-
Секвенцирање имунопреципитације хроматина (ЦхИП-сек)
ЦхИП-Сек обезбеђује профилисање ДНК циљева на нивоу генома за модификацију хистона, факторе транскрипције и друге протеине повезане са ДНК.Комбинује селективност имунопреципитације хроматина (ЦхИП) за обнављање специфичних комплекса протеин-ДНК, са снагом секвенцирања следеће генерације (НГС) за секвенционирање високе пропусности обновљене ДНК.Поред тога, пошто се комплекси протеин-ДНК добијају из живих ћелија, места везивања се могу упоредити у различитим типовима ћелија и ткивима, или под различитим условима.Примене се крећу од регулације транскрипције до развојних путева до механизама болести и даље.
Платформа: Иллумина НоваСек платформа
-
Метагеномско секвенцирање -НГС
Метагеном се односи на колекцију укупног генетског материјала мешовите заједнице организама, као што је метагеном животне средине, људски метагеном, итд. Садржи геноме микроорганизама који се могу култивисати и који се не могу култивисати.Метагеномско секвенцирање је молекуларни алат који се користи за анализу мешовитих геномских материјала екстрахованих из узорака животне средине, који пружа детаљне информације о разноликости и обиљу врста, структури популације, филогенетском односу, функционалним генима и корелационој мрежи са факторима животне средине.
Платформа:Иллумина НоваСек платформа
-
Метагеномско секвенцирање-Нанопоре
Метагеномика је молекуларни алат који се користи за анализу мешовитих геномских материјала екстрахованих из узорака животне средине, који пружа детаљне информације о разноликости и бројности врста, структури популације, филогенетском односу, функционалним генима и корелационој мрежи са факторима животне средине, итд. Платформе за секвенцирање нанопора су недавно уведене на метагеномске студије.Његове изванредне перформансе у дужини читања у великој мери су побољшале низводну метагеномску анализу, посебно склапање метагенома.Користећи предности дужине читања, метагеномска студија заснована на Нанопореу је у стању да постигне континуираније склапање у поређењу са метагеномиком сачмарица.Објављено је да је метагеномика заснована на Нанопоре успешно генерисала комплетне и затворене бактеријске геноме из микробиома (Мосс, ЕЛ, ет. ал,Натуре Биотецх, 2020)
Платформа:Нанопоре ПрометхИОН П48
-
Секвенцирање бисулфита целог генома
Метилација ДНК на петој позицији у цитозину (5-мЦ) има фундаментални утицај на експресију гена и ћелијску активност.Абнормални обрасци метилације су повезани са неколико стања и болести, као што је рак.ВГБС је постао златни стандард за проучавање метилације на нивоу генома у резолуцији једне базе.
Платформа: Иллумина НоваСек платформа
-
Тест за хроматин приступачан транспозази са секвенцирањем високог протока (АТАЦ-сек)
АТАЦ-сек је високопропусна метода секвенцирања за анализу доступности хроматина у целом геному, што је важно за глобалну епигенетску контролу експресије гена.Адаптери за секвенцирање се убацују у отворене регионе хроматина хиперактивном Тн5 транспозазом.Након ПЦР амплификације, конструише се библиотека секвенцирања.Сви отворени региони хроматина могу се добити под одређеним просторно-временским условима, не само ограниченим на места везивања транскрипционог фактора, или одређеног региона модификованог хистоном.
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-ПацБио
Подјединица на 16С и 18С рРНА која садржи и високо конзервиране и хипер-варијабилне регионе је савршен молекуларни отисак прста за идентификацију прокариотских и еукариотских организама.Користећи предности секвенцирања, ови ампликони се могу циљати на основу очуваних делова, а хипер-варијабилни региони могу бити у потпуности окарактерисани за идентификацију микроба, што доприноси студијама које покривају анализу микробне разноврсности, таксономију, филогенију, итд. Један молекул у реалном времену (СМРТ ) секвенцирање ПацБио платформе омогућава добијање високо прецизних дугих читања, која могу да покрију ампликоне пуне дужине (око 1,5 Кб).Проширени поглед на генетско поље увелико је побољшао резолуцију у бележењу врста у заједници бактерија или гљива.
Платформа:ПацБио Секуел ИИ
-
16С/18С/ИТС Амплицон Секуенцинг-НГС
Секвенцирање 16С/18С/ИТС ампликона има за циљ откривање филогеније, таксономије и обиља врста у микробној заједници истраживањем ПЦР производа кућних генетских маркера који садрже и високо конвертоване и хиперваријабилне делове.Увођење ових савршених молекуларних отисака прстију од стране Воесес ет ал, (1977) омогућава профилисање микробиома без изолације.Секвенцирање 16С (бактерије), 18С (гљивице) и унутрашњег транскрибованог размакнице (ИТС, гљиве) омогућава идентификацију како распрострањених врста, тако и ретких и неидентификованих врста.Ова технологија је постала широко примењено и главно средство у идентификацији диференцијалног микробног састава у различитим срединама, као што су људска уста, црева, измет итд.
Платформа:Иллумина НоваСек платформа
-
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица
Поновно секвенцирање целог генома бактерија и гљивица је критично средство за комплетирање генома познатих бактерија и гљива, као и за упоређивање више генома или мапирање генома нових организама.Од велике је важности да се секвенционирају читави геноми бактерија и гљивица како би се генерисали тачни референтни геноми, радила микробна идентификација и друге компаративне студије генома.
Платформа: Иллумина НоваСек платформа
-
ПацБио – секвенцирање ампликона пуне дужине 16С/18С/ИТС
Амплицон (16С/18С/ИТС) платформа је развијена са дугогодишњим искуством у анализи пројекта микробне разноликости, која садржи стандардизовану основну анализу и персонализовану анализу: основна анализа покрива главни садржај анализе актуелних микробних истраживања, садржај анализе је богат и свеобухватан, а резултати анализе су представљени у форми пројектних извештаја;Садржај персонализоване анализе је разнолик.Узорци се могу бирати и параметри могу бити флексибилно подешени у складу са основним извештајем анализе и сврхом истраживања, како би се реализовали персонализовани захтеви.Виндовс оперативни систем, једноставан и брз.
-
ПацБио-Транскриптом пуне дужине (нереферентни)
Узимајући податке о секвенцирању изоформе Пацифиц Биосциенцес (ПацБио) као улаз, ова апликација може да идентификује секвенце транскрипта пуне дужине (без склапања).Пресликавањем секвенци пуне дужине у односу на референтни геном, транскрипти се могу оптимизовати познатим генима, транскриптима, кодирајућим регионима, итд. У овом случају, може се постићи прецизнија идентификација мРНК структура, као што је алтернативно спајање, итд.Заједничка анализа са подацима секвенцирања транскриптома НГС-а омогућава свеобухватнију анотацију и тачнију квантификацију у експресији на нивоу транскрипта, што у великој мери доприноси диференцијалној експресији и функционалној анализи низводно.
-
Редукована заступљеност бисулфитног секвенцирања (РРБС)
Истраживање метилације ДНК одувек је било врућа тема у истраживању болести и уско је повезано са експресијом гена и фенотипским особинама.РРБС је прецизан, ефикасан и економичан метод за истраживање метилације ДНК.Обогаћивање региона промотера и ЦпГ острва ензимским цепањем (Мсп И), комбиновано са секвенцирањем бисулфита, обезбеђује детекцију метилације ДНК високе резолуције.
Платформа: Иллумина НоваСек платформа
-
Секвенцирање прокариотске мРНА
Секвенцирање мРНК омогућава свеобухватно профилисање свих транскрипата мРНК унутар ћелија под специфичним условима.Ова најсавременија технологија служи као моћан алат, откривајући сложене профиле експресије гена, структуре гена и молекуларне механизме повезане са различитим биолошким процесима.Широко прихваћено у фундаменталним истраживањима, клиничкој дијагностици и развоју лекова, секвенцирање мРНА нуди увид у замршеност ћелијске динамике и генетске регулације.Наша обрада узорака прокариотске мРНА је скројена за прокариотске транскриптоме, укључујући исцрпљивање рРНК и усмерену припрему библиотеке.
Платформа: Иллумина НоваСек Кс
