Вести

Амплификација транспозибилних елемената (ТЕ) је препозната као покретачка сила која посредује у експанзији величине генома и еволуцији, али последице за обликовање 3Д геномске архитектуре остају углавном непознате у биљкама.Овде извештавамо о скуповима генома референтног квалитета за три врсте памука у трострукој величини генома, тј.Госсипиум ротундифолиум(К2),Г. арбореум(А2), иГ. раимондии(Д5), користећи Окфорд Нанопоре Тецхнологиес.Упоредне анализе генома документују детаље ТЕ амплификације специфичне за линију која доприноси великим разликама у величини генома (К2, 2,44 Гб; А2, 1,62 Гб; Д5, 750,19 Мб), и указује на релативно очуван садржај гена и синтенске односе међу геномима.Открили смо да око 17% синтеничких гена показује промену статуса хроматина између активног („А“) и неактивног („Б“) преграда, а ТЕ амплификација је повезана са повећањем удела А одељка у генским регионима (~ 7.000 гена ) у К2 и А2 у односу на Д5.Само 42% граница тополошки асоцирајућег домена (ТАД) је сачувано међу три генома.Наши подаци имплицирају недавно појачање ТЕ након формирања ТАД граница специфичних за лозу.Ова студија баца светло на улогу експанзије генома посредоване транспозоном у еволуцији структуре хроматина вишег реда у биљкама.