Секвенцирање целог генома биљке/животиње
1. Предности услуге
Велико искуство у секвенцирању генома за преко 1000 врста.
Преко 800 објављених случајева са акумулативним фактором утицаја од преко 4000.
Свеобухватна биоинформатичка анализа позивања варијација и анализе функција.
2. Спецификације услуге
| Платформа | Библиотека | Препоручена дубина секвенце | |
| Иллумина | ПЕ 150 | За СНП, ИнДел позивање ≥ 10к За СВ, ЦНИ позиве ≥ 30к
| |
| Нанопоре
| 8 кб | За СВ, ЦНИ позивање ≥ 20к | |
| Пацбио | ЦЦС | 15 кб | За СНП, ИнДел, СВ, ЦНИ позиве ≥ 10к |
3. Захтеви за узорке
| Платформа | Конц.(нг/μL)
| Количина (нг)
| Чистоћа
| Агарозни гел
| ||
| ОД260/280 | ОД260/230 | 1. Јасан главни опсег без или ограничендеградација примећена на гелу. 2. Нема или је ограничена контаминација РНК или протеина
| ||||
| Иллумина | ≥1 | ≥30
| - | - | ||
| Нанопоре
| ≥30 | Зависи од приноса података 10μг/ћелији | 1.7-2.2 | ≥1.5 | ||
| Пацбио | ЦЦС | ≥50 | 1.7-2.2 | 1.8-2.5 | ||
4. Анализа биоинформација
5. Ток рада услуге
Испорука узорка
Екстракција ДНК
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Испорука података
1) Статистика мапирања генома
Табела 1 Статистика резултата мапирања
Слика 1 Дистрибуција величине уметка и покривености читања.
2) Детекција варијација
Слика 2 Статистика и напомена СНП/ИНДЕЛ/СВ међу узорцима
Слика 3 Дистрибуција варијација на нивоу генома
3) Функционално означавање варијација
| 2019 | Комуникације у природи | Поновно секвенцирање цијелог генома открива поријекло Брассица напус и генетске локусе укључене у његово побољшање |
| 2020 | ПНАС | Еволуционо порекло и историја припитомљавања златне рибице (Царассиус ауратус) |
| 2021 | Плант Биотецхнологи Јоурнал | Референтни геноми две култивисане врсте јуте |
| 2021 | Плант Биотецхнологи Јоурнал | Геномски потписи алополиплоида из семена поврћа и уљарица Брассицајунцеа и генетски локуси који контролишу акумулацију глукозинолата |
| 2019 | Молецулар Плант | Ресеквенционисање целог генома светске колекције семена уљане репице открива генетску основу њихове дивергенције екотипа |
| 2022 | Хортицултуре Ресеарцх | Анализа повезаности на нивоу генома пружа молекуларни увид у природну варијацију величине семена лубенице |
| 2021 | Часопис за експерименталну ботанику | Студија асоцијације на читав геном идентификује варијанте ГхСАД1 које даје хладноћу у памуку |
| 2021 | Часопис за експерименталну ботанику | Студија асоцијације на нивоу генома и поређење транскриптома откривају нове КТЛ и гене кандидате који контролишу величину латица у семену уљане репице |
