PHEPANENG TSOHLE E TSOA
Mefuta e fapaneng ea sebopeho ho baahi ba Machaena le phello ea bona ho phenotypes, mafu le phetoho ea baahi
Nanopore |PacBio |Phetoho e felletseng ea liphatsa tsa lefutso |Phapang ea sebopeho
Thutong ena, tatellano ea Nanopore PromethION e fanoe ke Biomarker Technologies.
Lintlha-khōlō
Thutong ena, ho ile ha senoloa sebaka se akaretsang sa liphapang tsa sebopeho (SVs) ho genome ea motho ka thuso ea tatellano e baloang nako e telele ho Nanopore PromethION platfrom, e tebisang kutloisiso ea li-SV ho phenotypes, mafu le ho iphetola ha lintho.
Moqapi oa Teko
Mehlala: Li-leukocyte tsa mali tsa peripheral tsa batho ba 405 ba sa amaneng ba Machaena (banna ba 206 le basali ba 199) ba nang le 68 phenotypic le litekanyo tsa bongaka.Har'a batho bohle, libaka tsa baholo-holo tsa batho ba 124 e ne e le liprofinse tse ka Leboea, tsa batho ba 198 e ne e le Boroa, ba 53 e le Boroa-Bophirima 'me ba 30 ba sa tsejoe.
Leano la tatellano: Tatelano ea nako e telele ea genome (LRS) e nang le lipalo tsa Nanopore 1D le PacBio HiFi e balehang.
Sethala sa tatellano: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Ho letsa Phapang ea Sebopeho
Setšoantšo sa 1. Mosebetsi oa ho letsetsa SV le ho sefa
Liphihlello Tse ka Sehloohong
Ho sibolloa le ho netefatsa phapang ea sebopeho
Nanopore dateset: Kakaretso ea 20.7 Tb e baloang e hloekileng e hlahisitsoeng sethaleng sa tatellano sa PromethION, ho fihlela kakaretso ea data ea 51 Gb sampole, hoo e ka bang.17-ka botebo.
Reference genome alignment(GRCh38): Karolelano ea sekhahla sa 'mapa sa 94.1% se fihletsoe.Sekhahla sa phoso (12.6%) se ne se tšoana le thuto ea pele ea benchmarking (12.6%) (Setšoantšo sa 2b le 2c)
Phapang ea sebopeho(SV) pitso: Mehala ea SV e sebelisitsoeng thutong ena e kenyelletsa Sniffles, NanoVar le NanoSV.Li-SV tse nang le tšepo e phahameng li ne li hlalosoa e le li-SV tse khetholloang ke bonyane ba letetseng ba babeli 'me li fetisetsoa li-filters ka botebo, bolelele le sebaka.
Karolelano ea 18,489 (ho tloha ho 15,439 ho isa ho 22,505) li-SV tse nang le ts'epo e phahameng li ile tsa fumanoa sampuling ka 'ngoe.(Setšoantšo sa 2d, 2e le 2f)
Setšoantšo sa 2. Kakaretso ea naha ea li-SVs tse khethiloeng ke Nanopore dataset
Ho netefatsoa ke PacBio: Li-SV tse khethiloeng sampoleng e le 'ngoe(HG002, ngoana) li netefalitsoe ke sephutheloana sa data sa PacBio HiFi.Kakaretso ea sekhahla sa ho sibolloa ha bohata (FDR) e ne e le 3.2%, e bonts'ang boitsebahatso bo tšepahalang ba SV ka lipalo tsa Nanopore.
Li-SV tse sa hlokeng letho le likarolo tsa genomic
Li-SV tse sa hlokeng letho: Sehlopha sa li-SV tse 132,312 tse sa hlokeng letho li fumanoe ka ho kopanya li-SV ho disampole kaofela, tse kenyeletsang 67,405 DELs, 60,182 INS, 3,956 DUPs le 769 INVs.(Setšoantšo sa 3a)
Ha ho bapisoa le li-dataset tsa SV tse neng li le teng: Sephutheloana sena se bapisitsoe le se phatlalalitsoeng sa TGS kapa NGS.Ka har'a li-dataset tse 'ne ha li bapisoa, LRS15, eo hape e leng eona feela dataset ho tloha sethaleng sa tatellano sa nako e telele (PacBio) se arolelanoang ka ho fetesisa le dataset ena.Ho feta moo, 53.3% (70,471) ea SVs lethathamong lena la boitsebiso li tlalehiloe lekhetlo la pele.Ka ho sheba mofuta o mong le o mong oa SV, palo ea li-INS tse fumanoeng tse nang le tatellano ea tatellano ea nako e telele e ne e le kholo ho feta tse ling tse baliloeng ka nako e khuts'oane, e leng se bontšang hore tatellano ea nako e telele e sebetsa hantle haholo ho fumanoeng ha INS.(Setšoantšo sa 3b le 3c)
Setšoantšo sa 3. Thepa ea li-SV tse sa hlokahaleng bakeng sa mofuta o mong le o mong oa SV
Likarolo tsa Genomic: Palo ea li-SV e fumanoe e amana haholo le bolelele ba chromosome.Kabo ea liphatsa tsa lefutso, ho pheta-pheta, DELs(tala), INS(blue), DUP(yellow) le INV(orange) li bontšitsoe setšoantšong sa Circos, moo keketseho e akaretsang ea SV e ileng ea bonoa qetellong ea matsoho a chromosome.(Setšoantšo sa 3d le 3e)
Bolelele ba SVs: Bolelele ba INSs le DELs bo fumanoe bo le khutšoanyane haholo ho feta tsa DUPs le INVs, tse lumellanang le tse khethiloeng ke PacBio HiFi dataset.Bolelele ba li-SV tsohle tse khethiloeng li kenyellelitsoe ho 395.6 Mb, tse neng li nka 13.2% ea genome eohle ea motho.Li-SV li amme 23.0 Mb(hoo e ka bang 0.8%) ea genome ho motho ka mong ka karolelano.(Setšoantšo sa 3f le 3g)
Liphello tse sebetsang, tsa phenotypical le tsa kliniki tsa SVs
Tahlehelo e boletsoeng esale pele ea ts'ebetso (pLoF) SVs: li-SV tsa pLoF li ne li hlalosoa e le li-SV tse sebelisanang le CDS, moo li-nucleotide tsa coding li ileng tsa hlakoloa kapa li-ORF li fetotsoe.Kakaretso ea li-SV tsa pLoF tse 1,929 tse amang CDS tsa liphatsa tsa lefutso tse 1,681 li ile tsa hlalosoa.Ka har'a tsona, liphatsa tsa lefutso tse 38 li totobalitse "immunoglobulin receptor binding" tlhahlobong ea ntlafatso ea GO.Li-SVs tsena tsa pLoF li ile tsa hlakisoa hape ke GWAS, OMIM le COSMIC, ka ho latellana.(Setšoantšo sa 4a le 4b)
Li-SV tse amanang le phenotypically le tsa bongaka: Palo ea SV ho dataset ea nanopore e bonts'itsoe e le ea bohlokoa ka mokhoa o makatsang le oa bongaka.Heterozygous DEL e sa tloaelehang ea 19.3 kb, e tsejoang ka ho baka alpha-thalassemia, e ile ea khetholloa ho batho ba bararo, e leng liphatsa tsa lefutso tse sa sebetseng tsa Hemoglobin Subunit Alpha 1 le 2(HBA1 le HBA2).DEL e 'ngoe ea 27.4 kb ho gene coding Hemoglobin Subunit Beta(HBB) e khethiloe ho motho e mong.SV ena e ne e tsejoa ka ho baka hemoglobinopathies e tebileng.(Setšoantšo sa 4c)
Setšoantšo sa 4. PLoF SVs e amanang le phenotypes le mafu
DEL e tloaelehileng ea 2.4 kb e ile ea bonoa ho 35 homozygous le 67 heterozygous carriers, e koahelang sebaka se feletseng sa 3rd exon ea Growth Homone Receptor(GHR).Li-carriers tsa homozygous li fumanoe li le khuts'oane haholo ho feta li-heterzygous (p=0.033).(Setšoantšo sa 4d)
Ho feta moo, li-SV tsena li ile tsa sebetsoa bakeng sa lithuto tsa kholo ea baahi lipakeng tsa lihlopha tse peli tsa libaka: China Leboea le Boroa.Li-SV tse fapaneng haholo li ile tsa fumanoa li ajoa ho Chr 1, 2, 3, 6,10,12,14 le 19, moo, tse holimo li neng li amahanngoa le libaka tsa ho itšireletsa mafung, joalo ka IGH, MHC, joalo-joalo. Hoa utloahala ho hakanya hore Phapang ho li-SV tsena e kanna ea bakoa ke ho hoholeha ha liphatsa tsa lefutso le ho pepeseha ha nako e telele tikolohong e fapaneng bakeng sa baahi ba China.
Referense
Wu, Zhikun, et al."Mefuta ea sebopeho ho baahi ba Machaena le phello ea bona ho phenotypes, mafu le phetoho ea baahi."bioRxiv(2021).
Litaba le Lintlha-khōlō e ikemiselitse ho arolelana linyeoe tsa morao-rao tse atlehileng le Biomarker Technologies, ho hapa likatleho tse ncha tsa mahlale hammoho le mekhoa e tsebahalang e sebelisitsoeng nakong ea thuto.
Nako ea poso: Jan-06-2022