10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Fitur
● Resolusi: 100 µM
● Spot Diaméterna: 55 µM
● Jumlah titik: 4992
● aréa Capture: 6,5 x 6,5 mm
● Unggal titik barcoded dieusian ku primers diwangun ku 4 bagian:
- buntut poli(dT) pikeun priming mRNA sareng sintésis cDNA
- Unik Molecular Identifier (UMI) pikeun ngabenerkeun bias amplifikasi
- Barcode spasial
- Runtuyan beungkeutan baca parsial 1 sequencing primer
● H & E staining sahiji bagian
Kaunggulan
●jasa hiji-eureun: integrates sagala pangalaman jeung léngkah dumasar-skill, kaasup cryo-sectioning, ngawarnaan, optimasi jaringan, barcoding spasial, préparasi perpustakaan, sequencing na bioinformatics.
● Tim téknis anu terampil pisan: kalawan pangalaman dina leuwih 250 jenis jaringan jeung 100+ spésiés kaasup manusa, beurit, mamalia, lauk jeung tutuwuhan.
●Update real-time dina sakabéh proyék: kalawan kadali pinuh ku kamajuan eksperimen.
●Bioinformatika standar komprehensif:pakét ngawengku 29 nganalisa sarta 100+ inohong kualitas luhur.
●Analisis data sareng visualisasi ngaropéa: sadia pikeun requests panalungtikan béda.
●Analisis gabungan pilihan sareng urutan mRNA sél tunggal
spésifikasi
| Syarat Sampel | Perpustakaan | Strategi sequencing | Data disarankeun | Kontrol kualitas |
| Sampel cryo anu dipasang dina OCT, conto FFPE (Diaméter optimal: kira-kira 6x6x6 mm3) 3 blok per sampel | 10 X Visium cDNA perpustakaan | Illumina PE150 | 50K PE dibaca per titik (60Gb) | RIN> 7 |
Pikeun leuwih jéntré ngeunaan hidayah préparasi sampel sarta workflow jasa, mangga ngarasa Luncat ngobrol jeung aahli BMKGENE
Alur Palayanan
Dina fase persiapan sampel, hiji percobaan ékstraksi RNA bulk awal dipigawé pikeun mastikeun RNA kualitas luhur bisa diala.Dina tahap optimasi jaringan, bagian-bagian diwarnaan sareng ditingali sareng kaayaan perméabilitas pikeun ngaleupaskeun mRNA tina jaringan dioptimalkeun.Protokol anu dioptimalkeun teras diterapkeun nalika pangwangunan perpustakaan, dituturkeun ku sequencing sareng analisis data.
Alur kerja jasa lengkep ngalibatkeun apdet sacara real-time sareng konfirmasi klien pikeun ngajaga loop eupan balik responsif, mastikeun palaksanaan proyék lancar.
Ngawengku analisis di handap ieu:
Kontrol Kualitas Data:
o Data kaluaran jeung distribusi skor kualitas
o Deteksi gén per titik
o Liputan jaringan
Analisis sampel jero:
o Kakayaan gen
o Spot clustering, kaasup analisis dimensi ngurangan
o Analisis éksprési diferensial antara klaster: idéntifikasi gén pananda
o Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
Analisis antarkelompok
o Kombinasi ulang spot tina duanana sampel (misalna kasakit jeung kontrol) jeung re-cluster
o Idéntifikasi gén pananda pikeun unggal klaster
o Anotasi fungsional sareng pengayaan gen pananda
o Éksprési diferensial tina klaster sarua antara grup
Analisis jero-sampel
Spot clustering
Idéntifikasi gén pananda sareng distribusi spasial
Analisis antarkelompok
Kombinasi data ti duanana grup na ulang klaster
Gén pananda tina klaster anyar
Jelajahi kamajuan anu difasilitasi ku jasa transkriptomi spasial BMKGene ku 10X Visium Dina publikasi anu diulas ieu:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, homolog Drosophila poténsial GPCRs adhesion mamalia, aub dina réaksi antitumor ka nyuntik sél onkogenik dina laleur', Prosiding National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL ngamungkinkeun resolusi luhur delineation data transcriptomic spatiotemporal', Briefings di Bioinformatics, 24 (2), pp. 1-10.doi: 10.1093/BIB/BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A atlas spatiotemporal organogenesis dina ngembangkeun kembang Orchid', Nukléat Asam Panalungtikan, 50 (17), pp 9724-9737.doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Integrating Spatial Transcriptomics sarta Single-inti RNA Sequencing nembongkeun Poténsi Terapi Stratégi pikeun Uterine Leiomyoma', International Journal of Élmu Biologis, 19 (8), pp 2515-2530.doi: 10.7150 / IJBS.83510.
