Висока ефикасност откривања маркера- Технологија секвенцирања високе пропусности помаже СЛАФ-Сек-у у откривању стотина хиљада ознака унутар целог генома.
Ниска зависност од генома- Може се применити на врсте са или без референтног генома.
Дизајн флексибилне шеме- Једно-ензимска, двострука ензимска, мулти-ензимска пробава и разне врсте ензима, сви се могу одабрати како би задовољили различите циљеве истраживања или врсте.Пре-евалуација у силикону се користи да би се обезбедио оптималан дизајн ензима.
Ефикасно ензимско варење- Предексперимент је спроведен ради оптимизације услова, што формални експеримент чини стабилним и поузданим.Ефикасност сакупљања фрагмената може достићи преко 95%.
Равномерно распоређене СЛАФ ознаке- СЛАФ ознаке су у највећој мери равномерно распоређене у свим хромозомима, постижући у просеку 1 СЛАФ на 4 кб.
Ефикасно избегавање понављања- Репетитивна секвенца у СЛАФ-Сек подацима је смањена на мање од 5%, посебно код врста са високим нивоом понављања, као што су пшеница, кукуруз, итд.
Дугогодишње искуство- Преко 2000 затворених СЛАФ-Сек пројеката на стотине врста које покривају биљке, сисаре, птице, инсекте, водене организме итд.
Саморазвијен биоинформатички ток рада- БМКГЕНЕ је развио интегрисани биоинформатички радни ток за СЛАФ-Сек како би се осигурала поузданост и тачност крајњег резултата.
Платформа | Конц. (нг/гл) | Укупно (ug) | ОД260/280 |
Иллумина НоваСек | >35 | >1.6(Волум>15μl) | 1.6-2.5 |
Дубина секвенцирања: 10Кс/Таг
Величина генома | Препоручене СЛАФ ознаке |
< 500 Мб | 100К или ВГС |
500 Мб- 1 Гб | 100 К |
1 Гб -2 Гб | 200 К |
Џиновски или сложени геноми | 300 - 400 хиљада |
Апликације
| Препоручено Популациона скала
| Стратегија секвенцирања и дубина
| |
Дубина
| Ознака број
| ||
ГВАС
| Број узорка ≥ 200
| 10Кс
|
Према величина генома
|
Генетска еволуција
| Појединци сваке подгрупа ≥ 10; укупно узорака ≥ 30
| 10Кс
|
Контејнер: епрувета за центрифугирање од 2 мл
За већину узорака препоручујемо да се не чувају у етанолу.
Означавање узорка: Узорци морају бити јасно означени и идентични са достављеним обрасцима са информацијама о узорку.
Испорука: Суви лед: Узорци се прво морају спаковати у вреће и закопати у суви лед.
1. Статистика резултата карте
2. Развој СЛАФ маркера
3. Белешка варијације
Година | Јоурнал | IF | Наслов | Апликације |
2022 | Комуникације у природи | 17.694 | Геномска основа гига-хромозома и гига-генома дрвећа божура Паеониа остии | СЛАФ-ГВАС |
2015 | Нови фитолог | 7.433 | Отисци припитомљавања усидре геномске регионе од агрономског значаја соја | СЛАФ-ГВАС |
2022 | Часопис за напредна истраживања | 12.822 | Вештачке интрогресије Госсипиум барбаденсе на нивоу генома у Г. хирсутум откривају супериорне локусе за истовремено побољшање квалитета и приноса памучних влакана особине | СЛАФ-Еволуциона генетика |
2019 | Молецулар Плант | 10.81 | Популациона геномска анализа и Де Ново скупштина откривају порекло корова Пиринач као еволуциона игра | СЛАФ-Еволуциона генетика |
2019 | Природна генетика | 31.616 | Секвенца генома и генетска разноликост обичног шарана, Ципринус царпио | СЛАФ-Линкаге мап |
2014 | Природна генетика | 25.455 | Геном култивисаног кикирикија пружа увид у кариотипове махунарки, полиплоид еволуција и припитомљавање усева. | СЛАФ-Линкаге мап |
2022 | Плант Биотецхнологи Јоурнал | 9.803 | Идентификација СТ1 открива селекцију која укључује стопирање морфологије семена и садржај уља током припитомљавања соје | СЛАФ-Маркер развој |
2022 | Међународни часопис за молекуларне науке | 6.208 | Идентификација и развој ДНК маркера за Вхеат-Леимус моллис 2Нс (2Д) Дисомична замена хромозома | СЛАФ-Маркер развој |