ЕВОЛУЦИЈА ГЕНОМА, ПАНГЕНОМ
Шта је Пан-геном?
Акумулирани докази показују да варијација између различитих сојева врсте може бити огромна.Један једини геном је далеко од довољног да би се стекла цела слика генетских информација једне врсте.Сврха студије Пан-генома је да се добије свеобухватнији геномски графикон врсте и декодирају везе између особина и генетских кодова спровођењем генома де ново састављања бројних сојева, што омогућава дубље и шире истраживање варијација.
Трендс оф Пан-геноме Студи
Слика 1. Трендови објављених истраживачких радова Пан-генома.
Напомена: Слика приказује резултат узимања „пан-генома“ као кључне речи за претрагу наслова чланака објављених у часописима серије Натуре, Целл и Сциенце
а.Читања из више узорака се поравнавају са референцом, а неусклађени се склапају у нове контиге.Додавањем ових нових контига оригиналној референтној секвенци, може се конструисати референца пангенома.Непотребни региони се одређују на основу мапирања свих читања назад у пангеном.
б.Де ново састављање генома вишеструких приступа омогућава приступе усклађивања целог генома за идентификацију геномских региона који су неопходни.
ц.Пан-геномски граф се може конструисати од целог поравнања генома или помоћу новог склопа графа, који ефикасно складишти варијанте информација о неопходним регионима као јединствене путање кроз граф.
Како конструисати Пан-геном?
Слика 2 Поређење пан-геномских приступа1
а.Читања из више узорака се поравнавају са референцом, а неусклађени се склапају у нове контиге.Додавањем ових нових контига оригиналној референтној секвенци, може се конструисати референца пангенома.Непотребни региони се одређују на основу мапирања свих читања назад у пангеном.
б.Де ново састављање генома вишеструких приступа омогућава приступе усклађивања целог генома за идентификацију геномских региона који су неопходни.
ц.Пан-геномски граф се може конструисати од целог поравнања генома или помоћу новог склопа графа, који ефикасно складишти варијанте информација о неопходним регионима као јединствене путање кроз граф.
Недавно објављени Пан-геноми
● Пан-геноми силовања2
● Пан-геноми парадајза 3
● Рице Пан -геном4
● Пан-геном сунцокрета5
● Пан-геном соје 6
● Пан-геном риже7
● Пан-геном јечма8
● Пан-геном пшенице9
● Пан-геном сирка10
● Пан-геном фитопланктона11
Референце
1. Баиер ПЕ, Голицз АА, Сцхебен А, Батлеи Ј, Едвардс Д. Пангеноми биљака су нова референца.Нат Плантс.2020;6(8):914-920.дои:10.1038/с41477-020-0733-0
2. Сонг ЈМ, Гуан З, Ху Ј, ет ал.Осам висококвалитетних генома открива архитектуру пан-генома и диференцијацију екотипа Брассица напус.Нат Плантс.2020;6(1):34-45.дои:10.1038/с41477-019-0577-7
3. Гао Л, Гонда И, Сун Х, ет ал.Пан-геном парадајза открива нове гене и редак алел који регулише укус воћа.Нат Генет.2019;51(6):1044-1051.дои:10.1038/с41588-019-0410-2
4. Зхао К, Фенг К, Лу Х, ет ал.Пан-геномска анализа наглашава степен геномске варијације код култивисаног и дивљег пиринча [објављена исправка се појављује у Нат Генет-у.2018. август;50(8):1196].Нат Генет.2018;50(2):278-284.дои:10.1038/с41588-018-0041-з
5. Хубнер С, Берцовицх Н, Тодесцо М, ет ал.Анализа пан-генома сунцокрета показује да је хибридизација променила садржај гена и отпорност на болести.Нат Плантс.2019;5(1):54-62.дои:10.1038/с41477-018-0329-0
6. Лиу И, Ду Х, Ли П, ет ал.Пан-геном дивље и култивисане соје.Ћелија.2020;182(1):162-176.е13.дои:10.1016/ј.целл.2020.05.023
7. Кин П, Лу Х, Ду Х, ет ал.Пан-геномска анализа 33 генетски различита приступа пиринча открива скривене геномске варијације [објављено на мрежи пре штампања, 25. маја 2021.].Ћелија.2021;С0092-8674(21)00581-Кс.дои:10.1016/ј.целл.2021.04.046
8. Јаиакоди М, Падмарасу С, Хаберер Г, ет ал.Пан-геном јечма открива скривено наслеђе оплемењивања мутација.Природа.2020;588(7837):284-289.дои:10.1038/с41586-020-2947-8
9. Валковиак С, Гао Л, Монат Ц, ет ал.Вишеструки геноми пшенице откривају глобалне варијације у модерном узгоју.Природа.2020;588(7837):277-283.дои:10.1038/с41586-020-2961-к
10. Тао И, Луо Х, Ксу Ј, ет ал.Екстензивне варијације унутар пан-генома култивисаног и дивљег сирка [објављено на мрежи пре штампања, 20. маја 2021.].Нат Плантс.2021;10.1038 / с41477-021-00925-к.дои:10.1038/с41477-021-00925-к
11. Фан Кс, Киу Х, Хан В, ет ал.Пангеном фитопланктона открива екстензивни прокариотски хоризонтални пренос гена различитих функција.Сци Адв.2020;6(18):еаба0111.Објављено 29. априла 2020. дои:10.1126/сциадв.аба0111
Време поста: Јан-04-2022