal titik ngagambarkeun nilai ED hiji SNP.Garis Hideung pakait jeung nilai ED dipasangan.Nilai ED anu langkung luhur nunjukkeun hubungan anu langkung signifikan antara situs sareng fenotipe.Garis dash beureum ngagambarkeun bangbarung pakaitna signifikan.
2.Analisis asosiasi dumasar euweuh SNP-indéks
Sumbu X: Jumlah kromosom;Unggal titik ngagambarkeun nilai SNP-indéks.Garis hideung nangtung pikeun dipasangan nilai SNP-indéks.Beuki gedé nilaina, beuki signifikan asosiasina.
Kasus BMK
Lokus kuantitatif pangaruh utama Fnl7.1 ngodekeun protéin embriogenesis telat anu aya hubunganana sareng panjang beuheung buah dina bonténg.
Diterbitkeun: Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan, 2020
Strategi urutan:
Kolot (Jin5-508, YN): Resequencing génom sakabeh pikeun 34 × jeung 20 ×.
DNA pools (50 Long-beuheung jeung 50 pondok-beuheung): Resequencing pikeun 61 × jeung 52 ×
Hasil konci
Dina ulikan ieu, segregating populasi (F2 jeung F2: 3) dihasilkeun ku nyebrang panjang-beuheung bonteng garis Jin5-508 jeung pondok-beuheung YN.Dua pools DNA diwangun ku 50 individu ekstrim panjang-beuheung jeung 50 ekstrim pondok-beuheung individu.Pangaruh utama QTL diidentifikasi dina Chr07 ku analisa BSA sareng pemetaan QTL tradisional.Wewengkon calon ieu salajengna narrowed handap ku rupa-pemetaan, kuantifikasi éksprési gén jeung percobaan transgenik, nu wangsit gén konci dina ngadalikeun beuheung-panjangna, CsFnl7.1.Salaku tambahan, polimorfisme di daérah promotor CsFnl7.1 kapanggih aya hubunganana sareng ekspresi anu saluyu.Analisis filogenetik salajengna nunjukkeun yén lokus Fnl7.1 kamungkinan pisan asalna ti India.
 QTL-pemetaan dina analisis BSA pikeun ngaidentipikasi wilayah calon pakait sareng panjang beuheung bonteng |  Profil LOD tina bonteng beuheung-panjangna QTL dicirikeun dina Chr07 |
Xu, X. , jeung sajabana."Lokus kuantitatif pangaruh utama Fnl7.1 ngodekeun protéin embriogenesis telat anu aya hubunganana sareng panjang beuheung buah dina bonténg."Jurnal Biotéhnologi Tutuwuhan 18.7(2020).
