16S / 18S / ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Kaunggulan Service
● Long-maca nembongkeun runtuyan full-panjangna 16S / 18S / ITS
● Kacida akurat basa nelepon jeung PacBio CCS mode sequencing
● Resolusi tingkat spésiés dina anotasi OTU/ASV
● Panganyarna aliran analisa QIIME2 kalawan nganalisa rupa-rupa dina watesan database, annotation, OTU / ASV.
● Lumaku pikeun studi komunitas mikroba beragam
● BMK owns pangalaman éksténsif jeung leuwih 100.000 sampel / taun, ngawengku taneuh, cai, gas, sludge, tai, peujit, kulit, kaldu fermentasi, serangga, tutuwuhan, jsb.
● BMKCloud ngagampangkeun interpretasi data anu ngandung 45 alat analisa pribadi
Spésifikasi Service
| SequencingPlatform | Perpustakaan | data dianjurkeun | Waktos Turnaround |
| PacBio Sequel II | SMRT-bel | 5K / 10K / 20K Tag | 44 poé gawé |
Analisis bioinformatika
● kadali kualitas data atah
● OTU clustering/De-noise(ASV)
● annotation OTU
● Alfa diversity
● Béta diversity
● Analisis antarkelompok
● analisis Asosiasi ngalawan faktor eksperimen
● Fungsi prediksi gén
Syarat Sampel sareng Pangiriman
Syarat Sampel:
Pikeunékstrak DNA:
| Tipe Sampel | Jumlah | Konsentrasi | Kasucian |
| ékstrak DNA | > 1 ug | > 20 ng/μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Pikeun sampel lingkungan:
| Jenis sampel | Prosedur sampling anu disarankeun |
| Taneuh | Jumlah sampling: approx.5 g;Sésana zat layu kedah dipiceun tina permukaan;Grind potongan badag sarta ngaliwatan 2 mm filter;sampel Aliquot dina EP-tube steril atawa cyrotube pikeun ngumpulkeun. |
| tai | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung sampel aliquot dina EP-tube steril atawa cryotube pikeun reservasi. |
| eusi peujit | Sampel kedah diolah dina kaayaan aseptik.Ngumbah jaringan dikumpulkeun kalawan PBS;Centrifuge PBS sarta ngumpulkeun precipitant dina EP-tabung. |
| Sludge | Jumlah sampling: approx.5 g;Kumpulkeun jeung aliquot sampel sludge dina steril EP-tube atawa cryotube pikeun reservasi |
| Awak cai | Pikeun sampel kalawan jumlah kawates mikroba, kayaning cai ketok, cai sumur, jsb, Kumpulkeun sahenteuna 1 L cai sarta ngaliwatan 0,22 μm filter pikeun enrich mikroba dina mémbran.Simpen mémbran dina tabung steril. |
| Kulit | Taliti kerok beungeut kulit ku swab katun steril atawa sabeulah bedah jeung nempatkeun eta dina tube steril. |
Disarankeun Pangiriman Sampel
Freeze sampel dina nitrogén cair pikeun 3-4 jam tur nyimpen dina nitrogén cair atawa -80 derajat pikeun reservasi jangka panjang.pengiriman sampel kalawan és garing diperlukeun.
Aliran Gawé Palayanan
pangiriman sampel
Pangwangunan perpustakaan
Sequencing
Analisis data
jasa saatos-diobral
1.Laju annotation of V3 + V4 (Illumina) -Profil komunitas mikroba basis vs Full-panjangna (PacBio) basis Profiling.
(Data 30 proyék anu dipilih sacara acak diterapkeun pikeun statistik)
Laju 2.Annotation of full-panjangna amplicon sequencing di spésiés-tingkat dina tipe sampel béda
3. Distribusi spésimén
4. Tangkal filogenetik
Kasus BMK
Paparan arsén nyababkeun karusakan halangan peujit sareng akibatna aktivasina sumbu usus-ati ngarah kana peradangan sareng pyroptosis ati dina bebek.
Diterbitkeun:Élmu ngeunaan Total Lingkungan,2021
Strategi urutan:
Sampel: Kontrol vs 8 mg / kg ATO grup kakeunaan
Sequencing data ngahasilkeun: 102.583 runtuyan CCS atah total
Kontrol: 54.518 ± 747 CCS éféktif
kakeunaan ATO: 45.050 ± 1675 CCS éféktif
Hasil konci
Keragaman alfa:Paparan ATO sacara signifikan ngarobih kabeungharan mikroba peujit sareng karagaman dina bebek.
Analisis metastats:
Dina tingkat filum: 2 filum baktéri ngan dideteksi dina grup kontrol
Dina tingkat genus: 6 genera kapanggih béda signifikan dina kaayaanana relatif
Dina tingkat spésiés: 36 spésiés diidentifikasi sacara total, kalayan 6 di antarana béda sacara signifikan dina kaayaan rélaviving.
Rujukan
Thingholm, LB, et al."Individu Obese sareng sareng tanpa Diabetes Tipe 2 Témbongkeun Kapasitas Fungsi Mikroba Gut Béda sareng Komposisi."Host sél & mikroba26.2 (2019).
