BMKCloud Log in
条形баннер-03

Вести

Т2Т ГЕНОМ АССЕМБЛЕ, ГЕНОМ ФРЕЕ

1stДва генома пиринча1

Наслов: Састављање и валидација два референтна генома без празнина за пиринач Ксиан/индица открива увид у архитектуру центромере биљака

Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2020.12.24.424073

Датум објаве: 01. јануар 2021.

Институт: Пољопривредни универзитет Хуазхонг, Кина

Материјали

О. сатива киан/индицасорте пиринча 'Зхенсхан 97 (ЗС97)' и 'Мингхуи 63 (МХ63)

Стратегија секвенцирања

НГС чита + ХиФи чита + ЦЛР чита + БиоНано + Хи-Ц

Подаци:

ЗС97: 8,34 Гб (~23к) ХиФи чита + 48,39 Гб (~131к) ЦЛР чита + 25 Гб(~69к) НГС + 2 БиоНано Ирис ћелије

МХ63: 37,88 Гб (~103к) ХиФи чита + 48,97 Гб (~132к) ЦЛР чита + 28 Гб(~76к) НГС + 2 БиоНано Ирис ћелије

Слика 1

Слика 1 Два генома пиринча без празнина (МХ63 и ЗС97)

2ndБанана Геноме2

Наслов: Хромозоми банане без празнина од теломера до теломера коришћењем секвенцирања нанопора

Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.04.16.440017

Датум објаве: 17. април 2021.

Институт: Университе Парис-Сацлаи, Француска

Материјали

Двоструки хаплоидМуса ацуминатасппмалацценсис(ДХ-Паханг)

Стратегија секвенцирања и подаци:

ХиСек2500 ПЕ250 режим + МинИОН/ ПрометхИОН (93Гб,~200Кс)+ Оптичка мапа (ДЛЕ-1+БспК1)

Табела 1 Поређење скупова генома Муса ацумината (ДХ-Паханг).

Табела1-Поређење-ГРЦх38-и-Т2Т-ЦХМ13-скупова хуманог генома
Слика-Муса-геноми-поређење-архитектура

Слика 2 Поређење архитектуре Муса генома

3rdГеном Пхаеодацтилум трицорнутум3

Наслов: Склоп генома теломера-теломераP
хаеодацтилум трицорнутум

Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.04.442596

Датум објаве: 4. мај 2021

Институт: Вестерн Университи, Канада

Материјали

Пхаеодацтилум трицорнутум(Збирка култура алги и протозоа ЦЦАП 1055/1)

Стратегија секвенцирања и подаци:

1 Окфорд Нанопоре минИОН проточна ћелија + 2×75 упарени крај са средњим излазом НектСек 550 рун

Слика-Ток рада-за-теломера-до-теломера-генома-састављања-1-1024к740

Слика 3 Ток рада за склапање генома теломера-теломера

4thХумани ЦХМ13 геном4

Наслов: Комплетна секвенца људског генома

Дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.26.445798

Датум објаве: 27. мај 2021

Институт: Национални институт за здравље (НИХ), САД

Материјали: ћелијска линија ЦХМ13

Стратегија секвенцирања и подаци:

30× ПацБио кружно консензус секвенцирање (ХиФи), 120× Окфорд Нанопоре ултра-дуго секвенцирање читања, 100× Иллумина ПЦР-Фрее секвенцирање (ИЛМН), 70× Иллумина / Арима Геномицс Хи-Ц (Хи-Ц), БиоНано оптичка мапа и Странд-сек

Табела 2 Поређење склопова хуманог генома ГРЦх38 и Т2Т-ЦХМ13

Табела-Поређење-скупова-Муса-ацумината-ДХ-Паханг-генома

Референца

1.Сергеи Нурк и др.Комплетна секвенца људског генома.биоРкив 2021.05.26.445798;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.26.445798

2. Царолине Белсер ет ал.Хромозоми банане без размака од теломера до теломера коришћењем секвенцирања нанопора.биоРкив 2021.04.16.440017;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.04.16.440017

3.Даниел Ј. Гигуере ет ал.Склоп генома теломера у теломере Пхаеодацтилум трицорнутум.биоРкив 2021.05.04.442596;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2021.05.04.442596

4. Јиа-Минг Сонг ет ал.Састављање и валидација два референтна генома без празнина за Ксиан/индица пиринач открива увид у архитектуру центромере биљака.биоРкив 2020.12.24.424073;дои:хттпс://дои.орг/10.1101/2020.12.24.424073


Време поста: Јан-06-2022

Пошаљите нам своју поруку: