ГВАС
Наслов: Поновно секвенцирање цијелог генома открива поријекло Брассица напус и генетске локусе укључене у његово побољшање
часопис: Натуре Цоммуницатионс
НГС |ВГС |Поновно секвенцирање |ГВАС |Транскриптом |РНАсек |Брассица напус |Еволутион |Припитомљавање
У овој студији, Биомаркер Тецхнологиес је пружио услуге за НГС секвенцирање, као и техничку подршку за биоинформатичку анализу података секвенцирања.
Позадина
Брассица напус(уљана репица) је важна уљарица и одличан модел за истраживање процеса полиплоидне специјације, еволуције и селекције.Међутим, још увек није познато да ли су дивље врсте или припитомљени донатори били родитељски прогенитори и гени који су допринели припитомљавању и побољшању уљане репице.
материјали и методе
Материјали:588Б. напусприступници су били укључени у ову студију, укључујући 466 из Азије, 102 из Европе, 13 из Северне Америке и 7 из Аустралије.На основу записа о навикама раста, ови материјали су подељени у три екотипа;пролеће (86 приступа), зима (74 приступа) и полузима (428 приступа).
Редослед:Просечно прибл.5× (у распону од 3,37× до 7,71×)
Платформа секвенцирања:Иллумина Хисек 4000
Производња података:4,03 Тб чистих података
СНП позива:БВА + ГАТК.Добијено је 5.294.158 СНП-ова и 1.307.151 ИнДелс.
Резултати
Порекло Б. напус
Б. напусПодгеном је еволуирао од претка европске репе.Догађај протока гена од европске репе доБ. напус Субгеном се догодио пре ~106–1170 година.Б. напусЦ подгеном је можда еволуирао од заједничког претка ових линија.Предак одБ. напусодвојио од заједничког претка четири подврсте Б. олерацеа, са недавним уливом гена уБ. напуспре ~108–898 година.Б. напусЦ подгеном има сложеније порекло од А подгенома.Снажно уско грло се развило у оба два подгенома токомБ. напусеволуција.Зима и полузимаБ. напусекотипови су се разишли пре ~60 година, док су зима и пролећеБ. напусразишли пре ~416 година, а уљарица и неуљарицаБ. напусразишли пре ~277 година.
Слика 2 Структура становништва 588 акцесија Б. напус и 199 акцесија Б. рапа.
Слика 3 Популациона структура 588 акцесија Б. напус и 119 акцесија Б. олерацеа
Сигнали селекције и студије асоцијација на нивоу генома.
Током прве фазе побољшања (ФСИ), више генетске разноликости је изгубљено у Б. напус Ц подгеному него у А подгеному.Мање генетске диференцијације се догодило током ФСИ него током друге фазе побољшања (ССИ).Гени у сигналним регионима ССИ селекције су обогаћени толеранцијом на стрес, развојем и метаболичким путевима.Идентификовано је 60 локуса које су значајно повезане са 10 циљних особина, укључујући 5 које се односе на принос семена, 3 на дужину силика, 4 на садржај уља и 48 на квалитет семена.
Слика 4 Скенирање у целом геному и напомене одабраних региона током ССИ Б. напус
Анализа транскриптома
Подаци РНАсек-а за 11 ткива из сорте са високим садржајем уља и двоструко ниским и идентификованим гени са ниским садржајем уља и двоструко високим сортама били су значајно презаступљени.
Слика 5 Преглед регулације времена цветања при избору побољшања екотипа Б. напус
Дискусија
Ова студија је пружила драгоцен ресурс за разумевање порекла и историје побољшањаБ. напуси олакшаће дисекцију генетских основа важних агрономских комплексних особина.Значајни СНП повезани са повољним варијантама, сигналима селекције и генима кандидатима ће у великој мери допринети у будућности, посебно у побољшању приноса, квалитета семена, садржаја уља и прилагодљивости овог недавног алополиплоидног усева и његових сродника.
Референца
Ресеквенционисање целог генома открива порекло Брассица напус и генетске локусе укључене у његово побољшање[Ј].Натуре Цоммуницатионс, 2019, 10(1).
Вести и најважније ствари има за циљ да подели најновије успешне случајеве са Биомаркер Тецхнологиес, ухвати нова научна достигнућа, као и истакнуте технике примењене током студије.
Време поста: Јан-05-2022